World Community Grid
World Community Grid (WCG) — це проєкт для розподілених обчислень (глобальна спілка користувачів, які надають вільні ресурси своїх комп'ютерів для вирішення складних завдань), запроваджений 2004 року. Розвивався компанією IBM (з технічного боку) у співпраці з Національним інститутом охорони здоров'я США, Всесвітньою організацією охорони здоров'я, ООН[1]. У вересні 2021 року було оголошено, що право власності IBM передала Крембільському науково-дослідному інституту.
Тип | Розподілені обчислення |
---|---|
Розробник | IBM |
Перший випуск | 16 листопада 2004 |
Платформа | BOINC |
Операційна система |
• Windows • Linux • Mac OS • Android |
Мова програмування | C++ |
Стан розробки | Активний |
Вебсайт | www.worldcommunitygrid.org |
Проекти WCG проаналізували дані, пов'язані з геномом людини, Мікробіомом людини, хворобами людини, моделюванням опадів, врожайністю рису, екологічно чистою енергією, очищенням води, та деякі інші дані[2].
Проєкт обчислюється не лише добровольцями (у число яких може вступити кожен), але і партнерськими організаціями з багатьох країн. На 2/2/22 року нараховується 805 958 зареєстрованих користувачів[3], процесорних обчислень більш, ніж на 500 тисяч років.
Історія
Спочатку WCG підтримував лише Windows і працював на платформі компанії United Devices (авторів проєкту grid.org). Займався підпроєктом в grid.org, Smallpox Research Project — націленим на розвиток медикаментів проти натуральної віспи. Дослідження віспи проаналізувало ефективність сполук за допомогою великої розподіленої обчислювальної сітки. Пізніше відбувся перехід на платформу BOINC, який дозволив розширити коло користувачів з іншими операційними системами, наприклад Андроїд.
Команда WCG почала передавати дані для всіх активних проектів WCG до Крембільського науково-дослідного інституту. Початок тестування всієї системи відбудеться 28 лютого 2022 року.[4]
Інформація по міграції:
Веб-сайт World Community Grid проходить планове технічне обслуговування, але ми повернемося найближчим часом. У той же час, відвідайте нас на Фейсбук і Твіттер для отримання додаткової інформації.
Триває завершальний етап міграції WCG до Крембільського науково-дослідного інституту WCG.
- World Community Grid призупиняє відправку робочих підрозділів: 14 лютого 2022 року.
- World Community Grid призупиняє прийом робочих одиниць: 27 лютого 2022 року.
- Сайт і форум будуть в автономному режимі: з 28 лютого по 22 квітня 2022 року.
Дякуємо за підтримку, терпіння і розуміння. Опубліковано 28 Лют 2022.[5]
Проєкти
Учасник може зробити вибір із низки досліджень, станом на лютий 2022 року є 5 активних проєктів і 26 завершених.
Активні
- Search for potential treatments for COVID-19 (початок 14 травня 2020[6]) — Перевіряє хімічні сполуки, які можуть допомогти в боротьбі з COVID-19. Інструменти та методи, розроблені науковцями для боротьби з хворобою, можуть бути використані в майбутньому всіма дослідниками для швидшого пошуку методів лікування потенційних пандемій[7]. У співпраці з інститутом Скріппса[8].
- Smash Childhood Cancer (початок 15 лютого 2016[9]) — Починаючи з 2009 року, World Community Grid є частиною боротьби з дитячим раком. Цей проєкт продовжує роботу, розширюючи пошук кращих методів лікування до більшої кількості видів дитячого раку.[10] У співпраці з Тібським університетом та Японською асоціацією дитячих онкологів[11], послуговуючись інструментом AutoDock.
