Террі Етвуд
Тереза К. Етвуд (Terri Attwood, Teresa K. Attwood) — професор біоінформатики в Департаменті комп'ютерних наук та Школи біологічних наук Університету Манчестера та запрошений співробітник Європейського інституту біоінформатики (англ. EMBL-EBI). Вона проводила стипендію університетського королівського товариства в Лондонському університетському коледжі (UCL) з 1993 по 1999 рік і в Університеті Манчестера з 1999 по 2002 рік[2].
Террі Етвуд | |
---|---|
| |
Народилася | 20 листопада 1959 (62 роки) |
Країна | Велика Британія |
Діяльність | біоінформатик, інформатикиня |
Alma mater | University of Leeds |
Галузь | біоінформатика |
Заклад | Манчестерський університет і Університет Лідса |
Членство | International Society for Biocurationd[1] |
Нагороди | Royal Society University Research Fellowship 1993—2002[2] |
Особ. сторінка | pureprojects.ppad.man.ac.uk/portal/en/researchers/terri-attwood(7df29450-9ecd-4f4d-9e77-32f25f255d97).html |
Освіта
Етвуд отримала ступінь бакалавра біофізики в Університеті Лідса в 1982 році. Через два роки, у 1984 р[3] під керівництвом Джона Е. Лайдона[4] вивчала хромонічні мезофази, вона отримала ступінь кандидата наук, також з біофізики.
Дослідження та кар'єра
Етвуд проводила докторські дослідження в Лідсі до 1993 р., коли вона переїхала до університетського коледжу Лондона[5] на п'ять років, перш ніж переїхати в Університет Манчестера в 1999 р. Її дослідження[6] стосується вирівнювання послідовностей білків та аналізу білка.
Натхненна створенням PROSITE, Етвуд розробила метод відбитків білків
і використала це для створення бази даних PRINTS[7][8][9].
З Amos Bairoch вона прагнула уніфікувати роботу класифікації та анотації по сімейству білків врешті-решт спільно реалізувавши грант Європейського союзу з Рольф Апвейлер встановити InterPro,[10][11] з Pfam, ProDom і Swiss-Prot/TrEMBL в якості партнерів консорціуму в 1997 році.[12]
Етвуд керувала великими проектами, включаючи консорціум для видобутку тексту BioMinT FP5[13] освітній консорціум з біоінформатики[14] (включаючи EBI та Швейцарський інститут біоінформатики(Swiss Institute of Bioinformatics) як партнерів) та платформу EPSRC PARADIGM.[15] Вона є головним дослідником по проектам SeqAhead (наступного покоління секвенування аналізу даних мережі)[16] і AllBio (біоінформатична інфраструктура наук для одноклітинних, тварин і рослин)[17], а також була Манчестерським головним дослідником на EMBRACE[18] і EuroKUP (протеоміка нирок та сечі).[19] Етвуд була членом Комітету стратегії навчання біоінформатики компанії ELIXIR (Робочий пакет 11)[20] під час підготовчого етапу ELIXIR. В даний час вона є головою Глобальної мережі біоінформатики EMBnet, вона була членом виконавчих комітетів Міжнародного товариства з біокурації та Навчальної мережі з біоінформатики, а нещодавно була обрана до Ради директорів Міжнародного товариства з обчислювальної біології. У 2012 році вона очолила створення ГОБЛЕТ (Глобальна організація з вивчення, освіти та навчання біоінформатики, GOBLET), в якій партнерами є основні товариства, мережі та організації з біоінформатики, обчислювальної біології та біокурації. Станом на 2016, Етвуд — голова виконавчої ради GOBLET.[21][22]
Окрім того, що вона є біокуратором[12][23], вона спільно розробила інструменти для вирівнювання та візуалізації послідовностей та структур білка, включаючи Амброзію та CINEMA.[24][25] Група будує багаторазово використовувані програмні компоненти для створення корисних програм біоінформатики за допомогою UTOPIA(Інструменти біоінформатики)[26][27] та розробляє нові підходи для автоматичного анотування та аналізу тексту, такі як PRECIS,[28] METIS,[29] BioIE,[30] та семантичні підходи до інтеграції даних[31] такі як Semantic Biochemical Journal[32] опублікований Portland Press . Інструменти UTOPIA лежать в основі як Семантичного біохімічного журналу, так і спільного проекту з Pfizer та AstraZeneca з розробки інтерфейсу 21 століття до біомедичної літератури та управління даними.
