Метагеноміка
Метагеноміка (екологічна геноміка, метагеномний аналіз) — геномний аналіз ДНК організмів, виділеної безпосередньо з природних угрупувань, що не потребує ізоляції і культивування окремих різновидів. Восновному метагеномний аналіз використовується для дослідження прокаріот та їхніх спільнот, інколи вірусів, значно рідше еукаріот.
Історія
- Norman R. Pace — ПЛР вивчення різноманітності 16S рДНК бактерій в пробах навколишнього середовища.
- 1985 р. Norman R. Pace — Ідея прямого клонування ДНК з природного середовища.
- 1991 р. Norman R. Pace — Перший аналіз 16S рДНК угрупування морського пікопланктону шляхом клонування у фаговий вектор і секвенування.
- 1995 р. Healy, F. G — Виділення функціонально активних генів з сконструйованої метагеномної бібліотеки.
- 1996 р. E. F. DeLong — Започаткування створення метагеномних бібліотек 16S рДНК морських прокаріотів.
- 1998 р. Jo Handelsman — Перші успішні конструювання бібліотек з ґрунтової ДНК. Впровадження терміну «метагеноміка».
Завдання
Функціональна метагеноміка
метод метагеномного аналізу, який базується на визначенні клонів, що експресуються. Принцип функціонального якоря дозволяє ідентифікувати гени чию функцію неможливо визначити на основі послідовності ДНК
- Ідентифікація клонів, що проявляють відомі функції
- Характеристика генів відповідальних за функції
- Секвенування активних клонів і визначення філогенетичного функціонального і геномного контексту для функціональних генів
Методи
Традиційний метод
Секвенування за Сенгером найпоширеніший спосіб в наш час.
Вектори що використовуються для метагеномного аналізу:
- Штучні бактеріальні хромосоми (англ. bacterial artificial chromosome, BAC)
- Фазміди
- Невеликі вектори (shotgun сіквенс)
Нові методи
Нові методи секвенування, є дуже перспективними, вони швидко поширюються. Для них характерним є висока швидкість зчитування послідовності ДНК, і відсутність векторів.
- Піросеквенування по Ротбергу (454)
- Полоні-секвенування