ATXN1

ATXN1
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	1OA8, 4APT, 4AQP, 4J2J, 4J2L, 2M41
Ідентифікатори
Символи	ATXN1, ATX1, D6S504E, SCA1, ataxin 1
Зовнішні ІД	OMIM: 601556 MGI: 104783 HomoloGene: 281 GeneCards: ATXN1
Пов'язані генетичні захворювання
	бічний аміотрофічний склероз, spinocerebellar ataxia type 1[1]
Онтологія гена
Молекулярна функція	• poly(G) binding; • protein self-association; • DNA binding; • RNA binding; • protein C-terminus binding; • GO:0001948 protein binding; • identical protein binding; • poly(U) RNA binding;
Клітинна компонента	• цитоплазма; • nuclear matrix; • nuclear inclusion body; • nuclear RNA export factor complex; • клітинне ядро; • Нуклеоплазма; • Ядерце; • гіалоплазма;
Біологічний процес	• nuclear export; • RNA processing; • negative regulation of transcription, DNA-templated; • regulation of transcription, DNA-templated; • transcription, DNA-templated; • brain development; • Навчення; • пам'ять; • соціальна поведінка; • negative regulation of transcription by RNA polymerase II; • lung alveolus development; • нейробіологія розвитку; • anatomical structure development;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	; ;
	Більше даних
Ортологи
	6310
	20238
	ENSG00000124788
	ENSMUSG00000046876
	P54253
	P54254
	NM_001128164; NM_000332; NM_001357857
	NM_001199304; NM_001199305; NM_009124
	NP_000323; NP_001121636; NP_001344786
	NP_001186233; NP_001186234; NP_033150
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

ATXN1 (англ. Ataxin 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми.[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 815 амінокислот, а молекулярна маса — 86 923[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MKSNQERSNE	CLPPKKREIP	ATSRSSEEKA	PTLPSDNHRV	EGTAWLPGNP
GGRGHGGGRH	GPAGTSVELG	LQQGIGLHKA	LSTGLDYSPP	SAPRSVPVAT
TLPAAYATPQ	PGTPVSPVQY	AHLPHTFQFI	GSSQYSGTYA	SFIPSQLIPP
TANPVTSAVA	SAAGATTPSQ	RSQLEAYSTL	LANMGSLSQT	PGHKAEQQQQ
QQQQQQQQHQ	HQQQQQQQQQ	QQQQQHLSRA	PGLITPGSPP	PAQQNQYVHI
SSSPQNTGRT	ASPPAIPVHL	HPHQTMIPHT	LTLGPPSQVV	MQYADSGSHF
VPREATKKAE	SSRLQQAIQA	KEVLNGEMEK	SRRYGAPSSA	DLGLGKAGGK
SVPHPYESRH	VVVHPSPSDY	SSRDPSGVRA	SVMVLPNSNT	PAADLEVQQA
THREASPSTL	NDKSGLHLGK	PGHRSYALSP	HTVIQTTHSA	SEPLPVGLPA
TAFYAGTQPP	VIGYLSGQQQ	AITYAGSLPQ	HLVIPGTQPL	LIPVGSTDME
ASGAAPAIVT	SSPQFAAVPH	TFVTTALPKS	ENFNPEALVT	QAAYPAMVQA
QIHLPVVQSV	ASPAAAPPTL	PPYFMKGSII	QLANGELKKV	EDLKTEDFIQ
SAEISNDLKI	DSSTVERIED	SHSPGVAVIQ	FAVGEHRAQV	SVEVLVEYPF
FVFGQGWSSC	CPERTSQLFD	LPCSKLSVGD	VCISLTLKNL	KNGSVKKGQP
VDPASVLLKH	SKADGLAGSR	HRYAEQENGI	NQGSAQMLSE	NGELKFPEKM
GLPAAPFLTK	IEPSKPAATR	KRRWSAPESR	KLEKSEDEPP	LTLPKPSLIP
QEVKICIEGR	SNVGK

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з ДНК, РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).. Genome Res. 14: 2121 — 2127. 2004. PubMed DOI:10.1101/gr.2596504
Quan F., Janas J., Popovich B.W. (1995). A novel CAG repeat configuration in the SCA1 gene: implications for the molecular diagnostics of spinocerebellar ataxia type 1.. Hum. Mol. Genet. 4: 2411 — 2413. PubMed DOI:10.1093/hmg/4.12.2411
Yue S., Serra H.G., Zoghbi H.Y., Orr H.T. (2001). The spinocerebellar ataxia type 1 protein, ataxin-1, has RNA-binding activity that is inversely affected by the length of its polyglutamine tract.. Hum. Mol. Genet. 10: 25 — 30. PubMed DOI:10.1093/hmg/10.1.25
Hong S., Kim S.J., Ka S., Choi I., Kang S. (2002). USP7, a ubiquitin-specific protease, interacts with ataxin-1, the SCA1 gene product.. Mol. Cell. Neurosci. 20: 298 — 306. PubMed DOI:10.1006/mcne.2002.1103
Riley B.E., Zoghbi H.Y., Orr H.T. (2005). SUMOylation of the polyglutamine repeat protein, ataxin-1, is dependent on a functional nuclear localization signal.. J. Biol. Chem. 280: 21942 — 21948. PubMed DOI:10.1074/jbc.M501677200
Chen Y.W., Allen M.D., Veprintsev D.B., Lowe J., Bycroft M. (2004). The structure of the AXH domain of spinocerebellar ataxin-1.. J. Biol. Chem. 279: 3758 — 3765. PubMed DOI:10.1074/jbc.M309817200

Примітки

Захворювання, генетично пов'язані з ATXN1 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
Human PubMed Reference:.
Mouse PubMed Reference:.
HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:10548 (англ.). Процитовано 6 вересня 2017.
UniProt, P54253 (англ.). Процитовано 6 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 6

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] Захворювання, генетично пов'язані з ATXN1 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[2] Human PubMed Reference:.

[3] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-4] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:10548 (англ.). Процитовано 6 вересня 2017.

[UniProt-5] UniProt, P54253 (англ.). Процитовано 6 вересня 2017.