EXOSC3

EXOSC3
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	2NN6
Ідентифікатори
Символи	EXOSC3, PCH1B, RRP40, Rrp40p, bA3J10.7, hRrp-40, p10, CGI-102, Exosome component 3
Зовнішні ІД	OMIM: 606489 MGI: 1913612 HomoloGene: 6867 GeneCards: EXOSC3
Пов'язані генетичні захворювання
	pontocerebellar hypoplasia type 1B[1]
Реагує на сполуку
	Viroporin 3a [SARS-CoV-2][2]
Онтологія гена
Молекулярна функція	• 3'-5'-exoribonuclease activity; • exoribonuclease activity; • GO:0001948 protein binding; • RNA binding;
Клітинна компонента	• transcriptionally active chromatin; • гіалоплазма; • nuclear exosome (RNase complex); • cytoplasmic exosome (RNase complex); • клітинне ядро; • цитоплазма; • Екзосома; • Ядерце; • Нуклеоплазма;
Біологічний процес	• nuclear polyadenylation-dependent tRNA catabolic process; • exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA); • regulation of mRNA stability; • polyadenylation-dependent snoRNA 3'-end processing; • DNA deamination; • nuclear retention of pre-mRNA with aberrant 3'-ends at the site of transcription; • CUT catabolic process; • nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process; • positive regulation of isotype switching; • Перемикання класу імуноглобулінів; • nuclear-transcribed mRNA catabolic process, exonucleolytic, 3'-5'; • U4 snRNA 3'-end processing; • rRNA processing; • exonucleolytic catabolism of deadenylated mRNA;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	51010
	66362
	ENSG00000107371
	ENSMUSG00000028322
	Q9NQT5
	Q7TQK4
	NM_016042; NM_001002269
	NM_025513; NM_001362788
	NP_001002269; NP_057126
	NP_079789; NP_001349717
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

EXOSC3 (англ. Exosome component 3) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 9-ї хромосоми.[5] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 275 амінокислот, а молекулярна маса — 29 572[6].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MAEPASVAAE	SLAGSRARAA	RTVLGQVVLP	GEELLLPEQE	DAEGPGGAVE
RPLSLNARAC	SRVRVVCGPG	LRRCGDRLLV	TKCGRLRHKE	PGSGSGGGVY
WVDSQQKRYV	PVKGDHVIGI	VTAKSGDIFK	VDVGGSEPAS	LSYLSFEGAT
KRNRPNVQVG	DLIYGQFVVA	NKDMEPEMVC	IDSCGRANGM	GVIGQDGLLF
KVTLGLIRKL	LAPDCEIIQE	VGKLYPLEIV	FGMNGRIWVK	AKTIQQTLIL
ANILEACEHM	TSDQRKQIFS	RLAES

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у таких біологічних процесах, як процесінг рРНК, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі, екзосомі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).. Genome Res. 14: 2121 — 2127. 2004. PubMed DOI:10.1101/gr.2596504
Lai C.-H., Chou C.-Y., Ch'ang L.-Y., Liu C.-S., Lin W.-C. (2000). Identification of novel human genes evolutionarily conserved in Caenorhabditis elegans by comparative proteomics.. Genome Res. 10: 703 — 713. PubMed DOI:10.1101/gr.10.5.703
van Dijk E.L., Schilders G., Pruijn G.J. (2007). Human cell growth requires a functional cytoplasmic exosome, which is involved in various mRNA decay pathways.. RNA 13: 1027 — 1035. PubMed DOI:10.1261/rna.575107
Chen G., Guo X., Lv F., Xu Y., Gao G. (2008). p72 DEAD box RNA helicase is required for optimal function of the zinc-finger antiviral protein.. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105: 4352 — 4357. PubMed DOI:10.1073/pnas.0712276105
Liu Q., Greimann J.C., Lima C.D. (2006). Reconstitution, activities, and structure of the eukaryotic RNA exosome.. Cell 127: 1223 — 1237. PubMed DOI:10.1016/j.cell.2006.10.037
Liu Q., Greimann J.C., Lima C.D. (2007). Cell 131: 188 — 189.

Примітки

Захворювання, генетично пов'язані з EXOSC3 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
Сполуки, які фізично взаємодіють з Exosome component 3 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
Human PubMed Reference:.
Mouse PubMed Reference:.
HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:17944 (англ.). Процитовано 8 вересня 2017.
UniProt, Q9NQT5 (англ.). Процитовано 8 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 9

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] Захворювання, генетично пов'язані з EXOSC3 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[2] Сполуки, які фізично взаємодіють з Exosome component 3 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[3] Human PubMed Reference:.

[4] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-5] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:17944 (англ.). Процитовано 8 вересня 2017.

[UniProt-6] UniProt, Q9NQT5 (англ.). Процитовано 8 вересня 2017.