Мануел Фернандеш

У дорослому футболі дебютував 2004 року виступами за команду лісабонської «Бенфіки», в якій протягом 2004—2007 років взяв участь у 67 матчах чемпіонату. За цей час виборов титул чемпіона Португалії.

2006 року провів деякий час в оренді в клубі «Портсмут», а у 2007 — в іншому англійському клубі, «Евертоні»

У 2007 році перейшов до іспанської «Валенсії». Провівши лише декілька ігор за свою нову команду, був знову відправлений в оренду до «Евертона».

Повернувшись з оренди до «Валенсії» у 2008, почав на постійній основі залучатися до її основного складу. Цього разу відіграв за валенсійський клуб наступні два сезони своєї ігрової кар'єри.

На початку 2011 року приєднався на умовах оренди до команди клубу «Бешикташ». Влітку того ж року турецький клуб викупив трансфер гравця і уклав з ним трирічний контракт.

2 червня 2014 року на правах вільного агента приєднався до московського «Локомотива». Швидко став ключовим гравцем середини поля команди і відіграв за неї п'ять сезонів.

У вересні 2019 року 33-річний футболіст уклав однорічний контракт з іншим російським клубом «Краснодаром».

5 жовтня 2020 підписав контракт з турецьким «Кайсеріспором».

Протягом 2005–2007 років залучався до складу молодіжної збірної Португалії. На молодіжному рівні зіграв у 22 офіційних матчах, забив 5 голів.

2005 року дебютував в офіційних матчах у складі національної збірної Португалії.