Війна проти Перуано-болівійської конфедерації

Чилійська громадська думка була проти війни, мети якої вона не розуміла. Коли чилійський уряд запровадив воєнний стан, опозиція звинуватила Порталеса у встановленні диктатури й почала газетну кампанію, спрямовану як проти нього особисто, так і проти непопулярної війни. Армія ще пам'ятала «чистки», що відбувались після громадянської війни 1829 року, та в результаті 4 жовтня 1837 року полковник Хосе Антоніо Відаурре заарештував Порталеса, який здійснював інспекцію казарм в Кільйоті. Помилково розраховуючи на масову підтримку Відаурре атакував Вальпараїсо, але був відбитий контр-адміралом Мануелем Бланко Енкаладою, який очолив оборону міста. Дізнавшись про поразку заколоту, капітан Сантьяго Флорін 6 жовтня 1837 року застрелив заарештованого Порталеса. У подальшому всі учасники змови були схоплені та страчені.

Тим часом ворожі сторони постарались установити контроль над морськими шляхами. В листопаді 1837 року флот Конфедерації, що складався із суден «Socabaya», «Confederación» та «Congreso», вийшов у море й атакував острови Хуан-Фернандес, звільнивши в'язнів, які там перебували, потім завдав ударів по портам Талькауано, Сан-Антоніо, Уаско й Кальдера.

Чилійський уряд відрядив у вересні 1837 року 2800 солдат на суднах під командуванням адміралів Енкалада й Сімпсона, які, висадившись у жовтні на перуанській території, після тривалого та виснажливого маршу, зазнавши дорогою значних втрат, захопили місто Арекіпа. Однак розрахунок чилійців на підтримку місцевого населення не виправдався, й поки Енкалада вів нескінченні перемовини з місцевими лідерами, Санта-Крус підтягнув війська та заблокував місто. 17 листопада 1837 року Енкалада був змушений підписати Паукарпатську угоду, відповідно до якої війна завершувалась, між країнами відновлювались торгові відносини, а чилійська армія отримувала можливість повернутись на батьківщину.

Коли у грудні 1837 року Енкалада ганебно повернувся з армією та флотом до Вальпараїсо, спалахнув величезний скандал. Паукарпатську угоду було гнівно відкинуто чилійським урядом, і війна відновилась. Чилійський флот із п'яти лінійних кораблів під командуванням Сімпсона вийшов у море, та 12 січня 1838 року поблизу перуанського порту Іслай зустрів ескадру Конфедерації. Бій тривав до темряви без будь-якого результату; обидві сторони оголосили про свою перемогу.

До середини 1838 року чилійці зуміли завоювати панування на морі, а армія, на чолі якої постав генерал Мануель Бульнес Прієто, просувались на Ліму. 21 серпня 1838 року чилійці розбили перуанські війська, лояльні до Конфедерації, й наприкінці жовтня зайняли Ліму, але були змушені залишити її на початку листопада у зв'язку з наближенням великої армії з Болівії під командуванням Санта-Круса. Чилійські війська евакуювались в Уачо.

Тим часом представники жителів Перу зібрались на конгрес та проголосили генерала Гамарру тимчасовим президентом незалежного Перу.

12 січня 1839 року в результаті перемоги у морській битві при Касма чилійський флот став господарем у південно-східній частині Тихого океану. На суші Санта-Крус 6 січня розбив чилійський експедиційний корпус у битві при Буїні, та зайняв місто Юнгай, перерізавши чилійські комунікації. Однак чилійський командувач врахував обстановку — Санта-Крус мав розбиратись зі складною внутрішньополітичною ситуацією в Конфедерації — та прийняв рішення атакувати. В результаті битви при Юнгаї 20 січня 1839 року війська Конфедерації зазнали несподіваної поразки, втративши 2400 чоловік убитими й 1600 полоненими.

Після перемоги при Юнгаї чилійці вирушили на південь та у квітні знову зайняли Ліму. Санта-Крус втік до Еквадору, що призвело до розвалу Конфедерації та припинення війни.