SNRNP200

SNRNP200
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	2Q0Z, 4F91, 4F92, 4F93, 4KIT, 3JCR
Ідентифікатори
Символи	SNRNP200, ASCC3L1, BRR2, HELIC2, RP33, U5-200KD, small nuclear ribonucleoprotein U5 subunit 200
Зовнішні ІД	OMIM: 601664 MGI: 2444401 HomoloGene: 5859 GeneCards: SNRNP200
Пов'язані генетичні захворювання
	retinitis pigmentosa 33[1]
Онтологія гена
Молекулярна функція	• nucleotide binding; • GO:0008026 helicase activity; • GO:0001948 protein binding; • identical protein binding; • nucleic acid binding; • hydrolase activity; • ATP binding; • RNA binding;
Клітинна компонента	• catalytic step 2 spliceosome; • мембрана; • U5 snRNP; • Нуклеоплазма; • spliceosomal complex; • клітинне ядро; • U4/U6 x U5 tri-snRNP complex; • post-mRNA release spliceosomal complex;
Біологічний процес	• mRNA splicing, via spliceosome; • mRNA processing; • osteoblast differentiation; • cis assembly of pre-catalytic spliceosome; • Сплайсинг; • spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11);
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	23020
	320632
	ENSG00000144028
	ENSMUSG00000003660
	O75643
	Q6P4T2
	NM_014014
	NM_177214
	NP_054733
	NP_796188
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

SNRNP200 (англ. Small nuclear ribonucleoprotein U5 subunit 200) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. [4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 2 136 амінокислот, а молекулярна маса — 244 508[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MADVTARSLQ	YEYKANSNLV	LQADRSLIDR	TRRDEPTGEV	LSLVGKLEGT
RMGDKAQRTK	PQMQEERRAK	RRKRDEDRHD	INKMKGYTLL	SEGIDEMVGI
IYKPKTKETR	ETYEVLLSFI	QAALGDQPRD	ILCGAADEVL	AVLKNEKLRD
KERRKEIDLL	LGQTDDTRYH	VLVNLGKKIT	DYGGDKEIQN	MDDNIDETYG
VNVQFESDEE	EGDEDVYGEV	REEASDDDME	GDEAVVRCTL	SANLVASGEL
MSSKKKDLHP	RDIDAFWLQR	QLSRFYDDAI	VSQKKADEVL	EILKTASDDR
ECENQLVLLL	GFNTFDFIKV	LRQHRMMILY	CTLLASAQSE	AEKERIMGKM
EADPELSKFL	YQLHETEKED	LIREERSRRE	RVRQSRMDTD	LETMDLDQGG
EALAPRQVLD	LEDLVFTQGS	HFMANKRCQL	PDGSFRRQRK	GYEEVHVPAL
KPKPFGSEEQ	LLPVEKLPKY	AQAGFEGFKT	LNRIQSKLYR	AALETDENLL
LCAPTGAGKT	NVALMCMLRE	IGKHINMDGT	INVDDFKIIY	IAPMRSLVQE
MVGSFGKRLA	TYGITVAELT	GDHQLCKEEI	SATQIIVCTP	EKWDIITRKG
GERTYTQLVR	LIILDEIHLL	HDDRGPVLEA	LVARAIRNIE	MTQEDVRLIG
LSATLPNYED	VATFLRVDPA	KGLFYFDNSF	RPVPLEQTYV	GITEKKAIKR
FQIMNEIVYE	KIMEHAGKNQ	VLVFVHSRKE	TGKTARAIRD	MCLEKDTLGL
FLREGSASTE	VLRTEAEQCK	NLELKDLLPY	GFAIHHAGMT	RVDRTLVEDL
FADKHIQVLV	STATLAWGVN	LPAHTVIIKG	TQVYSPEKGR	WTELGALDIL
QMLGRAGRPQ	YDTKGEGILI	TSHGELQYYL	SLLNQQLPIE	SQMVSKLPDM
LNAEIVLGNV	QNAKDAVNWL	GYAYLYIRML	RSPTLYGISH	DDLKGDPLLD
QRRLDLVHTA	ALMLDKNNLV	KYDKKTGNFQ	VTELGRIASH	YYITNDTVQT
YNQLLKPTLS	EIELFRVFSL	SSEFKNITVR	EEEKLELQKL	LERVPIPVKE
SIEEPSAKIN	VLLQAFISQL	KLEGFALMAD	MVYVTQSAGR	LMRAIFEIVL
NRGWAQLTDK	TLNLCKMIDK	RMWQSMCPLR	QFRKLPEEVV	KKIEKKNFPF
ERLYDLNHNE	IGELIRMPKM	GKTIHKYVHL	FPKLELSVHL	QPITRSTLKV
ELTITPDFQW	DEKVHGSSEA	FWILVEDVDS	EVILHHEYFL	LKAKYAQDEH
LITFFVPVFE	PLPPQYFIRV	VSDRWLSCET	QLPVSFRHLI	LPEKYPPPTE
LLDLQPLPVS	ALRNSAFESL	YQDKFPFFNP	IQTQVFNTVY	NSDDNVFVGA
PTGSGKTICA	EFAILRMLLQ	SSEGRCVYIT	PMEALAEQVY	MDWYEKFQDR
LNKKVVLLTG	ETSTDLKLLG	KGNIIISTPE	KWDILSRRWK	QRKNVQNINL
FVVDEVHLIG	GENGPVLEVI	CSRMRYISSQ	IERPIRIVAL	SSSLSNAKDV
AHWLGCSATS	TFNFHPNVRP	VPLELHIQGF	NISHTQTRLL	SMAKPVYHAI
TKHSPKKPVI	VFVPSRKQTR	LTAIDILTTC	AADIQRQRFL	HCTEKDLIPY
LEKLSDSTLK	ETLLNGVGYL	HEGLSPMERR	LVEQLFSSGA	IQVVVASRSL
CWGMNVAAHL	VIIMDTQYYN	GKIHAYVDYP	IYDVLQMVGH	ANRPLQDDEG
RCVIMCQGSK	KDFFKKFLYE	PLPVESHLDH	CMHDHFNAEI	VTKTIENKQD
AVDYLTWTFL	YRRMTQNPNY	YNLQGISHRH	LSDHLSELVE	QTLSDLEQSK
CISIEDEMDV	APLNLGMIAA	YYYINYTTIE	LFSMSLNAKT	KVRGLIEIIS
NAAEYENIPI	RHHEDNLLRQ	LAQKVPHKLN	NPKFNDPHVK	TNLLLQAHLS
RMQLSAELQS	DTEEILSKAI	RLIQACVDVL	SSNGWLSPAL	AAMELAQMVT
QAMWSKDSYL	KQLPHFTSEH	IKRCTDKGVE	SVFDIMEMED	EERNALLQLT
DSQIADVARF	CNRYPNIELS	YEVVDKDSIR	SGGPVVVLVQ	LEREEEVTGP
VIAPLFPQKR	EEGWWVVIGD	AKSNSLISIK	RLTLQQKAKV	KLDFVAPATG
AHNYTLYFMS	DAYMGCDQEY	KFSVDVKEAE	TDSDSD

