DDX6

DDX6
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	1VEC, 2WAX, 2WAY, 4CRW, 4CT4, 4CT5, 5ANR
Ідентифікатори
Символи	DDX6, HLR2, P54, RCK, DEAD-box helicase 6, IDDILF, Rck/p54
Зовнішні ІД	OMIM: 600326 MGI: 104976 HomoloGene: 3238 GeneCards: DDX6
Онтологія гена
Молекулярна функція	• RNA helicase activity; • nucleotide binding; • GO:0008026 helicase activity; • protein domain specific binding; • GO:0001948 protein binding; • nucleic acid binding; • hydrolase activity; • ATP binding; • RNA binding; • cadherin binding;
Клітинна компонента	• цитоплазма; • RISC; • мембрана; • P-body; • cytoplasmic stress granule; • мітохондрія; • sperm annulus; • P granule; • outer dense fiber; • Гетерохроматин; • клітинне ядро; • гіалоплазма; • Ядерце; • cytoplasmic ribonucleoprotein granule; • chromatoid body; • perinuclear region of cytoplasm; • concave side of sperm head;
Біологічний процес	• negative regulation of neuron differentiation; • stem cell population maintenance; • RNA secondary structure unwinding; • P-body assembly; • exonucleolytic catabolism of deadenylated mRNA; • viral RNA genome packaging; • regulation of translation; • Сперматогенез; • spermatid differentiation;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	1656
	13209
	ENSG00000110367
	ENSMUSG00000032097
	P26196
	P54823
	NM_001257191; NM_004397
	NM_001110826; NM_007841; NM_181324; NM_001357702; NM_001357703
	NP_001244120; NP_004388
	NP_001104296; NP_031867; NP_851841; NP_001344631; NP_001344632
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

DDX6 (англ. DEAD-box helicase 6) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 11-ї хромосоми. [3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 483 амінокислот, а молекулярна маса — 54 417[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSTARTENPV	IMGLSSQNGQ	LRGPVKPTGG	PGGGGTQTQQ	QMNQLKNTNT
INNGTQQQAQ	SMTTTIKPGD	DWKKTLKLPP	KDLRIKTSDV	TSTKGNEFED
YCLKRELLMG	IFEMGWEKPS	PIQEESIPIA	LSGRDILARA	KNGTGKSGAY
LIPLLERLDL	KKDNIQAMVI	VPTRELALQV	SQICIQVSKH	MGGAKVMATT
GGTNLRDDIM	RLDDTVHVVI	ATPGRILDLI	KKGVAKVDHV	QMIVLDEADK
LLSQDFVQIM	EDIILTLPKN	RQILLYSATF	PLSVQKFMNS	HLQKPYEINL
MEELTLKGVT	QYYAYVTERQ	KVHCLNTLFS	RLQINQSIIF	CNSSQRVELL
AKKISQLGYS	CFYIHAKMRQ	EHRNRVFHDF	RNGLCRNLVC	TDLFTRGIDI
QAVNVVINFD	FPKLAETYLH	RIGRSGRFGH	LGLAINLITY	DDRFNLKSIE
EQLGTEIKPI	PSNIDKSLYV	AEYHSEPVED	EKP

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

Lu D., Yunis J.J. (1992). Cloning, expression and localization of an RNA helicase gene from a human lymphoid cell line with chromosomal breakpoint 11q23.3.. Nucleic Acids Res. 20: 1967 — 1972. PubMed DOI:10.1093/nar/20.8.1967
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).. Genome Res. 14: 2121 — 2127. 2004. PubMed DOI:10.1101/gr.2596504
Fenger-Groen M., Fillman C., Norrild B., Lykke-Andersen J. (2005). Multiple processing body factors and the ARE binding protein TTP activate mRNA decapping.. Mol. Cell 20: 905 — 915. PubMed DOI:10.1016/j.molcel.2005.10.031
Wichroski M.J., Robb G.B., Rana T.M. (2006). Human retroviral host restriction factors APOBEC3G and APOBEC3F localize to mRNA processing bodies.. PLoS Pathog. 2: E41 — E41. PubMed DOI:10.1371/journal.ppat.0020041
Phalora P.K., Sherer N.M., Wolinsky S.M., Swanson C.M., Malim M.H. (2012). HIV-1 replication and APOBEC3 antiviral activity are not regulated by P bodies.. J. Virol. 86: 11712 — 11724. PubMed DOI:10.1128/JVI.00595-12

Примітки

Human PubMed Reference:.
Mouse PubMed Reference:.
HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:2747 (англ.). Процитовано 21 серпня 2017.
UniProt, P26196 (англ.). Процитовано 21 серпня 2017.

Див. також

Хромосома 11

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] Human PubMed Reference:.

[2] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-3] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:2747 (англ.). Процитовано 21 серпня 2017.

[UniProt-4] UniProt, P26196 (англ.). Процитовано 21 серпня 2017.