Дослідження Етвуд отримали фінансування від Ради з досліджень інженерних та фізичних наук,[33] Ради з досліджень біотехнологій та біологічних наук, Wellcome Trust, Королівського товариства, Європейського Союзу та промисловості.
Викладання
Етвуд викладає на бакалаврських та аспірантських курсах і була докторським радником або співавтором кількох аспірантів (наприклад, Мануеля Корпаса). Етвуд є співавтором кількох розділів книг та трьох популярних підручників з біоінформатики: Вступ до біоінформатики[34] та Біоінформатика та молекулярна еволюція.[35] Етвуд є співавтором підручника з біоінформатики Bioinformatics Challenges at the Interface of Biology and Computer Science: Mind the Gap[36] з Стівом Петтіфер і Дейвом Торном.
Примітки
- https://www.biocuration.org/about/executive-commitee/
- Anon (2016). Teresa Attwood Professor of Bioinformatics. manchester.ac.uk. Manchester. Архів оригіналу за 24 грудня 2016.
- Attwood, PhD Teresa K. (1984). Chromonic mesophases. University of Leeds. OCLC 59334329.
- Attwood, T. K.; Lydon, J. E. (1984). Lyotropic Mesophase Formation by Anti-Asthmatic Drugs. Molecular Crystals and Liquid Crystals 108 (3–4): 349. doi:10.1080/00268948408078686.
- Teresa K Attwood. biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser.
- Terri K. Attwood. Публікації DBLP.
- Attwood, T. K.; Coletta, A.; Muirhead, G.; Pavlopoulou, A.; Philippou, P. B.; Popov, I.; Romá-Mateo, C.; Theodosiou, A. та ін. (2012). The PRINTS database: A fine-grained protein sequence annotation and analysis resource--its status in 2012. Database 2012: bas019. PMC 3326521. PMID 22508994. doi:10.1093/database/bas019.
- Attwood, T. K.; Croning, M. D.; Flower, D. R.; Lewis, A. P.; Mabey, J. E.; Scordis, P.; Selley, J. N.; Wright, W. (2000). PRINTS-S: The database formerly known as PRINTS. Nucleic Acids Research 28 (1): 225–227. PMC 102408. PMID 10592232. doi:10.1093/nar/28.1.225.
- Attwood, T. K.; Bradley, P.; Flower, D. R.; Gaulton, A.; Maudling, N.; Mitchell, A. L.; Moulton, G.; Nordle, A. та ін. (2003). PRINTS and its automatic supplement, prePRINTS. Nucleic Acids Research 31 (1): 400–402. PMC 165477. PMID 12520033. doi:10.1093/nar/gkg030.
- Apweiler, R.; Attwood, T. K.; Bairoch, A.; Bateman, A.; Birney, E.last6=Biswas (2001). The InterPro database, an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites. Nucleic Acids Research 29 (1): 37–40. PMC 29841. PMID 11125043. doi:10.1093/nar/29.1.37.
- Apweiler, R.; Attwood, T. K.; Bairoch, A.; Bateman, A.; Birney, E.; Biswas, M.; Bucher, P.; Cerutti, L. та ін. (2000). InterPro--an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites. Bioinformatics 16 (12): 1145–1150. PMID 11159333. doi:10.1093/bioinformatics/16.12.1145.
- Attwood biography from biocurator.org
- BioMinT: Biological Text Mining EU FP5 Quality of Life Project. Архів оригіналу за 25 липня 2012.
- EMBER - European Multimedia Bioinformatics Educational Resource. www.bioinf.man.ac.uk.
- Platform grant: PARADIGM - Platform for Annotation, Robust Analysis, Data Integration & Genome Management. Процитовано 25 липня 2012.
- COST Action: NGS-Data Analysis Network. Процитовано 25 липня 2012.
- start – AllBio. Архів оригіналу за 25 липня 2012.
- Pettifer, S.; Ison, J.; Kalas, M.; Thorne, D.; McDermott, P.; Jonassen, I.; Liaquat, A.; Fernández, J. M. та ін. (2010). The EMBRACE web service collection. Nucleic Acids Research 38 (Web Server issue): W683–W688. PMC 2896104. PMID 20462862. doi:10.1093/nar/gkq297.
- European Kidney and Urine Proteomics | Eurokup. Процитовано 25 липня 2012.
- Welcome to ELIXIR. Процитовано 26 липня 2012.
- Committees | GOBLET. www.mygoblet.org. Процитовано 24 серпня 2016.
