Епсилон-варіант SARS-CoV-2

Епсилон-варіант, також відомий як CAL.20C і відноситься до двох ліній PANGO B.1.427 і B.1.429, є одним із варіантів SARS-CoV-2, вірусу, що викликає COVID-19. Вперше його виявили в Каліфорнії, США, у липні 2020 року.[2]

Епсилон-варіант SARS-CoV-2
Офіційна назва англ. Epsilon[1][1]
Названо на честь епсилон
Дата відкриття (винаходу) березень 2020[1]
Місце відкриття Каліфорнія і США[1]
Частково збігається з SARS-CoV-2 Lineage B.1.429d
 Епсилон-варіант SARS-CoV-2 у Вікісховищі

Станом на липень 2021 року ВООЗ більше не розглядає епсилон як варіант, який цікавить.[3]

Мутації

Варіант має п'ять визначальних мутацій (I4205V і D1183Y в гені ORF1ab і S13I, W152C, L452R в S-гені білка шипа ),[4] з яких L452R (раніше також виявлений в інших неспоріднених лініях) був особливе занепокоєння. [5] B.1.429, можливо, є більш переданим, ніж попередні варіанти, що циркулюють локально, але для підтвердження цього необхідне подальше дослідження.[5] Центри з контролю та профілактики захворювань (CDC) перерахували B.1.429 і пов’язаний з ним B.1.427 як « варіанти, що викликають занепокоєння », і цитує препринт, в якому говориться, що вони демонструють збільшення на ~20% передачі вірусу, що вони мають « Значний вплив на нейтралізацію деяких, але не всіх" терапевтичних засобів, які отримали дозвіл на екстрене використання (EUA) від Управління з контролю за продуктами і медикаментами (FDA) для лікування або профілактики COVID-19, і що вони помірно зменшують нейтралізацію плазмою, зібраною люди, які раніше були інфіковані вірусом або отримали вакцину проти вірусу.[6][7] У травні 2021 року Всесвітня організація охорони здоров’я (ВООЗ) дала варіанту нову назву «варіант Епсилон».[8]

  • Амінокислотні мутації варіанту SARS-CoV-2 Epsilon нанесені на карту геному SARS-CoV-2 з акцентом на спайку.

Історія

Епсилон-варіант (CAL.20C) вперше спостерігали в липні 2020 року дослідники з Медичного центру Cedars-Sinai, Каліфорнія, в одному з 1230 зразків вірусу, зібраних в окрузі Лос-Анджелес з початку епідемії COVID-19. Він не був знову виявлений до вересня, коли він знову з’явився серед зразків у Каліфорнії, але цифри залишалися дуже низькими до листопада.[9][10] У листопаді 2020 року епсилон-варіант становив 36 відсотків зразків, зібраних у медичному центрі Cedars-Sinai, а до січня 2021 року епсилон-варіант становив 50 відсотків зразків.[5] У спільному прес-релізі Каліфорнійського університету в Сан-Франциско, Департаменту охорони здоров’я Каліфорнії та Департаменту охорони здоров’я округу Санта-Клара [11] було оголошено, що цей варіант також був виявлений в кількох округах Північної Каліфорнії. З листопада по грудень 2020 року частота цього варіанта в секвенованих випадках з Північної Каліфорнії зросла з 3% до 25%.[12] У препринті CAL.20C описується як належить до клади Nextstrain 20C і вносить приблизно 36% зразків, тоді як новий варіант із клади 20G становить близько 24% зразків у дослідженні, зосередженому на Південній Каліфорнії. Однак зауважте, що в США в цілому 20G клад переважає, станом на січень 2021 року. Після збільшення кількості епсилон-варіант в Каліфорнії цей варіант був виявлений з різною частотою в більшості штатів США. Невеликі цифри були виявлені в інших країнах Північної Америки, а також в Європі, Азії та Австралії.[9][10] За даними GISAID, станом на липень 2021 року епсилон-варіант був виявлений у 45 країнах. [13] Після початкового збільшення його частота швидко впала з лютого 2021 року, оскільки його випереджав більш переданий варіант альфа. У квітні епсилон-варіант залишався відносно частим у частинах північної Каліфорнії, але він практично зник з півдня штату і ніколи не міг закріпитися в інших місцях; лише 3,2% усіх випадків у Сполучених Штатах були епсилон, тоді як на той час більше двох третин були альфа.[14]

Див. також

Посилання
  1. https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/
  2. Local COVID-19 Strain Found in Over One-Third of Los Angeles Patients (прес-реліз). Cedars Sinai Medical Center. 19 січня 2021.
  3. Tracking SARS-CoV-2 variants. who.int (англ.). World Health Organization.
  4. Spike Variants: Epsilon, aka B.1.427/B.1.429, and CAL.20C/S:452R covdb.stanford.edu, accessed 3 July 2021
  5. New California Variant May Be Driving Virus Surge There, Study Suggests. The New York Times. 19 січня 2021.
  6. SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions. CDC.gov. Centers for Disease Control and Prevention. 24 березня 2021. Процитовано 4 квітня 2021.
  7. Neutralization of SARS-CoV-2 Variants B.1.429 and B.1.351. The New England Journal of Medicine 384 (24): 2352–2354. April 2021. PMC 8063884. PMID 33826819. doi:10.1056/NEJMc2103740. Проігноровано невідомий параметр |vauthors= (довідка); Проігноровано невідомий параметр |doi-access= (довідка)
  8. Helen Branswell The name game for coronavirus variants just got a little easier 31 May 2021 www.statnews.com, accessed 28 June 2021
  9. B.1.429. Rambaut Group, University of Edinburgh. PANGO Lineages. 15 лютого 2021. Процитовано 16 лютого 2021.
  10. B.1.429 Lineage Report. Scripps Research. outbreak.info. 15 лютого 2021. Процитовано 16 лютого 2021.
  11. COVID-19 Variant First Found in Other Countries and States Now Seen More Frequently in California. California Department of Public Health. Процитовано 30 січня 2021.
  12. New strains of COVID swiftly moving through the US need careful watch, scientists say. USA Today (амер.). Процитовано 30 січня 2021.
  13. Watching the new Epsilon variant of SARS-CoV-2. Healthcare Purchasing News. Процитовано 12 вересня 2021. «According to GISAID, 45 countries, from US to South Korea, from India to Japan have reported Epsilon variant cases.»
  14. Zimmer, Carl; Mandavilli, Apoorva (14 травня 2021). How the United States Beat the Variants, for Now. New York Times. Архів оригіналу за 28 грудня 2021. Процитовано 17 травня 2021.
  15. GISAID - hCov19 Variants. www.gisaid.org. Процитовано 2 липня 2021.
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.