Тета-варіант SARS-CoV-2

Тета-варіант, також відомий як лінія P.3, , є одним із варіантів SARS-CoV-2, вірусу, що викликає COVI-19 . Варіант був вперше ідентифікований на Філіппінах 18 лютого 2021 року, коли на Центральних Вісайських островах було виявлено дві мутації, що викликають занепокоєня. Він був виявлений в Японії 12 березня 2021 року, коли мандрівник з Філіппін прибув до міжнародного аеропорту Наріта во Токіо.

Тета-варіант SARS-CoV-2
Офіційна назва англ. Theta (31 травня 2021)[1]
Названо на честь тета
Дата відкриття (винаходу) січень 2021[1]
Місце відкриття Філіппіни[1]

Він відрізняється від тих, які вперше були виявлені у Сполученому Королівстві, Південній Африці та Бразилії, і, як вважають, представляє подібну загрозу. Варіант більш стійкий до нейтралізуючих антитіл, у тому числі отриманих внаслідок вакцинації, як, наприклад, південноафриканський та бразильський варіанти.[2]

Відповідно до спрощеної схеми найменування, запропонованої Всесвітньою організацією охорони здоров’я, P.3 позначено як Тета-варіант, і вважається варіантом, що викликає інтерес (VOI), але ще не варіантом, що викликає занепокоєння.[3]

Станом на липень 2021 року Тета більше не розглядається ВООЗ як варіант, який цікавить.[4]

Класифікація

Іменування

17 березня 2021 року Служба охорони здоров’я Англії (PHE) назвала Lineage P.3 VUI-21MAR-02.[5]

1 червня 2021 року Всесвітня організація охорони здоров’я (ВООЗ) назвала лінію P.3 тета-варіантом.[6]

Мутації
  • Амінокислотні мутації тета-варіанта SARS-CoV-2, нанесені на карту геному SARS-CoV-2 з акцентом на спайку.

Загалом у всіх зразках (позначених red нижче) спостерігали 14 замін амінокислот, включаючи сім мутацій білка . Серед мутацій спайкового білка чотири раніше були пов’язані з лініями, що викликають занепокоєння (тобто, E484K, N501Y, D614G та P681H), тоді як три додаткові заміни спостерігалися у напрямку С-кінцевої області білка (тобто E1092K, H1101Y та V1176F). У всіх зразках також була виявлена одна амінокислотна заміна на N-кінці ORF8 (тобто K2Q). Три інші мутації були помічені в 32 з 33 зразків (позначених green ), включаючи делецію трьох амінокислот у позиціях білка спайка з 141 по 143. Нарешті, у всіх випадках також було виявлено п’ять синонімічних мутацій (позначених gray ).[7]

Профіль мутації Theta Variant
Ген Амінокислота
ORF1ab F924F
D1554G
S2433S
L3201P
D3681E
N3928N
L3930F
P4715L
A5692V
С LGV141_143del
E484K
N501Y
G593G
D614G
P681H
S875S
E1092K
H1101Y
V1176F
ORF8 K2Q
Н R203K
G204R
Характерні мутації Theta Variant [8]
Ген Амінокислота
ORF1a D1554G
S2625F
D2980N
L3201P
D3681E
L3930F
ORF1b P314L
L1203F
A1291V
С LGV141_143del
E484K
N501Y
G593G
D614G
P681H
S875S
E1092K
H1101Y
V1176F
ORF8 K2Q
Н R203K
G204R

Історія

18 лютого 2021 року Департамент охорони здоров’я Філіппін підтвердив виявлення двох мутацій COVID-19 у Центральних Вісайських островах після того, як зразки пацієнтів були відправлені для секвенування геному. Пізніше мутації були названі E484K і N501Y, які були виявлені в 37 з 50 зразків, причому обидві мутації зустрічалися одночасно в 29 з них. Офіційних назв варіантів не було, а повна послідовність ще не була визначена.[9]

12 березня 2021 року Японія виявила цей варіант у мандрівника з Філіппін.[10]

13 березня 2021 року Департамент охорони здоров’я підтвердив, що мутації становлять новий варіант, який був позначений як лінія P.3. Того ж дня він також підтвердив свій перший випадок лінії P.1 в країні. Хоча лінії P.1 і P.3 походять від однієї лінії B.1.1.28, у департаменті сказали, що вплив лінії P.3 на ефективність вакцини та її передачу ще не встановлено.[11]