- Corpas, M.; Jimenez, R. C.; Bongcam-Rudloff, E.; Budd, A.; Brazas, M. D.; Fernandes, P. L.; van Gelder, C.; Korpelainen, E. та ін. (2015). The GOBLET training portal: a global repository of bioinformatics training materials, courses and trainers. Bioinformatics 31 (1): 140–142. PMC 4271145. PMID 25189782. doi:10.1093/bioinformatics/btu601.
- Burge, S.; Attwood, T. K.; Bateman, A.; Berardini, T. Z.; Cherry, M.; O'Donovan, C.; Xenarios, L.; Gaudet, P. (2012). Biocurators and Biocuration: Surveying the 21st century challenges. Database 2012: bar059. PMC 3308150. PMID 22434828. doi:10.1093/database/bar059.
- Lord, P. W.; Selley, J. N.; Attwood, T. K. (2002). CINEMA-MX: A modular multiple alignment editor. Bioinformatics 18 (10): 1402–1403. PMID 12376388. doi:10.1093/bioinformatics/18.10.1402.
- Parry-Smith, D. J.; Payne, A. W. R.; Michie, A. D.; Attwood, T. K. (1998). CINEMA—a novel Colour INteractive Editor for Multiple Alignments. Gene 221 (1): GC57–GC63. PMID 9852962. doi:10.1016/S0378-1119(97)00650-1.
- Attwood, T. K.; Kell, D. B.; McDermott, P.; Marsh, J.; Pettifer, S. R.; Thorne, D. (2010). Utopia documents: Linking scholarly literature with research data. Bioinformatics 26 (18): i568–i574. PMC 2935404. PMID 20823323. doi:10.1093/bioinformatics/btq383.
- Pettifer, S. R.; Sinnott, J. R.; Attwood, T. K. (2004). UTOPIA—User-Friendly Tools for Operating Informatics Applications. Comparative and Functional Genomics 5 (1): 56–60. PMC 2447318. PMID 18629035. doi:10.1002/cfg.359.
- Mitchell, A. L.; Reich, J. R.; Attwood, T. K. (2003). PRECIS: Protein reports engineered from concise information in SWISS-PROT. Bioinformatics 19 (13): 1664–1671. PMID 12967963. doi:10.1093/bioinformatics/btg204.
- Mitchell, A. L.; Divoli, A.; Kim, J. -H.; Hilario, M.; Selimas, I.; Attwood, T. K. (2005). METIS: Multiple extraction techniques for informative sentences. Bioinformatics 21 (22): 4196–4197. PMID 16159915. doi:10.1093/bioinformatics/bti675.
- Divoli, A.; Attwood, T. K. (2005). BioIE: Extracting informative sentences from the biomedical literature. Bioinformatics 21 (9): 2138–2139. PMID 15691860. doi:10.1093/bioinformatics/bti296.
- Pettifer, S.; Thorne, D.; McDermott, P.; Marsh, J.; Villéger, A.; Kell, D. B.; Attwood, T. K. (2009). Visualising biological data: A semantic approach to tool and database integration. BMC Bioinformatics 10: S19. PMC 2697642. PMID 19534744. doi:10.1186/1471-2105-10-S6-S19.
- Attwood, T. K.; Kell, D. B.; McDermott, P.; Marsh, J.; Pettifer, S. R.; Thorne, D. (2009). Calling International Rescue: Knowledge lost in literature and data landslide!. Biochemical Journal 424 (3): 317–333. PMC 2805925. PMID 19929850. doi:10.1042/BJ20091474.
- Anon. Grants awarded to Terri Attwood by the EPSRC. epsrc.ac.uk. Swindon. Процитовано 25 липня 2012.
- Parry-Smith, David J.; Attwood, Teresa K. (1999). Introduction to bioinformatics. New York: Longman. ISBN 978-0-582-32788-7.
- Attwood, Teresa K.; Higgs, Paul (2005). Bioinformatics And Molecular Evolution. Cambridge, Massachusetts: Blackwell Publishers. ISBN 978-1-4051-0683-2.
- Attwood, Teresa K.; Pettifer, Stephen Robert; Thorne, David (2016). Bioinformatics Challenges at the Interface of Biology and Computer Science: Mind the Gap. Chichester, West Sussex ; Hoboken, New Jersey: Wiley-Blackwell. с. 424. ISBN 9780470035481. OCLC 951190363.
- Biochemical Journal Editorial Board. Архів оригіналу за 20 лютого 1999. Процитовано 25 липня 2012.
- Oxford Journals | Life Sciences | Database | Editorial board. Процитовано 25 липня 2012.