KDM1A

KDM1A
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	2COM, 2DW4, 2EJR, 2H94, 2HKO, 2IW5, 2L3D, 2UXN, 2UXX, 2V1D, 2X0L, 2XAF, 2XAG, 2XAH, 2XAJ, 2XAQ, 2XAS, 2Y48, 2Z3Y, 2Z5U, 3ABT, 3ZMS, 3ZMT, 3ZMU, 3ZMV, 3ZMZ, 3ZN0, 3ZN1, 4BAY, 4CZZ, 4KUM, 4UV8, 4UV9, 4UVA, 4UVB, 4UVC, 4UXN, 5AFW, 5L3D, 5L3B, 5IT3, 5L3C, 4XBF
Ідентифікатори
Символи	KDM1A, AOF2, BHC110, KDM1, LSD1, CPRF, lysine demethylase 1A
Зовнішні ІД	OMIM: 609132 MGI: 1196256 HomoloGene: 32240 GeneCards: KDM1A
Пов'язані генетичні захворювання
	palatal anomalies-widely spaced teeth-facial dysmorphism-developmental delay syndrome[1]
Реагує на сполуку
	транілципропромін[2]
Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding; • telomeric repeat-containing RNA binding; • demethylase activity; • telomeric DNA binding; • flavin adenine dinucleotide binding; • p53 binding; • GO:0001948 protein binding; • androgen receptor binding; • nuclear receptor coactivator activity; • histone H3-methyl-lysine-4 demethylase activity; • oxidoreductase activity; • chromatin binding; • histone deacetylase activity; • histone demethylase activity; • enzyme binding; • MRF binding; • transcription factor binding; • histone H3-methyl-lysine-9 demethylase activity;
Клітинна компонента	• DNA repair complex; • Нуклеоплазма; • клітинне ядро; • transcription regulator complex; • protein-containing complex;
Біологічний процес	• regulation of transcription, DNA-templated; • negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator; • regulation of double-strand break repair via homologous recombination; • cellular response to UV; • histone H3-K4 demethylation; • regulation of transcription by RNA polymerase II; • negative regulation of DNA binding; • protein demethylation; • positive regulation of DNA-binding transcription factor activity; • зсідання крові; • negative regulation of protein binding; • negative regulation of DNA-binding transcription factor activity; • transcription, DNA-templated; • multicellular organism development; • negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator; • positive regulation of histone ubiquitination; • cellular response to gamma radiation; • negative regulation of transcription, DNA-templated; • positive regulation of transcription by RNA polymerase II; • Альтернативний сплайсинг; • cerebral cortex development; • positive regulation of cell size; • response to organic cyclic compound; • guanine metabolic process; • cellular response to cAMP; • positive regulation of chromatin binding; • histone deacetylation; • positive regulation of neuron projection development; • neuron maturation; • response to fungicide; • negative regulation of transcription by RNA polymerase II; • histone H3-K9 demethylation; • muscle cell development; • chromatin organization; • positive regulation of neuroblast proliferation; • negative regulation of histone H3-K4 methylation; • negative regulation of histone H3-K9 methylation; • positive regulation of cold-induced thermogenesis; • positive regulation of neural precursor cell proliferation; • positive regulation of stem cell proliferation;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
	23028
	99982
	ENSG00000004487
	ENSMUSG00000036940
	O60341
	Q6ZQ88
	NM_001009999; NM_015013; NM_001363654
	NM_133872; NM_001347221; NM_001356567
	NP_001009999; NP_055828; NP_001350583
	NP_001334150; NP_598633; NP_001343496
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