17 березня 2021 року Велика Британія підтвердила свої перші два випадки, коли Public Health England (PHE) назвала це VUI-21MAR-02.[12]

30 квітня 2021 року Малайзія виявила 8 випадків походження P.3 у Сараваку.[13]

Статистика
Підтверджені випадки за країнами (станом на 24 січня 2022 р.)
Країна ЯНГОЛІН [14] outbreak.info [8] Регенерон [15] Інші джерела
Шаблон:Дані країни Philippines</img>Шаблон:Дані країни Philippines 455 513 516 461 [16]
 США 17 20 17
Німеччина 11 11 11
Шаблон:Дані країни Malaysia</img>Шаблон:Дані країни Malaysia 10 10 10 13 [17]
Сполучене Королівство 9 9 9 10 [18]
 Японія 7 8 8
Нідерланди 7 7 7 4 [19]
 Канада 5 5 5
 Австралія 3 3 4
 Бельгія 3 3 3
 Китай 3 14 14
 Гуам 3 – 3
Шаблон:Дані країни New Zealand</img>Шаблон:Дані країни New Zealand 3 3 3
Норвегія 3 3 3
Шаблон:Дані країни Singapore</img>Шаблон:Дані країни Singapore 3 3 3
Шаблон:Дані країни Angola</img>Шаблон:Дані країни Angola 2 2 2
Шаблон:Дані країни South Korea</img>Шаблон:Дані країни South Korea 2 2 2
 Швеція 2 2 2
Шаблон:Дані країни Brazil</img>Шаблон:Дані країни Brazil 1 1 1
 Фінляндія 1 1 1
 Всього 550 620 624 488

Див. також

Примітки
  1. https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/
  2. News, Japan Times (12 березня 2021). Japanese authorities discover a new coronavirus variant in traveler from Philippines. Процитовано 2 травня 2021.
  3. Tracking SARS-CoV-2 variants. who.int (англ.). World Health Organization.
  4. Tracking SARS-CoV-2 variants. who.int (англ.). World Health Organization.
  5. Variants: distribution of cases data. gov.uk. Government Digital Service.
  6. Tracking SARS-CoV-2 variants (англ.). 1 червня 2021. Процитовано 1 червня 2021.
  7. Center, Philippine Genome. PGC SARS-CoV-2 Bulletin No. 7: Detection and characterization of a new SARS-CoV-2 lineage P.3, with spike protein mutations E484K, N501Y, P681H and LGV 141–143 deletion, from samples sequenced through the intensified UP-PGC, UP-NIH and DOH biosurveillance program. Philippine Genome Center.
  8. P.3 Lineage Report. outbreak.info.
  9. News, CNN Philippines (18 лютого 2021). DOH confirms new COVID-19 mutations in Central Visayas. Процитовано 2 травня 2021.
  10. News, Kyodo (12 березня 2021). New coronavirus variant found in traveler from Philippines: Japan. Процитовано 2 травня 2021.
  11. News, ABS-CBN (13 березня 2021). DOH confirms new COVID-19 variant first detected in PH, first case of Brazil variant. Процитовано 2 травня 2021.
  12. News, Rappler (17 березня 2021). England reports 2 cases of new COVID-19 variant found in Philippines. Процитовано 2 травня 2021.
  13. Covid-19: Sarawak detects variant reported in the Philippines (англ.). 30 квітня 2021. Процитовано 30 квітня 2021.
  14. PANGO lineages. cov-lineages.org.
  15. Regeneron COVID-19 Dashboard. covid19dashboard.regeneron.com. Процитовано 27 серпня 2021.
  16. Lopez, Virgil (29 вересня 2021). DOH detects additional 339 Delta variant cases. GMA News. Процитовано 1 жовтня 2021.
  17. Pei Pei, Goh (8 липня 2021). Delta variant detected in Sarawak (англ.). Процитовано 13 липня 2021. «He said for the Theta variant, six cases had been detected in Kuching and seven in Kota Samarahan»
  18. Variants: distribution of case data, 13 August 2021 (англ.). 13 серпня 2021. Процитовано 13 серпня 2021.
  19. Variants in the Netherlands. rivm.nl. Процитовано 16 липня 2021.

Посилання
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.