6S / SsrS РНК

6S РНК одна з перших ідентифікованих і секвенованих некодуючих РНК.[1] Її функція в бактеріальнвй клітині була невизначеною до недавнього часу. РНК складається з 184 нуклеотидів; тривимірна структура РНК є великою «шпилькою», що містить великий одноланцюговий фрагмент.

Вторинна структура та консервативність послідовності 6S РНК

6S РНК ассоціюється з РНК-полімеразою, що містить у своєму складі фактор специфічності сігма-70 (sigma70 specificity factor). Ця взаємодія блокує експресію з сігма-70-залежних промоторів впродовж стаціонарної фази.[2] Гомологи 6S РНК нещодавно були ідентифіковані в більшості бактеріальних геномів.[3][4] Багато Грам-позитивних видів мають по дві копії 6S РНК. В Bacillus subtilis обидві копії взаємодіють з РНК-полімеразами із сігма-факторами та експресуються під час різних фаз росту. В багатьох протеобактеріях 6S РНК може бути утворена з транскрипту кодуючого гомологічні форми E. coli YgfA білку, який ймовірно є метенилтетрагідрофолат синтетазою. Різні версії 6S РНК в інших бактеріях.[5][6] Експериментально було доведено, що purD РНК мотиви перекриваються з 6S РНК.[5]

References
  1. Brownlee GG (February 1971). Sequence of 6S RNA of E. coli. Nature New Biol. 229 (5). с. 147–9. PMID 4929322. doi:10.1038/229147a0.
  2. Wassarman, KM; Storz G (2000). 6S RNA regulates E. coli RNA polymerase activity. Cell. 101 (6). с. 613–623. PMID 10892648. doi:10.1016/S0092-8674(00)80873-9.
  3. Trotochaud, AE; Wassarman KM (2005). A highly conserved 6S RNA structure is required for regulation of transcription. Nat Struct Mol Biol 12 (4). с. 313–319. PMID 15793584. doi:10.1038/nsmb917.
  4. Barrick, JE; Sudarsan N; Weinberg Z; Ruzzo WL; Breaker RR (2005). 6S RNA is a widespread regulator of eubacterial RNA polymerase that resembles an open promoter. RNA. 11 (5). с. 774–784. PMC 1370762. PMID 15811922. doi:10.1261/rna.7286705.
  5. Sharma CM; Hoffmann S; Darfeuille F та ін. (February 2010). The primary transcriptome of the major human pathogen Helicobacter pylori. Nature 464 (7286). с. 250–5. PMID 20164839. doi:10.1038/nature08756. Проігноровано невідомий параметр |name-list-format= (довідка)
  6. Weinberg Z; Wang JX; Bogue J та ін. (March 2010). Comparative genomics reveals 104 candidate structured RNAs from bacteria, archaea, and their metagenomes. Genome Biol 11 (3). с. R31. PMC 2864571. PMID 20230605. doi:10.1186/gb-2010-11-3-r31. Проігноровано невідомий параметр |name-list-format= (довідка)
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.