- Africa Rainfall Project (початок жовтень 2019 року[12]) — В Африці сільське господарство сильно залежить від локалізованих опадів, які важко передбачити. У співпраці з Трансафриканською гідрометеорологічною обсерваторією (TAHMO[13]) дослідники будуть моделювати опади на континенті. Головний дослідник проекту, професор Нік ван де Гізен, Ван Куфелер[14] а також Delft Global Initiative[15]. Використовуватиме обчислювальну потужність World Community Grid, дані The Weather Company та інші дані для покращення моделювання опадів, що може допомогти фермерам у країнах Африки на південь від Сахари успішно вирощувати свої врожаї.[16]
- Help Stop TB (початок березень 2016[17]) — Мета допомогти боротися з хворобою туберкульоз, хворобою, спричиненою бактерією, яка розвиває стійкість до доступних на даний момент методів лікування. Розрахунки цього проекту спрямовані на міколеві кислоти в захисній оболонці бактерії, моделюючи поведінку цих молекул, щоб краще зрозуміти, як вони захищають бактерії. У співпраці з Ноттінгемським університетом.
- Mapping Cancer Markers (початок листопад 2013[18])— дослідження спрямоване на виявлення маркерів, пов'язаних з різними типами раку, і аналізує мільйони точок даних, зібраних із тисяч зразків тканин здорових і ракових пацієнтів. До них належать тканини з раком легенів, яєчників, передміхурової залози, підшлункової залози та молочної залози. Порівнюючи ці різні точки даних, дослідники прагнуть визначити моделі маркерів для різних видів раку та співвіднести їх з різними результатами, включаючи чутливість до різних варіантів лікування. Дослідження зосереджено на 4 типах раку, з першим акцентом на рак легенів, а також на рак яєчників, рак простати та саркому.[19]
Не постійні або на стадії запуску
- Beta Testing (стартував 1 серпня 2006) — це перевірка проєктів на стабільність і можливі помилки, перш ніж офіційно відбудеться запуск в WCG.
Завершені
- Human Proteome Folding — Phase 1 (16 листопада 2004 — 18 липня 2006) — Першим великим проектом, що працює в мережі, був Проект згортання протеомів людини, або HPF1, який був призначений для прогнозування структури людських білків. Цей проект був унікальним у тому, що обчислення було виконано в тандемі з grid.org розподіленим обчислювальним проєктом.[20] Розроблений Річардом Бонно з Інституту системної біології, проєкт використовував грід-обчислення для отримання ймовірних структур для кожного з білків, використовуючи оцінку Розетти. Проєкт був покликаний створити ймовірну структуру для кожного білка. Дослідники сподіваються, що з цих прогнозів вони зможуть передбачити роль мільйонів різних білків. Краще розуміння людського білка може бути життєво важливим у пошуку ліків від хвороб людини.[21] Нью-Йоркський університет.
- Human Proteome Folding — Phase 2 (23 червня 2006—2013) — розрахунок структури білків у людському тілі[22]. Цей проект, що випливає з HPF1, був зосереджений на білках, що виділяються людиною, з особливим акцентом на біомаркери та білки на поверхні клітин, а також плазмодію, організм, який викликає малярію. HPF2 генерує білкові моделі з більш високою роздільною здатністю, ніж HPF1. Хоча ці моделі з більш високою роздільною здатністю є більш корисними, вони також вимагають більшої обчислювальної потужності для створення.[23] Нью-Йоркський університет.
У звіті про стан у липні 2012 року вчені проекту повідомили, що результати, отримані за розрахунками WCG, використовуються доктором Маркусом Ландталером з Центру молекулярної медицини Макса Дельбруха (MDC) в Берліні. Результати HPF2 допомогли доктору Маркусу Ландталеру та його співробітникам написати нову статтю на «MRNA-пов'язаний протеом та його глобальний профіль зайнятості на стенограмах кодування білків»[24]
- Help Defeat Cancer (20 липня 2006 — квітень 2007)[25] — Його мета полягає в тому, щоб краще вилікувати рак молочної залози, голови і шиї під час прогресування захворювання. Досліджував мікрослайди тканин, аби визначити як можна поліпшити терапію раку на ранньому етапі діагностики, тепер це Help Conquer Cancer (дивись далі).[26]
Лабораторія професора Девіда Форана в Інститут раку в Нью-Джерсі[27], UMDNJ — Медична школа Роберта Вуда Джонсона веде спільний проект з групою слідчих Університет Рутгерса[28] та Пенсильванський університет.[29] У співпраці з Національним інститутом раку (США).
