Топологічно-асоційовані домени

Топологі́чно-асоційо́вані доме́ни, ТАД (англ. topologically associating domains, TAD) — структурні ділянки геному що перебувають у близькій просторовій взаємодії одна до одної.[1]

Структурна організація хроматину. A. Хромосомні території. B. Топологічно-асоційовані домени. C. Контакти в межах одного ТАД.

Топологічно-асоційовані домени було знайдено за допомогою методик Hi-C: фіксація конформації хромосоми[2] з детальним секвенуванням. Ця методика встановила, що деякі регіони ДНК в геномі людини та миші мають багато контактів між собою в межах цих регіонів, а по краям розташовані ділянки, які не контактують одна з одною. Такі ділянки, розподілені за контактним принципом, назвали топологічно-асоційованими доменами.[3]

Структура ТАД

Розміри топологічно асоційованих доменів коливаються від тисяч до мільйонів пар нуклеотидів ДНК,[4] з середньою довжиною у ~900 kb.[3] Розподілення геномної ДНК на ТАД є доволі консервативним, частково однакове в різних типах тканин, зберігається з клітиною впродовж поділів, та має певну консервативність порівнюючи мишачий та людські геноми.[3]

Вища організація ТАД включає в себе компартменти A та B типів (не плутати з компартментами клітини)[5]

Джерела
  1. Gonzalez-Sandoval, Adriana; Gasser, Susan M. (August 2016). On TADs and LADs: Spatial Control Over Gene Expression. Trends in genetics: TIG 32 (8): 485–495. ISSN 0168-9525. PMID 27312344. doi:10.1016/j.tig.2016.05.004.
  2. Gavrilov, A. A.; Razin, S. V.; Iarovaia, O. V. (2012). «С»-методи дослідження тривимірної організації еукаріотичного геному. Biopolymers and Cell (EN, Укр опис) 28 (4). с. 245–251. ISSN 0233-7657. doi:10.7124/bc.000056.
  3. Pombo, Ana; Dillon, Niall (April 2015). Three-dimensional genome architecture: players and mechanisms. Nature Reviews. Molecular Cell Biology 16 (4). с. 245–257. ISSN 1471-0080. PMID 25757416. doi:10.1038/nrm3965.
  4. Dixon, Jesse R.; Gorkin, David U.; Ren, Bing (2 червня 2016). Chromatin Domains: The Unit of Chromosome Organization. Molecular Cell 62 (5). с. 668–680. ISSN 1097-4164. PMC PMC5371509. PMID 27259200. doi:10.1016/j.molcel.2016.05.018.
  5. Schmitt, Anthony D.; Hu, Ming; Ren, Bing (12 2016). Genome-wide mapping and analysis of chromosome architecture. Nature Reviews. Molecular Cell Biology 17 (12). с. 743–755. ISSN 1471-0080. PMID 27580841. doi:10.1038/nrm.2016.104. Процитовано 22 червня 2017.
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.