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами. Локалізований у ядрі.

Література

Liu S., Rauhut R., Vornlocher H.-P., Luehrmann R. (2006). The network of protein-protein interactions within the human U4/U6.U5 tri-snRNP.. RNA 12: 1418 — 1430. PubMed DOI:10.1261/rna.55406
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).. Genome Res. 14: 2121 — 2127. 2004. PubMed DOI:10.1101/gr.2596504
Laggerbauer B., Achsel T., Luehrmann R. (1998). The human U5-200kD DEXH-box protein unwinds U4/U6 RNA duplices in vitro.. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 95: 4188 — 4192. PubMed DOI:10.1073/pnas.95.8.4188
Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis.. RNA 8: 426 — 439. PubMed DOI:10.1017/S1355838202021088
Carrascal M., Ovelleiro D., Casas V., Gay M., Abian J. (2008). Phosphorylation analysis of primary human T lymphocytes using sequential IMAC and titanium oxide enrichment.. J. Proteome Res. 7: 5167 — 5176. PubMed DOI:10.1021/pr800500r
Li N., Mei H., MacDonald I.M., Jiao X., Hejtmancik J.F. (2010). Mutations in ASCC3L1 on 2q11.2 are associated with autosomal dominant retinitis pigmentosa in a Chinese family.. Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. 51: 1036 — 1043. PubMed DOI:10.1167/iovs.09-3725

Примітки

Захворювання, генетично пов'язані з SNRNP200 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
Human PubMed Reference:.
Mouse PubMed Reference:.
HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:30859 (англ.). Процитовано 6 лютого 2017.
UniProt, O75643 (англ.). Процитовано 6 лютого 2017.

Див. також

Хромосома 2

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] Захворювання, генетично пов'язані з SNRNP200 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[2] Human PubMed Reference:.

[3] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-4] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:30859 (англ.). Процитовано 6 лютого 2017.

[UniProt-5] UniProt, O75643 (англ.). Процитовано 6 лютого 2017.