Террі Етвуд

Тереза К. Етвуд (Terri Attwood, Teresa K. Attwood) — професор біоінформатики в Департаменті комп'ютерних наук та Школи біологічних наук Університету Манчестера та запрошений співробітник Європейського інституту біоінформатики (англ. EMBL-EBI). Вона проводила стипендію університетського королівського товариства в Лондонському університетському коледжі (UCL) з 1993 по 1999 рік і в Університеті Манчестера з 1999 по 2002 рік[2].

Террі Етвуд
Народилася 20 листопада 1959 (62 роки)(19591120)
Країна  Велика Британія
Діяльність біоінформатик, інформатикиня
Alma mater University of Leeds
Галузь біоінформатика
Заклад Манчестерський університет і Університет Лідса
Членство International Society for Biocurationd[1]
Нагороди Royal Society University Research Fellowship 1993—2002[2]
Особ. сторінка pureprojects.ppad.man.ac.uk/portal/en/researchers/terri-attwood(7df29450-9ecd-4f4d-9e77-32f25f255d97).html

Освіта

Етвуд отримала ступінь бакалавра біофізики в Університеті Лідса в 1982 році. Через два роки, у 1984 р[3] під керівництвом Джона Е. Лайдона[4] вивчала хромонічні мезофази, вона отримала ступінь кандидата наук, також з біофізики.

Дослідження та кар'єра

Етвуд проводила докторські дослідження в Лідсі до 1993 р., коли вона переїхала до університетського коледжу Лондона[5] на п'ять років, перш ніж переїхати в Університет Манчестера в 1999 р. Її дослідження[6] стосується вирівнювання послідовностей білків та аналізу білка.

Натхненна створенням PROSITE, Етвуд розробила метод відбитків білків

і використала це для створення бази даних PRINTS[7][8][9].

З Amos Bairoch вона прагнула уніфікувати роботу класифікації та анотації по сімейству білків врешті-решт спільно реалізувавши грант Європейського союзу з Рольф Апвейлер встановити InterPro,[10][11] з Pfam, ProDom і Swiss-Prot/TrEMBL в якості партнерів консорціуму в 1997 році.[12]

Етвуд керувала великими проектами, включаючи консорціум для видобутку тексту BioMinT FP5[13] освітній консорціум з біоінформатики[14] (включаючи EBI та Швейцарський інститут біоінформатики(Swiss Institute of Bioinformatics) як партнерів) та платформу EPSRC PARADIGM.[15] Вона є головним дослідником по проектам SeqAhead (наступного покоління секвенування аналізу даних мережі)[16] і AllBio (біоінформатична інфраструктура наук для одноклітинних, тварин і рослин)[17], а також була Манчестерським головним дослідником на EMBRACE[18] і EuroKUP (протеоміка нирок та сечі).[19] Етвуд була членом Комітету стратегії навчання біоінформатики компанії ELIXIR (Робочий пакет 11)[20] під час підготовчого етапу ELIXIR. В даний час вона є головою Глобальної мережі біоінформатики EMBnet, вона була членом виконавчих комітетів Міжнародного товариства з біокурації та Навчальної мережі з біоінформатики, а нещодавно була обрана до Ради директорів Міжнародного товариства з обчислювальної біології. У 2012 році вона очолила створення ГОБЛЕТ (Глобальна організація з вивчення, освіти та навчання біоінформатики, GOBLET), в якій партнерами є основні товариства, мережі та організації з біоінформатики, обчислювальної біології та біокурації. Станом на 2016, Етвуд — голова виконавчої ради GOBLET.[21][22]

Окрім того, що вона є біокуратором[12][23], вона спільно розробила інструменти для вирівнювання та візуалізації послідовностей та структур білка, включаючи Амброзію та CINEMA.[24][25] Група будує багаторазово використовувані програмні компоненти для створення корисних програм біоінформатики за допомогою UTOPIA(Інструменти біоінформатики)[26][27] та розробляє нові підходи для автоматичного анотування та аналізу тексту, такі як PRECIS,[28] METIS,[29] BioIE,[30] та семантичні підходи до інтеграції даних[31] такі як Semantic Biochemical Journal[32] опублікований Portland Press . Інструменти UTOPIA лежать в основі як Семантичного біохімічного журналу, так і спільного проекту з Pfizer та AstraZeneca з розробки інтерфейсу 21 століття до біомедичної літератури та управління даними.

Дослідження Етвуд отримали фінансування від Ради з досліджень інженерних та фізичних наук,[33] Ради з досліджень біотехнологій та біологічних наук, Wellcome Trust, Королівського товариства, Європейського Союзу та промисловості.