- Genome Comparison (21 листопада 2006[30] — 21 липня 2007[31]) — розшифровка інформації геномів різних організмів.[32] Oswaldo Cruz Institute.
- Help Defeat Muscular Dystrophy — Phase 1 (початок грудень 2006[33] закінчився у червні 2007[34]) — досліджував білок-білкові взаємодії, за яких виникає захворювання м'язової дистрофії.[35]
- Computing for Clean Water (21 вересня 2010[36] закінчився в липні 2015[37]) — досліджував застосування нанотехнологій для очищення води. Автор проєкту Франсуа Грей[38]. У співпраці з Університет Цінхуа, Citizen Cyberscience Centre.
- FightAIDS@Home (Містив дві фази. Перша фаза стартувала 21 листопада 2005[39] Завершена була 11 листопада 2015[40]. Друга фаза стартувала 30 вересня 2015 р.[41] призупинена 14 жовтня 2020[42]) — це пошук нових методів лікування ВІЛ-інфекції та СНІДу. Метою є знайдення серед мільйонів хімічних сполук речовини, здатної блокувати вірусну протеазу, що робить неможливим розмноження вірусу.[43] Це другий великий дослідницький проєкт WCG, який проводиться у співпраці The Scripps Research Institute і Prof. Arthur J. Olson's laboratory. І був першим проектом World Community Grid, який працював на смартфонах і планшетах з операційною системою Android. Фаза 2 була більш радикальною, ніж випливає з назви — волонтери World Community Grid мали можливість допомогти нам перевірити нову перспективну парадигму досліджень, яка може допомогти в пошуку лікування багатьох захворювань, а не тільки ВІЛ. Поточний стан проєкту «Призупинено».[44]
- Help Conquer Cancer (стартував 6 листопада 2007[45]) — завдання полягало в тому, аби поліпшити результати рентгенівської кристалографії, яка допомагає дослідникам не лише описати невідомі структури протонеми людини, але і значним чином зрозуміти як утворюється рак. За підтримки Інституту дослідження раку Онтаріо[46] і Університетської мережі охорони здоров'я Торонто.
- Nutritious Rice for the World (стартував 12 травня 2008[47]) — покращування властивостей сортів рису, в першу чергу для країн третього світу. University of Washington.
- The Clean Energy Project (стартував 5 грудня 2008[48]) — це перша стадія проєкту перед якою поставлене завдання обрати з комбінацій молекул найбільш продуктивні для створення дешевих, гнучких і ефективних сонячних елементів. За підтримки Гарвардського університету i Department of Chemistry and Chemical Biology.
- Help Fight Childhood Cancer (стартував 13 березня 2009[49]) — цей проєкт допоможе знайти ліки, які зможуть заблокувати три види білків звичайно позв'язуваних із розвитком нейробластоми (різновид раку) — одного з видів щільних пухлин, які найчастіше розвиваються у дітей у ранньому віці. Chiba University Chiba Cancer Center's[50]. Розрахунок цих ліків потенційно може зробити хворобу набагато більш виліковною в поєднанні з хіміотерапією.[51]
- Influenza Antiviral Drug Search (стартував 5 травня 2009[52] — перша фаза закінчилась 22 жовтня 2009 року[53]) — намагаються знайти хімічні сполуки, які інгібують (блокують) ключові компоненти білкової оболонки вірусу грипу. Тринадцятий запущений проєкт працює у співпраці з The University of Texas Medical Branch i Galveston National Laboratory.
- Help Defeat Muscular Dystrophy — Phase 2 (стартував 12 травня 2009[54] завершився травень 2013[55]) — створення нової бази даних з інформацією про функціонально взаємодійні білки. Decrypthon, AFM (French Muscular Dystrophy Association), CNRS (French National Center for Scientific Research), Universite Pierre et Marie Curie, IBM.
