Слизька послідовність

Слизька́ послідо́вність (англ. slippery sequence) — це невелика частина кодонної нуклеотидної послідовності (зазвичай УУУАААС), яка контролює швидкість і шанс рибосомального зсуву рамки зчитування. Слизька послідовність спричиняє швидше рибосомальне пересування, що, у свою чергу, може спричинити «ковзання» зчитування рибосоми. Це дозволяє тРНК зсуватися на 1 основу (-1) після того, як вона спарується зі своїм антикодоном, змінюючи рамку зчитування[2][3][4][5][6]. −1 зсув рамки зчитування, запущений такою послідовністю, є запрограмованим рибосомальним зсувом рамки зчитування. За ним йде спейсерна область та вторинна структура РНК. Такі послідовності поширені у вірусних поліпротеїнах[1].

Тандемне ковзання 2 тРНК на слизькій послідовності вірусу саркоми Рауса. Після зсуву рамки зчитування, нове спаровування основ є правильним для першого та другого нуклеотидів, але неправильним в зміщеному (воблівському) положені. E-, P- і A-сайт рибосоми показані. Розташування наростального поліпептидного ланцюга не вказано на зображенні, тому що поки немає єдиної думки щодо того, чи −1 ковзання відбувається до чи після того, як поліпептид переноситься з тРНК Р-сайту до тРНК A-сайту (в цьому випадку з аспарагіл-тРНК до лейцил-тРНК).[1].

Зсув рамки зчитування відбувається через зміщене (воблівське) спаровування основ. Знижена вільна енергія Гіббза вторинних структур вказує на те, як часто відбувається зсув рамки зчитування[7]. Напруження на молекулі мРНК також відіграє певну роль[8]. Список слизьких послідовностей, виявлених у вірусів тварин, наведено у публікації Хуан та ін[9].

Слизькі послідовності, які спричиняють 2-основне «ковзання» (−2 зсув рамки зчитування), були побудовані з УУУУУУА-послідовності ВІЛ[8].

Див. також

Посилання
  1. Jacks T, Madhani HD, Masiarz FR, Varmus HE (November 1988). Signals for ribosomal frameshifting in the Rous sarcoma virus gag-pol region. Cell 55 (3): 447–58. PMID 2846182. doi:10.1016/0092-8674(88)90031-1.
  2. Green L, Kim CH, Bustamante C, Tinoco I (January 2008). Characterization of the mechanical unfolding of RNA pseudoknots. Journal of Molecular Biology 375 (2): 511–28. PMID 18021801. doi:10.1016/j.jmb.2007.05.058.
  3. Yu CH, Noteborn MH, Olsthoorn RC (December 2010). Stimulation of ribosomal frameshifting by antisense LNA. Nucleic Acids Research 38 (22): 8277–83. PMC 3001050. PMID 20693527. doi:10.1093/nar/gkq650.
  4. Dr Ian Brierley Research description. Department of Pathology, University of Cambridge. Архів оригіналу за 2 жовтня 2013. Процитовано 28 липня 2013.
  5. Molecular Biology: Frameshifting occurs at slippery sequences. Molecularstudy.blogspot.com. 16 жовтня 2012. Процитовано 28 липня 2013.
  6. Farabaugh PJ, Björk GR (March 1999). How translational accuracy influences reading frame maintenance. The EMBO Journal 18 (6): 1427–34. PMC 1171232. PMID 10075915. doi:10.1093/emboj/18.6.1427.
  7. Cao S, Chen SJ (March 2008). Predicting ribosomal frameshifting efficiency. Physical Biology 5 (1): 016002. Bibcode:2008PhBio...5a6002C. PMC 2442619. PMID 18367782. doi:10.1088/1478-3975/5/1/016002.
  8. Lin Z, Gilbert RJ, Brierley I (September 2012). Spacer-length dependence of programmed -1 or -2 ribosomal frameshifting on a U6A heptamer supports a role for messenger RNA (mRNA) tension in frameshifting. Nucleic Acids Research 40 (17): 8674–89. PMC 3458567. PMID 22743270. doi:10.1093/nar/gks629.
  9. Huang X, Cheng Q, Du Z (2013). A genome-wide analysis of RNA pseudoknots that stimulate efficient -1 ribosomal frameshifting or readthrough in animal viruses. BioMed Research International 2013: 984028. PMC 3835772. PMID 24298557. doi:10.1155/2013/984028.
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.