SDC1

SDC1
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	4GVC, 4GVD
Ідентифікатори
Символи	SDC1, CD138, SDC, SYND1, syndecan, syndecan 1
Зовнішні ІД	OMIM: 186355 MGI: 1349162 HomoloGene: 2252 GeneCards: SDC1
Онтологія гена
Молекулярна функція	• protein C-terminus binding; • GO:0001948 protein binding; • identical protein binding;
Клітинна компонента	• lysosomal lumen; • Екзосома; • extracellular region; • integral component of membrane; • Golgi lumen; • integral component of plasma membrane; • мембрана; • cell surface; • клітинна мембрана; • external side of plasma membrane; • protein-containing complex;
Біологічний процес	• glycosaminoglycan catabolic process; • canonical Wnt signaling pathway; • Загоєння ран; • response to calcium ion; • odontogenesis; • glycosaminoglycan biosynthetic process; • ureteric bud development; • response to cAMP; • positive regulation of exosomal secretion; • Sertoli cell development; • striated muscle cell development; • positive regulation of extracellular exosome assembly; • retinoid metabolic process; • response to glucocorticoid; • response to toxic substance; • response to organic substance; • response to hydrogen peroxide; • glycosaminoglycan metabolic process; • inflammatory response; • myoblast development; • leukocyte migration; • cell migration; • cytokine-mediated signaling pathway;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	; ;
	Більше даних
Ортологи
	6382
	20969
	ENSG00000115884
	ENSMUSG00000020592
	P18827
	P18828
	NM_001006946; NM_002997
	NM_011519
	NP_001006947; NP_002988
	NP_035649
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

SDC1 (англ. Syndecan 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. [3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 310 амінокислот, а молекулярна маса — 32 462[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MRRAALWLWL	CALALSLQPA	LPQIVATNLP	PEDQDGSGDD	SDNFSGSGAG
ALQDITLSQQ	TPSTWKDTQL	LTAIPTSPEP	TGLEATAAST	STLPAGEGPK
EGEAVVLPEV	EPGLTAREQE	ATPRPRETTQ	LPTTHLASTT	TATTAQEPAT
SHPHRDMQPG	HHETSTPAGP	SQADLHTPHT	EDGGPSATER	AAEDGASSQL
PAAEGSGEQD	FTFETSGENT	AVVAVEPDRR	NQSPVDQGAT	GASQGLLDRK
EVLGGVIAGG	LVGLIFAVCL	VGFMLYRMKK	KDEGSYSLEE	PKQANGGAYQ
KPTKQEEFYA

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у такому біологічному процесі як поліморфізм. Локалізований у мембрані. Також секретований назовні.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).. Genome Res. 14: 2121 — 2127. 2004. PubMed DOI:10.1101/gr.2596504
Kaukonen J., Alanen-Kurki L., Jalkanen M., Palotie A. (1997). The mapping and visual ordering of the human syndecan-1 and N-myc genes near the telomeric region of chromosome 2p.. Hum. Genet. 99: 295 — 297. PubMed DOI:10.1007/s004390050360
Subramanian S.V., Fitzgerald M.L., Bernfield M. (1997). Regulated shedding of syndecan-1 and -4 ectodomains by thrombin and growth factor receptor activation.. J. Biol. Chem. 272: 14713 — 14720. PubMed DOI:10.1074/jbc.272.23.14713
Bhatt A.S., Erdjument-Bromage H., Tempst P., Craik C.S., Moasser M.M. (2005). Adhesion signaling by a novel mitotic substrate of src kinases.. Oncogene 24: 5333 — 5343. PubMed DOI:10.1038/sj.onc.1208582
Liu X., Shepherd T.R., Murray A.M., Xu Z., Fuentes E.J. (2013). The structure of the Tiam1 PDZ domain/ phospho-syndecan1 complex reveals a ligand conformation that modulates protein dynamics.. Structure 21: 342 — 354. PubMed DOI:10.1016/j.str.2013.01.004
Lories V., Cassiman J.-J., van de Berghe H., David G. (1992). Differential expression of cell surface heparan sulfate proteoglycans in human mammary epithelial cells and lung fibroblasts.. J. Biol. Chem. 267: 1116 — 1122. PubMed

Примітки

Human PubMed Reference:.
Mouse PubMed Reference:.
HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:10658 (англ.). Процитовано 28 серпня 2017.
UniProt, P18827 (англ.). Процитовано 28 серпня 2017.

Див. також

Хромосома 2

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] Human PubMed Reference:.

[2] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-3] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:10658 (англ.). Процитовано 28 серпня 2017.

[UniProt-4] UniProt, P18827 (англ.). Процитовано 28 серпня 2017.