PRDM1

PRDM1
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	3DAL
Ідентифікатори
Символи	PRDM1, BLIMP1, PRDI-BF1, PR domain 1, PR/SET domain 1
Зовнішні ІД	OMIM: 603423 MGI: 99655 HomoloGene: 925 GeneCards: PRDM1
Онтологія гена
Молекулярна функція	• methyltransferase activity; • transferase activity; • DNA binding; • sequence-specific DNA binding; • histone deacetylase binding; • зв'язування з іоном металу; • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding; • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific; • GO:0001948 protein binding; • nucleic acid binding; • promoter-specific chromatin binding; • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity; • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific; • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding; • chromatin DNA binding;
Клітинна компонента	• цитоплазма; • клітинне ядро; • Нуклеоплазма;
Біологічний процес	• germ cell development; • trophoblast giant cell differentiation; • cardiac septum development; • cell fate commitment; • heart valve development; • regulation of transcription, DNA-templated; • ventricular septum development; • intestinal epithelial cell development; • positive regulation of B cell differentiation; • embryonic placenta development; • in utero embryonic development; • negative regulation of transcription by RNA polymerase II; • post-embryonic development; • coronary vasculature development; • negative regulation of gene expression; • morphogenesis of a branching structure; • transcription, DNA-templated; • negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway; • aorta development; • Метилювання; • positive regulation of gene expression; • maternal placenta development; • regulation of cell population proliferation; • artery morphogenesis; • eye photoreceptor cell development; • sebum secreting cell proliferation; • negative regulation of B cell proliferation; • adaptive immune response; • immune system process; • regulation of natural killer cell differentiation; • regulation of extrathymic T cell differentiation; • Вроджений імунітет; • regulation of NK T cell differentiation;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	639
	12142
	ENSG00000057657
	ENSMUSG00000038151
	O75626
	Q60636
	NM_001198; NM_182907
	NM_007548
	NP_001189; NP_878911
	NP_031574
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

PRDM1 (англ. PR/SET domain 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми.[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 825 амінокислот, а молекулярна маса — 91 771[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MLDICLEKRV	GTTLAAPKCN	SSTVRFQGLA	EGTKGTMKMD	MEDADMTLWT
EAEFEEKCTY	IVNDHPWDSG	ADGGTSVQAE	ASLPRNLLFK	YATNSEEVIG
VMSKEYIPKG	TRFGPLIGEI	YTNDTVPKNA	NRKYFWRIYS	RGELHHFIDG
FNEEKSNWMR	YVNPAHSPRE	QNLAACQNGM	NIYFYTIKPI	PANQELLVWY
CRDFAERLHY	PYPGELTMMN	LTQTQSSLKQ	PSTEKNELCP	KNVPKREYSV
KEILKLDSNP	SKGKDLYRSN	ISPLTSEKDL	DDFRRRGSPE	MPFYPRVVYP
IRAPLPEDFL	KASLAYGIER	PTYITRSPIP	SSTTPSPSAR	SSPDQSLKSS
SPHSSPGNTV	SPVGPGSQEH	RDSYAYLNAS	YGTEGLGSYP	GYAPLPHLPP
AFIPSYNAHY	PKFLLPPYGM	NCNGLSAVSS	MNGINNFGLF	PRLCPVYSNL
LGGGSLPHPM	LNPTSLPSSL	PSDGARRLLQ	PEHPREVLVP	APHSAFSFTG
AAASMKDKAC	SPTSGSPTAG	TAATAEHVVQ	PKATSAAMAA	PSSDEAMNLI
KNKRNMTGYK	TLPYPLKKQN	GKIKYECNVC	AKTFGQLSNL	KVHLRVHSGE
RPFKCQTCNK	GFTQLAHLQK	HYLVHTGEKP	HECQVCHKRF	SSTSNLKTHL
RLHSGEKPYQ	CKVCPAKFTQ	FVHLKLHKRL	HTRERPHKCS	QCHKNYIHLC
SLKVHLKGNC	AAAPAPGLPL	EDLTRINEEI	EKFDISDNAD	RLEDVEDDIS
VISVVEKEIL	AVVRKEKEET	GLKVSLQRNM	GNGLLSSGCS	LYESSDLPLM
KLPPSNPLPL	VPVKVKQETV	EPMDP

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до трансфераз, репресорів, метилтрансфераз. Задіяний у таких біологічних процесах, як адаптивний імунітет, імунітет, вроджений імунітет, транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК, S-аденозил-L-метіоніном. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

Keller A.D., Maniatis T. (1991). Identification and characterization of a novel repressor of beta-interferon gene expression.. Genes Dev. 5: 868 — 879. PubMed DOI:10.1101/gad.5.5.868
Gyory I., Fejer G., Ghosh N., Seto E., Wright K.L. (2003). Identification of a functionally impaired positive regulatory domain I binding factor 1 transcription repressor in myeloma cell lines.. J. Immunol. 170: 3125 — 3133. PubMed DOI:10.4049/jimmunol.170.6.3125
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).. Genome Res. 14: 2121 — 2127. 2004. PubMed DOI:10.1101/gr.2596504
Julaton V.T., Reijo Pera R.A. (2011). NANOS3 function in human germ cell development.. Hum. Mol. Genet. 20: 2238 — 2250. PubMed DOI:10.1093/hmg/ddr114

Примітки

Human PubMed Reference:.
Mouse PubMed Reference:.
HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:9346 (англ.). Процитовано 6 вересня 2017.
UniProt, O75626 (англ.). Процитовано 6 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 6

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] Human PubMed Reference:.

[2] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-3] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:9346 (англ.). Процитовано 6 вересня 2017.

[UniProt-4] UniProt, O75626 (англ.). Процитовано 6 вересня 2017.