KDM1A (англ. Lysine demethylase 1A) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. [5] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 852 амінокислот, а молекулярна маса — 92 903[6].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MLSGKKAAAA	AAAAAAAATG	TEAGPGTAGG	SENGSEVAAQ	PAGLSGPAEV
GPGAVGERTP	RKKEPPRASP	PGGLAEPPGS	AGPQAGPTVV	PGSATPMETG
IAETPEGRRT	SRRKRAKVEY	REMDESLANL	SEDEYYSEEE	RNAKAEKEKK
LPPPPPQAPP	EEENESEPEE	PSGVEGAAFQ	SRLPHDRMTS	QEAACFPDII
SGPQQTQKVF	LFIRNRTLQL	WLDNPKIQLT	FEATLQQLEA	PYNSDTVLVH
RVHSYLERHG	LINFGIYKRI	KPLPTKKTGK	VIIIGSGVSG	LAAARQLQSF
GMDVTLLEAR	DRVGGRVATF	RKGNYVADLG	AMVVTGLGGN	PMAVVSKQVN
MELAKIKQKC	PLYEANGQAV	PKEKDEMVEQ	EFNRLLEATS	YLSHQLDFNV
LNNKPVSLGQ	ALEVVIQLQE	KHVKDEQIEH	WKKIVKTQEE	LKELLNKMVN
LKEKIKELHQ	QYKEASEVKP	PRDITAEFLV	KSKHRDLTAL	CKEYDELAET
QGKLEEKLQE	LEANPPSDVY	LSSRDRQILD	WHFANLEFAN	ATPLSTLSLK
HWDQDDDFEF	TGSHLTVRNG	YSCVPVALAE	GLDIKLNTAV	RQVRYTASGC
EVIAVNTRST	SQTFIYKCDA	VLCTLPLGVL	KQQPPAVQFV	PPLPEWKTSA
VQRMGFGNLN	KVVLCFDRVF	WDPSVNLFGH	VGSTTASRGE	LFLFWNLYKA
PILLALVAGE	AAGIMENISD	DVIVGRCLAI	LKGIFGSSAV	PQPKETVVSR
WRADPWARGS	YSYVAAGSSG	NDYDLMAQPI	TPGPSIPGAP	QPIPRLFFAG
EHTIRNYPAT	VHGALLSGLR	EAGRIADQFL	GAMYTLPRQA	TPGVPAQQSP
SM

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, репресорів, регуляторів хроматину, білків розвитку, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з ФАД, флавопротеїном. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).. Genome Res. 14: 2121 — 2127. 2004. PubMed DOI:10.1101/gr.2596504
Hakimi M.-A., Dong Y., Lane W.S., Speicher D.W., Shiekhattar R. (2003). A candidate X-linked mental retardation gene is a component of a new family of histone deacetylase-containing complexes.. J. Biol. Chem. 278: 7234 — 7239. PubMed DOI:10.1074/jbc.M208992200
Forneris F., Binda C., Vanoni M.A., Mattevi A., Battaglioli E. (2005). Histone demethylation catalysed by LSD1 is a flavin-dependent oxidative process.. FEBS Lett. 579: 2203 — 2207. PubMed DOI:10.1016/j.febslet.2005.03.015
Lee M.G., Wynder C., Cooch N., Shiekhattar R. (2005). An essential role for CoREST in nucleosomal histone 3 lysine 4 demethylation.. Nature 437: 432 — 435. PubMed DOI:10.1038/nature04021
Forneris F., Binda C., Vanoni M.A., Battaglioli E., Mattevi A. (2005). Human histone demethylase LSD1 reads the histone code.. J. Biol. Chem. 280: 41360 — 41365. PubMed DOI:10.1074/jbc.M509549200
Lin T., Ponn A., Hu X., Law B.K., Lu J. (2010). Requirement of the histone demethylase LSD1 in Snai1-mediated transcriptional repression during epithelial-mesenchymal transition.. Oncogene 29: 4896 — 4904. PubMed DOI:10.1038/onc.2010.234

Примітки

Захворювання, генетично пов'язані з KDM1A переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
Сполуки, які фізично взаємодіють з Lysine demethylase 1A переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
Human PubMed Reference:.
Mouse PubMed Reference:.
HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:29079 (англ.). Процитовано 28 серпня 2017.
UniProt, O60341 (англ.). Процитовано 28 серпня 2017.

Див. також

Хромосома 1

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] Захворювання, генетично пов'язані з KDM1A переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[2] Сполуки, які фізично взаємодіють з Lysine demethylase 1A переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[3] Human PubMed Reference:.

[4] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-5] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:29079 (англ.). Процитовано 28 серпня 2017.

[UniProt-6] UniProt, O60341 (англ.). Процитовано 28 серпня 2017.