ATG16L1

ATG16L1
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	4GDK, 4GDL, 4NAW, 4TQ0, 5D7G
Ідентифікатори
Символи	ATG16L1, autophagy related 16-like 1 (S. cerevisiae), APG16L, ATG16A, ATG16L, IBD10, WDR30, autophagy related 16 like 1
Зовнішні ІД	OMIM: 610767 MGI: 1924290 HomoloGene: 41786 GeneCards: ATG16L1
Пов'язані генетичні захворювання
	Хвороба Крона, inflammatory bowel disease 10[1]
Онтологія гена
Молекулярна функція	• ubiquitin-like protein transferase activity; • GO:0001948 protein binding; • identical protein binding; • GTPase binding;
Клітинна компонента	• цитоплазма; • autophagosome; • GO:0035085 Аксонема; • гіалоплазма; • phagophore assembly site membrane; • autophagosome membrane; • мембрана;
Біологічний процес	• protein transport; • Автофагія; • negative stranded viral RNA replication; • protein homooligomerization; • macroautophagy; • autophagosome assembly; • protein localization to phagophore assembly site; • protein lipidation involved in autophagosome assembly; • xenophagy; • positive regulation of autophagy;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	; ; ; ;
	Більше даних
Ортологи
	55054
	77040
	ENSG00000281089; ENSG00000085978
	ENSMUSG00000026289
	Q676U5
	Q8C0J2
NM_001190266; NM_001190267; NM_017974; NM_030803; NM_198890;
	NM_001363742
	NM_001205391; NM_001205392; NM_029846
NP_001177195; NP_001177196; NP_060444; NP_110430; NP_942593;
	NP_001350671; NP_060444.3
	NP_001192320; NP_001192321; NP_084122
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

ATG16L1 (англ. Autophagy related 16 like 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. [4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 607 амінокислот, а молекулярна маса — 68 265[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSSGLRAADF	PRWKRHISEQ	LRRRDRLQRQ	AFEEIILQYN	KLLEKSDLHS
VLAQKLQAEK	HDVPNRHEIS	PGHDGTWNDN	QLQEMAQLRI	KHQEELTELH
KKRGELAQLV	IDLNNQMQRK	DREMQMNEAK	IAECLQTISD	LETECLDLRT
KLCDLERANQ	TLKDEYDALQ	ITFTALEGKL	RKTTEENQEL	VTRWMAEKAQ
EANRLNAENE	KDSRRRQARL	QKELAEAAKE	PLPVEQDDDI	EVIVDETSDH
TEETSPVRAI	SRAATKRLSQ	PAGGLLDSIT	NIFGRRSVSS	FPVPQDNVDT
HPGSGKEVRV	PATALCVFDA	HDGEVNAVQF	SPGSRLLATG	GMDRRVKLWE
VFGEKCEFKG	SLSGSNAGIT	SIEFDSAGSY	LLAASNDFAS	RIWTVDDYRL
RHTLTGHSGK	VLSAKFLLDN	ARIVSGSHDR	TLKLWDLRSK	VCIKTVFAGS
SCNDIVCTEQ	CVMSGHFDKK	IRFWDIRSES	IVREMELLGK	ITALDLNPER
TELLSCSRDD	LLKVIDLRTN	AIKQTFSAPG	FKCGSDWTRV	VFSPDGSYVA
AGSAEGSLYI	WSVLTGKVEK	VLSKQHSSSI	NAVAWSPSGS	HVVSVDKGCK
AVLWAQY

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як транспорт, транспорт білків, автофагія, поліморфізм, альтернативний сплайсинг. Локалізований у цитоплазмі, мембрані.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).. Genome Res. 14: 2121 — 2127. 2004. PubMed DOI:10.1101/gr.2596504
Ravikumar B., Moreau K., Jahreiss L., Puri C., Rubinsztein D.C. (2010). Plasma membrane contributes to the formation of pre-autophagosomal structures.. Nat. Cell Biol. 12: 747 — 757. PubMed DOI:10.1038/ncb2078
Nottingham R.M., Ganley I.G., Barr F.A., Lambright D.G., Pfeffer S.R. (2011). RUTBC1 protein, a Rab9A effector that activates GTP hydrolysis by Rab32 and Rab33B proteins.. J. Biol. Chem. 286: 33213 — 33222. PubMed DOI:10.1074/jbc.M111.261115
Gammoh N., Florey O., Overholtzer M., Jiang X. (2013). Interaction between FIP200 and ATG16L1 distinguishes ULK1 complex-dependent and -independent autophagy.. Nat. Struct. Mol. Biol. 20: 144 — 149. PubMed DOI:10.1038/nsmb.2475
Otomo C., Metlagel Z., Takaesu G., Otomo T. (2013). Structure of the human ATG12-ATG5 conjugate required for LC3 lipidation in autophagy.. Nat. Struct. Mol. Biol. 20: 59 — 66. PubMed DOI:10.1038/nsmb.2431
Metlagel Z., Otomo C., Takaesu G., Otomo T. (2013). Structural basis of ATG3 recognition by the autophagic ubiquitin-like protein ATG12.. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 110: 18844 — 18849. PubMed DOI:10.1073/pnas.1314755110

Примітки

Захворювання, генетично пов'язані з ATG16L1 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
Human PubMed Reference:.
Mouse PubMed Reference:.
HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:21498 (англ.). Процитовано 28 серпня 2017.
UniProt, Q676U5 (англ.). Процитовано 28 серпня 2017.

Див. також

Хромосома 2

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] Захворювання, генетично пов'язані з ATG16L1 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[2] Human PubMed Reference:.

[3] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-4] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:21498 (англ.). Процитовано 28 серпня 2017.

[UniProt-5] UniProt, Q676U5 (англ.). Процитовано 28 серпня 2017.