- Discovering Dengue Drugs — Together (Перша фаза початок 21 серпня 2007[56] — 11 серпеня 2009[57] Друга фаза початок лютий 2010[58]) — пошук ліків і вакцин від денге, гарячки Західного Нілу, гепатиту C і жовтої гарячки. The University of Texas Medical Branch.
- AfricanClimate@Home (жовтень 2007[59] — 9 липня 2008[60]) — перша стадія розробки точніших кліматичних моделей для різних регіонів Африки. University of Cape Town.
- Microbiome Immunity Project (запущений в серпні 2017 р.[61] — 17.12.2021[62]) — Ми закінчили розрахунки WCG для проекту імунітету Мікробіома людини кілька місяців тому, але дослідження все ще тривають. Багатство даних, які ви допомогли нам придбати, є справжньою скарбницею для біологічних відкриттів![63] У співпраці з Університет Каліфорнії у Сан-Дієго, Броад інститут MIT та Гарвард, а також Інститут Флатірон Фонд Саймонс.[64]
Дослідники кажуть…
«Без World Community Grid ми б навіть не подумали про цей проект.» Оригінальний текст (англ.) «Without World Community Grid, we wouldn't have even contemplated this project.» |
Роб Найт, доктор філософії Професор кафедри педіатрії та інформатики та інженерії Директор Центру мікробіомних інновацій Співголовний дослідник проекту імунітету мікробіома.
Примітки
- The New York Times. Published: November 16, 2004
- Research Overview. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 10 січня 2022.
- Global Statistics. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 9 січня 2022.
- WCG Data Transfer Underway, Stress Test of New Infrastructure Scheduled For Feb 28th. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 19 лютого 2022.
- Home. www.worldcommunitygrid.org (англ.). Процитовано 28 лютого 2022.
- Help Stop COVID-19 and Future Pandemics in Their Tracks. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 27 січня 2022.
- OpenPandemics - COVID-19 | Research | World Community Grid. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 27 січня 2022.
- Your computer can help scientists seek potential COVID-19 treatments. www.scripps.edu (англ.). Процитовано 27 січня 2022.
- Smash Childhood Cancer | Research | World Community Grid. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 27 січня 2022.
- Welcome to the Help Fight Childhood Cancer project.. www.project-hfcc.jp. Процитовано 10 січня 2022.
- Children's Cancer Association of Japan. ccaj-found.or.jp. Процитовано 28 січня 2022.
- Announcing the Africa Rainfall Project. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 29 січня 2022.
- The Trans-African Hydro-Meteorological Observatory (TAHMO). tahmo.org. Процитовано 30 січня 2022. (англ.)
- Ondersteuning door Familie Vereniging "Van Kuffeler". TU Delft. Процитовано 30 січня 2022. (нід.) (англ.)
- TU Delft | Global Initiative. TU Delft. Процитовано 30 січня 2022. (англ.)
- Super computing power for rainfall modelling in Africa. TU Delft (амер.). Процитовано 10 січня 2022.
- Researchers Partner with World Community Grid to Help Stop a Leading Killer. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 29 січня 2022.
- Mapping Cancer Markers project launch. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 29 січня 2022.
- MappingCancerMarkers. www.cs.utoronto.ca. Процитовано 10 січня 2022.
- World Community Grid - View Thread - Launch of Human Proteome Folding Phase 2 project. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 2 лютого 2022.
- Human Proteome Folding. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 23 грудня 2021.
- Human Proteome Folding - Phase 2. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 7 грудня 2021.
- Human Proteome Folding - Phase 2. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 2 лютого 2022.
- Baltz, Alexander G.; Munschauer, Mathias; Schwanhäusser, Björn; Vasile, Alexandra; Murakawa, Yasuhiro; Schueler, Markus; Youngs, Noah; Penfold-Brown, Duncan та ін. (8 червня 2012). The mRNA-Bound Proteome and Its Global Occupancy Profile on Protein-Coding Transcripts. Molecular Cell (English) 46 (5). с. 674–690. ISSN 1097-2765. PMID 22681889. doi:10.1016/j.molcel.2012.05.021. Процитовано 2 лютого 2022.
