EXOSC5

EXOSC5
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	2NN6
Ідентифікатори
Символи	EXOSC5, RRP41B, RRP46, Rrp46p, hRrp46p, p12B, Exosome component 5, CABAC
Зовнішні ІД	OMIM: 606492 MGI: 107889 HomoloGene: 5981 GeneCards: EXOSC5
Реагує на сполуку
	Viroporin 3a [SARS-CoV-2][1]
Онтологія гена
Молекулярна функція	• 3'-5'-exoribonuclease activity; • exoribonuclease activity; • GO:0001948 protein binding; • RNA binding;
Клітинна компонента	• цитоплазма; • гіалоплазма; • Екзосома; • nuclear exosome (RNase complex); • cytoplasmic exosome (RNase complex); • Ядерце; • transcriptionally active chromatin; • клітинне ядро; • Нуклеоплазма;
Біологічний процес	• regulation of mRNA stability; • nuclear-transcribed mRNA catabolic process, exonucleolytic, 3'-5'; • rRNA 3'-end processing; • rRNA catabolic process; • DNA deamination; • nuclear mRNA surveillance; • defense response to virus; • exonucleolytic catabolism of deadenylated mRNA; • U4 snRNA 3'-end processing; • polyadenylation-dependent snoRNA 3'-end processing; • Деградація РНК; • rRNA processing; • RNA phosphodiester bond hydrolysis, exonucleolytic;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	56915
	27998
	ENSG00000077348
	ENSMUSG00000061286
	Q9NQT4
	Q9CRA8
	NM_020158
	NM_138586
	NP_064543
	NP_613052
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

EXOSC5 (англ. Exosome component 5) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 19-ї хромосоми.[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 235 амінокислот, а молекулярна маса — 25 249[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MEEETHTDAK	IRAENGTGSS	PRGPGCSLRH	FACEQNLLSR	PDGSASFLQG
DTSVLAGVYG	PAEVKVSKEI	FNKATLEVIL	RPKIGLPGVA	EKSRERLIRN
TCEAVVLGTL	HPRTSITVVL	QVVSDAGSLL	ACCLNAACMA	LVDAGVPMRA
LFCGVACALD	SDGTLVLDPT	SKQEKEARAV	LTFALDSVER	KLLMSSTKGL
YSDTELQQCL	AAAQAASQHV	FRFYRESLQR	RYSKS

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у такому біологічному процесі, як процесинг рРНК. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі, екзосомі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).. Genome Res. 14: 2121 — 2127. 2004. PubMed DOI:10.1101/gr.2596504
Raijmakers R., Noordman Y.E., van Venrooij W.J., Pruijn G.J.M. (2002). Protein-protein interactions of hCsl4p with other human exosome subunits.. J. Mol. Biol. 315: 809 — 818. PubMed DOI:10.1006/jmbi.2001.5265
Guo X., Ma J., Sun J., Gao G. (2007). The zinc-finger antiviral protein recruits the RNA processing exosome to degrade the target mRNA.. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104: 151 — 156. PubMed DOI:10.1073/pnas.0607063104
Chen G., Guo X., Lv F., Xu Y., Gao G. (2008). p72 DEAD box RNA helicase is required for optimal function of the zinc-finger antiviral protein.. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105: 4352 — 4357. PubMed DOI:10.1073/pnas.0712276105
Liu Q., Greimann J.C., Lima C.D. (2006). Reconstitution, activities, and structure of the eukaryotic RNA exosome.. Cell 127: 1223 — 1237. PubMed DOI:10.1016/j.cell.2006.10.037
Liu Q., Greimann J.C., Lima C.D. (2007). Cell 131: 188 — 189.

Примітки

Сполуки, які фізично взаємодіють з Exosome component 5 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
Human PubMed Reference:.
Mouse PubMed Reference:.
HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:24662 (англ.). Процитовано 12 вересня 2017.
UniProt, Q9NQT4 (англ.). Процитовано 12 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 19

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] Сполуки, які фізично взаємодіють з Exosome component 5 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[2] Human PubMed Reference:.

[3] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-4] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:24662 (англ.). Процитовано 12 вересня 2017.

[UniProt-5] UniProt, Q9NQT4 (англ.). Процитовано 12 вересня 2017.