APOBEC3B

APOBEC3B
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	5CQD, 5CQH, 5CQI, 5CQK, 2NBQ
Ідентифікатори
Символи	APOBEC3B, A3B, APOBEC1L, ARCD3, ARP4, DJ742C19.2, PHRBNL, bK150C2.2, apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3B
Зовнішні ІД	OMIM: 607110 MGI: 1933111 HomoloGene: 105420 GeneCards: APOBEC3B
Онтологія гена
Молекулярна функція	• hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amidines; • zinc ion binding; • каталітична активність; • hydrolase activity; • зв'язування з іоном металу; • deoxycytidine deaminase activity; • RNA binding; • cytidine deaminase activity;
Клітинна компонента	• клітинне ядро; • цитоплазма;
Біологічний процес	• negative regulation of transposition; • Вроджений імунітет; • immune system process; • defense response to virus; • cytidine deamination; • cytidine to uridine editing; • DNA demethylation;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	9582
	80287
	ENSG00000179750
	ENSMUSG00000009585
	Q9UH17
	Q99J72
	NM_004900; NM_001270411
	NM_001160415; NM_030255; NM_001347041
	NP_001257340; NP_004891
	NP_001153887; NP_001333970; NP_084531
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

APOBEC3B (англ. Apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3B) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 22-ї хромосоми. [3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 382 амінокислот, а молекулярна маса — 45 924[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MNPQIRNPME	RMYRDTFYDN	FENEPILYGR	SYTWLCYEVK	IKRGRSNLLW
DTGVFRGQVY	FKPQYHAEMC	FLSWFCGNQL	PAYKCFQITW	FVSWTPCPDC
VAKLAEFLSE	HPNVTLTISA	ARLYYYWERD	YRRALCRLSQ	AGARVTIMDY
EEFAYCWENF	VYNEGQQFMP	WYKFDENYAF	LHRTLKEILR	YLMDPDTFTF
NFNNDPLVLR	RRQTYLCYEV	ERLDNGTWVL	MDQHMGFLCN	EAKNLLCGFY
GRHAELRFLD	LVPSLQLDPA	QIYRVTWFIS	WSPCFSWGCA	GEVRAFLQEN
THVRLRIFAA	RIYDYDPLYK	EALQMLRDAG	AQVSIMTYDE	FEYCWDTFVY
RQGCPFQPWD	GLEEHSQALS	GRLRAILQNQ	GN

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до гідролаз. Задіяний у таких біологічних процесах як імунітет, вроджений імунітет, антивірусний захист. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, РНК. Локалізований у ядрі.

Література

Rose K.M., Marin M., Kozak S.L., Kabat D. (2005). Regulated production and anti-HIV type 1 activities of cytidine deaminases APOBEC3B, 3F, and 3G.. AIDS Res. Hum. Retroviruses 21: 611 — 619. PubMed DOI:10.1089/aid.2005.21.611
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).. Genome Res. 14: 2121 — 2127. 2004. PubMed DOI:10.1101/gr.2596504
Wedekind J.E., Dance G.S.C., Sowden M.P., Smith H.C. (2003). Messenger RNA editing in mammals: new members of the APOBEC family seeking roles in the family business.. Trends Genet. 19: 207 — 216. PubMed DOI:10.1016/S0168-9525(03)00054-4
Hakata Y., Landau N.R. (2006). Reversed functional organization of mouse and human APOBEC3 cytidine deaminase domains.. J. Biol. Chem. 281: 36624 — 36631. PubMed DOI:10.1074/jbc.M604980200
Wichroski M.J., Robb G.B., Rana T.M. (2006). Human retroviral host restriction factors APOBEC3G and APOBEC3F localize to mRNA processing bodies.. PLoS Pathog. 2: E41 — E41. PubMed DOI:10.1371/journal.ppat.0020041
Chiu Y.L., Greene W.C. (2008). The APOBEC3 cytidine deaminases: an innate defensive network opposing exogenous retroviruses and endogenous retroelements.. Annu. Rev. Immunol. 26: 317 — 353. PubMed DOI:10.1146/annurev.immunol.26.021607.090350

Примітки

Human PubMed Reference:.
Mouse PubMed Reference:.
HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:17352 (англ.). Процитовано 22 серпня 2017.
UniProt, Q9UH17 (англ.). Процитовано 22 серпня 2017.

Див. також

Хромосома 22

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] Human PubMed Reference:.

[2] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-3] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:17352 (англ.). Процитовано 22 серпня 2017.

[UniProt-4] UniProt, Q9UH17 (англ.). Процитовано 22 серпня 2017.