SPARC (ген)

SPARC
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	1BMO, 1NUB, 1SRA, 2V53
Ідентифікатори
Символи	SPARC, BM-40, ON, OI17, secreted protein acidic and cysteine rich, ONT
Зовнішні ІД	OMIM: 182120 MGI: 98373 HomoloGene: 31132 GeneCards: SPARC
Пов'язані генетичні захворювання
	osteogenesis imperfecta type 17[1]
Онтологія гена
Молекулярна функція	• calcium ion binding; • зв'язування з іоном металу; • GO:0001948 protein binding; • extracellular matrix binding; • collagen binding; • extracellular matrix structural constituent;
Клітинна компонента	• цитоплазма; • platelet alpha granule; • endocytic vesicle lumen; • nuclear matrix; • клітинна мембрана; • внутрішньоклітинний; • Базальна мембрана; • cell surface; • platelet alpha granule membrane; • мітохондрія; • platelet alpha granule lumen; • клітинне ядро; • extracellular space; • везикула; • extracellular region; • GO:0005578 Позаклітинна матриця; • Синапс; • collagen-containing extracellular matrix; • glutamatergic synapse;
Біологічний процес	• response to cytokine; • response to cadmium ion; • ossification; • lung development; • cellular response to growth factor stimulus; • response to peptide hormone; • platelet degranulation; • extracellular matrix organization; • response to L-ascorbic acid; • response to glucocorticoid; • Загоєння ран; • Рецептор-опосередкований ендоцитоз; • negative regulation of endothelial cell proliferation; • positive regulation of endothelial cell migration; • response to calcium ion; • response to gravity; • heart development; • response to lipopolysaccharide; • response to lead ion; • regulation of cell population proliferation; • negative regulation of angiogenesis; • inner ear development; • regulation of cell morphogenesis; • response to cAMP; • response to ethanol; • bone development; • Сигнальна трансдукція; • pigmentation; • regulation of synapse organization;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	; ;
	Більше даних
Ортологи
	6678
	20692
	ENSG00000113140
	ENSMUSG00000018593
	P09486
	P07214
	NM_003118; NM_001309443; NM_001309444
	NM_009242; NM_001290817
	NP_001296372; NP_001296373; NP_003109
	NP_001277746; NP_033268
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

SPARC (англ. Secreted protein acidic and cysteine rich) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 5-ї хромосоми. [4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 303 амінокислот, а молекулярна маса — 34 632[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MRAWIFFLLC	LAGRALAAPQ	QEALPDETEV	VEETVAEVTE	VSVGANPVQV
EVGEFDDGAE	ETEEEVVAEN	PCQNHHCKHG	KVCELDENNT	PMCVCQDPTS
CPAPIGEFEK	VCSNDNKTFD	SSCHFFATKC	TLEGTKKGHK	LHLDYIGPCK
YIPPCLDSEL	TEFPLRMRDW	LKNVLVTLYE	RDEDNNLLTE	KQKLRVKKIH
ENEKRLEAGD	HPVELLARDF	EKNYNMYIFP	VHWQFGQLDQ	HPIDGYLSHT
ELAPLRAPLI	PMEHCTTRFF	ETCDLDNDKY	IALDEWAGCF	GIKQKDIDKD
LVI

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у такому біологічному процесі як поліморфізм. Білок має сайт для зв'язування з іоном міді, іонами металів, іоном кальцію. Локалізований у позаклітинному матриксі, базальній мембрані. Також секретований назовні.

Література

Lankat-Buttgereit B., Mann K., Deutzmann R., Timpl R., Krieg T. (1988). Cloning and complete amino acid sequences of human and murine basement membrane protein BM-40 (SPARC, osteonectin).. FEBS Lett. 236: 352 — 356. PubMed DOI:10.1016/0014-5793(88)80054-1
Swaroop A., Hogan B.L.M., Francke U. (1988). Molecular analysis of the cDNA for human SPARC/osteonectin/BM-40: sequence, expression, and localization of the gene to chromosome 5q31-q33.. Genomics 2: 37 — 47. PubMed DOI:10.1016/0888-7543(88)90107-3
Villarreal X.C., Mann K.G., Long G.L. (1989). Structure of human osteonectin based upon analysis of cDNA and genomic sequences.. Biochemistry 28: 6483 — 6491. PubMed DOI:10.1021/bi00441a049
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).. Genome Res. 14: 2121 — 2127. 2004. PubMed DOI:10.1101/gr.2596504
Hunzelmann N., Hafner M., Anders S., Krieg T., Nischt R. (1998). BM-40 (osteonectin, SPARC) is expressed both in the epidermal and in the dermal compartment of adult human skin.. J. Invest. Dermatol. 110: 122 — 126. PubMed DOI:10.1046/j.1523-1747.1998.00094.x
Hohenester E., Maurer P., Timpl R. (1997). Crystal structure of a pair of follistatin-like and EF-hand calcium-binding domains in BM-40.. EMBO J. 16: 3778 — 3786. PubMed DOI:10.1093/emboj/16.13.3778

Примітки

Захворювання, генетично пов'язані з SPARC переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
Human PubMed Reference:.
Mouse PubMed Reference:.
HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11219 (англ.). Процитовано 31 серпня 2017.
UniProt, P09486 (англ.). Процитовано 31 серпня 2017.

Див. також

Хромосома 5

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] Захворювання, генетично пов'язані з SPARC переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[2] Human PubMed Reference:.

[3] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-4] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11219 (англ.). Процитовано 31 серпня 2017.

[UniProt-5] UniProt, P09486 (англ.). Процитовано 31 серпня 2017.