Викладання

Етвуд викладає на бакалаврських та аспірантських курсах і була докторським радником або співавтором кількох аспірантів (наприклад, Мануеля Корпаса). Етвуд є співавтором кількох розділів книг та трьох популярних підручників з біоінформатики: Вступ до біоінформатики[34] та Біоінформатика та молекулярна еволюція.[35] Етвуд є співавтором підручника з біоінформатики Bioinformatics Challenges at the Interface of Biology and Computer Science: Mind the Gap[36] з Стівом Петтіфер і Дейвом Торном.

Академічна служба

Етвуд працює в редакційній колегії Biochemical Journal(Biochemical Journal),[37] База даних: The Journal of Biological Databases and Curation,[38] Molecular and Cellular Proteomics,  Журнал молекулярної графіки та моделювання та журнал EMBnet.journal. 

Нагороди та відзнаки

З 1993 по 2002 рік Етвуд провадила дослідницьку стипендію Університету Королівського товариства(англ. URF))[2].

Примітки

  1. https://www.biocuration.org/about/executive-commitee/
  2. Anon (2016). Teresa Attwood Professor of Bioinformatics. manchester.ac.uk. Manchester. Архів оригіналу за 24 грудня 2016.
  3. Attwood, PhD Teresa K. (1984). Chromonic mesophases. University of Leeds. OCLC 59334329.
  4. Attwood, T. K.; Lydon, J. E. (1984). Lyotropic Mesophase Formation by Anti-Asthmatic Drugs. Molecular Crystals and Liquid Crystals 108 (3–4): 349. doi:10.1080/00268948408078686.
  5. Teresa K Attwood. biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser.
  6. Terri K. Attwood. Публікації DBLP.
  7. Attwood, T. K.; Coletta, A.; Muirhead, G.; Pavlopoulou, A.; Philippou, P. B.; Popov, I.; Romá-Mateo, C.; Theodosiou, A. та ін. (2012). The PRINTS database: A fine-grained protein sequence annotation and analysis resource--its status in 2012. Database 2012: bas019. PMC 3326521. PMID 22508994. doi:10.1093/database/bas019.
  8. Attwood, T. K.; Croning, M. D.; Flower, D. R.; Lewis, A. P.; Mabey, J. E.; Scordis, P.; Selley, J. N.; Wright, W. (2000). PRINTS-S: The database formerly known as PRINTS. Nucleic Acids Research 28 (1): 225–227. PMC 102408. PMID 10592232. doi:10.1093/nar/28.1.225.
  9. Attwood, T. K.; Bradley, P.; Flower, D. R.; Gaulton, A.; Maudling, N.; Mitchell, A. L.; Moulton, G.; Nordle, A. та ін. (2003). PRINTS and its automatic supplement, prePRINTS. Nucleic Acids Research 31 (1): 400–402. PMC 165477. PMID 12520033. doi:10.1093/nar/gkg030.
  10. Apweiler, R.; Attwood, T. K.; Bairoch, A.; Bateman, A.; Birney, E.last6=Biswas (2001). The InterPro database, an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites. Nucleic Acids Research 29 (1): 37–40. PMC 29841. PMID 11125043. doi:10.1093/nar/29.1.37.
  11. Apweiler, R.; Attwood, T. K.; Bairoch, A.; Bateman, A.; Birney, E.; Biswas, M.; Bucher, P.; Cerutti, L. та ін. (2000). InterPro--an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites. Bioinformatics 16 (12): 1145–1150. PMID 11159333. doi:10.1093/bioinformatics/16.12.1145.
  12. Attwood biography from biocurator.org
  13. BioMinT: Biological Text Mining EU FP5 Quality of Life Project. Архів оригіналу за 25 липня 2012.
  14. EMBER - European Multimedia Bioinformatics Educational Resource. www.bioinf.man.ac.uk.
  15. Platform grant: PARADIGM - Platform for Annotation, Robust Analysis, Data Integration & Genome Management. Процитовано 25 липня 2012.
  16. COST Action: NGS-Data Analysis Network. Процитовано 25 липня 2012.
  17. start – AllBio. Архів оригіналу за 25 липня 2012.
  18. Pettifer, S.; Ison, J.; Kalas, M.; Thorne, D.; McDermott, P.; Jonassen, I.; Liaquat, A.; Fernández, J. M. та ін. (2010). The EMBRACE web service collection. Nucleic Acids Research 38 (Web Server issue): W683–W688. PMC 2896104. PMID 20462862. doi:10.1093/nar/gkq297.
  19. European Kidney and Urine Proteomics | Eurokup. Процитовано 25 липня 2012.