- World Community Grid - View Thread - Help Defeat Cancer project launched. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 2 лютого 2022.
- Help Defeat Cancer. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 23 грудня 2021.
- Homepage | Rutgers Cancer Institute of New Jersey. www.cinj.org. Процитовано 2 лютого 2022.
- Rutgers University. Rutgers University (англ.). Процитовано 2 лютого 2022.
- University of Pennsylvania. www.upenn.edu. Процитовано 2 лютого 2022.
- World Community Grid - View Thread - Launch of Fiocruz Genome Comparison Project. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 28 лютого 2022.
- World Community Grid - View Thread - Genome Comparison project near completion. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 28 лютого 2022.
- Fiocruz Genome Comparison. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 23 грудня 2021.
- World Community Grid - View Thread - Launch of the Help Cure Muscular Dystrophy Project. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 22 лютого 2022.
- World Community Grid - View Thread - Encore merci à tous / Thanks again very much. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 22 лютого 2022.
- Help Cure Muscular Dystrophy. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 23 грудня 2021.
- Launch of the Computing for Clean Water Project. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 4 лютого 2022.
- Enhancing the potential for nanotechnology to improve access to clean water for millions. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 4 лютого 2022.
- Prof. Francois Grey. cui.unige.ch. Процитовано 4 лютого 2022.
- Pioneering new techniques in the fight against HIV. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 7 грудня 2021.
- A decade of progress is just the beginning in our fight against AIDS. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 19 лютого 2022.
- Pioneering new techniques in the fight against HIV. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 19 лютого 2022.
- October Update: FightAIDS@Home. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 19 лютого 2022.
- FightAIDS@Home. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 23 грудня 2021.
- October Update: FightAIDS@Home. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 19 лютого 2022.
- World Community Grid - View Thread - Launch of Help Conquer Cancer Project. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 7 грудня 2021.
- Weiss, Todd R. (6 листопада 2007). Cancer research gets boost from World Community Grid project. Computerworld (англ.). Процитовано 9 січня 2022.
- End of Nutritious Rice for the World project. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 7 грудня 2021.
- World Community Grid - View Thread - Launch of The Clean Energy Project. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 19 лютого 2022.
- World Community Grid - View Thread - Launch of the Help Fight Childhood Cancer Project. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 26 лютого 2022.
- Help Fight Childhood Cancer | Research | World Community Grid. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 26 лютого 2022.
- Help Fight Childhood Cancer | Research | World Community Grid. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 26 лютого 2022.
- World Community Grid - View Thread - Launch of Influenza Antiviral Drug Search Project. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 22 лютого 2022.
- World Community Grid - View Thread - Influenza Antiviral Drug Search (Phase 1) Completion. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 22 лютого 2022.
- World Community Grid - View Thread - Launch of the Help Cure Muscular Dystrophy – Phase 2 Project. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 22 лютого 2022.
- End of the Help Cure Muscular Dystrophy - Phase 2 project. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 22 лютого 2022.
- World Community Grid - View Thread - Launch of Discovering Dengue Drugs - Together Project. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 22 лютого 2022.
- World Community Grid - View Thread - Discovering Dengue Drugs – Together (Phase 1) Completion. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 22 лютого 2022.
- Launch of Discovering Dengue Drugs - Together - Phase 2 Project. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 22 лютого 2022.
- World Community Grid - View Thread - Launch of AfricanClimate@Home Project. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 22 лютого 2022.
- World Community Grid - View Thread - Thank you Grid Users. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 22 лютого 2022.
- The Bacteria Inside Us: Gaining a New Understanding of Human Disease. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 20 лютого 2022.
- Closing summary from Microbiome Immunity Project. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 20 лютого 2022.
- Microbiome Immunity Project | Research | World Community Grid. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 30 грудня 2021.
- Microbiome Immunity Project Researchers Create Ambitious Plans for Data. www.worldcommunitygrid.org. Процитовано 20 лютого 2022.