YBX1

YBX1
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	1H95
Ідентифікатори
Символи	YBX1, BP-8, CSDA2, CSDB, DBPB, MDR-NF1, NSEP-1, NSEP1, YB-1, YB1, CBF-A, EFI-A, Y-box binding protein 1
Зовнішні ІД	OMIM: 154030 MGI: 99146 HomoloGene: 88707 GeneCards: YBX1
Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding; • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity; • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific; • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding; • GO:0001948 protein binding; • RNA binding; • nucleic acid binding; • GTPase binding; • double-stranded DNA binding; • single-stranded DNA binding; • chromatin binding; • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific;
Клітинна компонента	• цитоплазма; • CRD-mediated mRNA stability complex; • Ядерна мембрана; • внутрішньоклітинна мембранна органела; • U12-type spliceosomal complex; • Нуклеоплазма; • extracellular region; • cytoplasmic stress granule; • Екзосома; • клітинне ядро; • histone pre-mRNA 3'end processing complex; • гіалоплазма; • Рибонуклеопротеїни;
Біологічний процес	• CRD-mediated mRNA stabilization; • mRNA splicing, via spliceosome; • regulation of transcription, DNA-templated; • mRNA processing; • transcription by RNA polymerase II; • protein localization to cytoplasmic stress granule; • transcription, DNA-templated; • positive regulation of cell division; • positive regulation of transcription by RNA polymerase II; • in utero embryonic development; • Сплайсинг; • negative regulation of striated muscle cell differentiation; • negative regulation of transcription by RNA polymerase II; • Notch signaling pathway; • cellular response to interleukin-7;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
	4904
	22608
	ENSG00000065978
	ENSMUSG00000028639
	P67809
	P62960
	NM_004559
	NM_011732
	NP_004550
	NP_035862
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

YBX1 (англ. Y-box binding protein 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. [3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 324 амінокислот, а молекулярна маса — 35 924[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSSEAETQQP	PAAPPAAPAL	SAADTKPGTT	GSGAGSGGPG	GLTSAAPAGG
DKKVIATKVL	GTVKWFNVRN	GYGFINRNDT	KEDVFVHQTA	IKKNNPRKYL
RSVGDGETVE	FDVVEGEKGA	EAANVTGPGG	VPVQGSKYAA	DRNHYRRYPR
RRGPPRNYQQ	NYQNSESGEK	NEGSESAPEG	QAQQRRPYRR	RRFPPYYMRR
PYGRRPQYSN	PPVQGEVMEG	ADNQGAGEQG	RPVRQNMYRG	YRPRFRRGPP
RQRQPREDGN	EEDKENQGDE	TQGQQPPQRR	YRRNFNYRRR	RPENPKPQDG
KETKAADPPA	ENSSAPEAEQ	GGAE

A: Аланін

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, активаторів, мітогенів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК, транскрипція, регуляція транскрипції. Білок має сайт для зв'язування з ДНК, РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі. Також секретований назовні.

Література

Sakura H., Maekawa T., Imamoto F., Yasuda K., Ishii S. (1988). Two human genes isolated by a novel method encode DNA-binding proteins containing a common region of homology.. Gene 73: 499 — 507. PubMed DOI:10.1016/0378-1119(88)90514-8
Didier D.K., Schiffenbauer J., Woulfe S.L., Zacheis M., Schwartz B.D. (1988). Characterization of the cDNA encoding a protein binding to the major histocompatibility complex class II Y box.. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 85: 7322 — 7326. PubMed DOI:10.1073/pnas.85.19.7322
Kolluri R., Kinniburgh A.J. (1991). Full length cDNA sequence encoding a nuclease-sensitive element DNA binding protein.. Nucleic Acids Res. 19: 4771 — 4771. PubMed DOI:10.1093/nar/19.17.4771
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).. Genome Res. 14: 2121 — 2127. 2004. PubMed DOI:10.1101/gr.2596504
Capowski E.E., Esnault S., Bhattacharya S., Malter J.S. (2001). Y box-binding factor promotes eosinophil survival by stabilizing granulocyte-macrophage colony-stimulating factor mRNA.. J. Immunol. 167: 5970 — 5976. PubMed DOI:10.4049/jimmunol.167.10.5970
Gaudreault I., Guay D., Lebel M. (2004). YB-1 promotes strand separation in vitro of duplex DNA containing either mispaired bases or cisplatin modifications, exhibits endonucleolytic activities and binds several DNA repair proteins.. Nucleic Acids Res. 32: 316 — 327. PubMed DOI:10.1093/nar/gkh170

Примітки

Human PubMed Reference:.
Mouse PubMed Reference:.
HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:8014 (англ.). Процитовано 6 лютого 2017.
UniProt, P67809 (англ.). Процитовано 6 лютого 2017.

Див. також

Хромосома 1

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] Human PubMed Reference:.

[2] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-3] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:8014 (англ.). Процитовано 6 лютого 2017.

[UniProt-4] UniProt, P67809 (англ.). Процитовано 6 лютого 2017.