  20. Welcome to ELIXIR. Процитовано 26 липня 2012.
  21. Committees | GOBLET. www.mygoblet.org. Процитовано 24 серпня 2016.
  22. Corpas, M.; Jimenez, R. C.; Bongcam-Rudloff, E.; Budd, A.; Brazas, M. D.; Fernandes, P. L.; van Gelder, C.; Korpelainen, E. та ін. (2015). The GOBLET training portal: a global repository of bioinformatics training materials, courses and trainers. Bioinformatics 31 (1): 140–142. PMC 4271145. PMID 25189782. doi:10.1093/bioinformatics/btu601.
  23. Burge, S.; Attwood, T. K.; Bateman, A.; Berardini, T. Z.; Cherry, M.; O'Donovan, C.; Xenarios, L.; Gaudet, P. (2012). Biocurators and Biocuration: Surveying the 21st century challenges. Database 2012: bar059. PMC 3308150. PMID 22434828. doi:10.1093/database/bar059.
  24. Lord, P. W.; Selley, J. N.; Attwood, T. K. (2002). CINEMA-MX: A modular multiple alignment editor. Bioinformatics 18 (10): 1402–1403. PMID 12376388. doi:10.1093/bioinformatics/18.10.1402.
  25. Parry-Smith, D. J.; Payne, A. W. R.; Michie, A. D.; Attwood, T. K. (1998). CINEMA—a novel Colour INteractive Editor for Multiple Alignments. Gene 221 (1): GC57–GC63. PMID 9852962. doi:10.1016/S0378-1119(97)00650-1.
  26. Attwood, T. K.; Kell, D. B.; McDermott, P.; Marsh, J.; Pettifer, S. R.; Thorne, D. (2010). Utopia documents: Linking scholarly literature with research data. Bioinformatics 26 (18): i568–i574. PMC 2935404. PMID 20823323. doi:10.1093/bioinformatics/btq383.
  27. Pettifer, S. R.; Sinnott, J. R.; Attwood, T. K. (2004). UTOPIA—User-Friendly Tools for Operating Informatics Applications. Comparative and Functional Genomics 5 (1): 56–60. PMC 2447318. PMID 18629035. doi:10.1002/cfg.359.
  28. Mitchell, A. L.; Reich, J. R.; Attwood, T. K. (2003). PRECIS: Protein reports engineered from concise information in SWISS-PROT. Bioinformatics 19 (13): 1664–1671. PMID 12967963. doi:10.1093/bioinformatics/btg204.
  29. Mitchell, A. L.; Divoli, A.; Kim, J. -H.; Hilario, M.; Selimas, I.; Attwood, T. K. (2005). METIS: Multiple extraction techniques for informative sentences. Bioinformatics 21 (22): 4196–4197. PMID 16159915. doi:10.1093/bioinformatics/bti675.
  30. Divoli, A.; Attwood, T. K. (2005). BioIE: Extracting informative sentences from the biomedical literature. Bioinformatics 21 (9): 2138–2139. PMID 15691860. doi:10.1093/bioinformatics/bti296.
  31. Pettifer, S.; Thorne, D.; McDermott, P.; Marsh, J.; Villéger, A.; Kell, D. B.; Attwood, T. K. (2009). Visualising biological data: A semantic approach to tool and database integration. BMC Bioinformatics 10: S19. PMC 2697642. PMID 19534744. doi:10.1186/1471-2105-10-S6-S19.
  32. Attwood, T. K.; Kell, D. B.; McDermott, P.; Marsh, J.; Pettifer, S. R.; Thorne, D. (2009). Calling International Rescue: Knowledge lost in literature and data landslide!. Biochemical Journal 424 (3): 317–333. PMC 2805925. PMID 19929850. doi:10.1042/BJ20091474.
  33. Anon. Grants awarded to Terri Attwood by the EPSRC. epsrc.ac.uk. Swindon. Процитовано 25 липня 2012.
  34. Parry-Smith, David J.; Attwood, Teresa K. (1999). Introduction to bioinformatics. New York: Longman. ISBN 978-0-582-32788-7.
  35. Attwood, Teresa K.; Higgs, Paul (2005). Bioinformatics And Molecular Evolution. Cambridge, Massachusetts: Blackwell Publishers. ISBN 978-1-4051-0683-2.
  36. Attwood, Teresa K.; Pettifer, Stephen Robert; Thorne, David (2016). Bioinformatics Challenges at the Interface of Biology and Computer Science: Mind the Gap. Chichester, West Sussex ; Hoboken, New Jersey: Wiley-Blackwell. с. 424. ISBN 9780470035481. OCLC 951190363.
  37. Biochemical Journal Editorial Board. Архів оригіналу за 20 лютого 1999. Процитовано 25 липня 2012.
  38. Oxford Journals | Life Sciences | Database | Editorial board. Процитовано 25 липня 2012.
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.