PABPC1

PABPC1
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	1CVJ, 1G9L, 1JGN, 1JH4, 2K8G, 2RQG, 2RQH, 2X04, 3KTP, 3KTR, 3KUI, 3KUJ, 3KUR, 3KUS, 3KUT, 3PKN, 3PTH, 4F02, 4F25, 4F26, 5DX1, 5DXA, 5DX8, 2D9P
Ідентифікатори
Символи	PABPC1, PAB1, PABP, PABP1, PABPC2, PABPL1, poly(A) binding protein cytoplasmic 1
Зовнішні ІД	OMIM: 604679 MGI: 1349722 HomoloGene: 37638 GeneCards: PABPC1
Реагує на сполуку
	Viroporin 3a [SARS-CoV-2][1]
Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001948 protein binding; • nucleic acid binding; • protein C-terminus binding; • translation activator activity; • poly(U) RNA binding; • poly(A) binding; • mRNA 3'-UTR binding; • RNA binding; • mRNA binding;
Клітинна компонента	• focal adhesion; • catalytic step 2 spliceosome; • cytoplasmic stress granule; • цитоплазма; • cytoplasmic ribonucleoprotein granule; • spliceosomal complex; • мембрана; • Екзосома; • клітинне ядро; • гіалоплазма; • Дендрит (нейробіологія); • ribonucleoprotein granule; • Синапс; • messenger ribonucleoprotein complex; • Рибонуклеопротеїни;
Біологічний процес	• nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay; • mRNA stabilization; • mRNA splicing, via spliceosome; • regulation of mRNA stability; • Сплайсинг; • mRNA polyadenylation; • mRNA processing; • nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening; • positive regulation of viral genome replication; • translational initiation; • negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay; • positive regulation of translation; • Сайленсинг генів; • positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening; • positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
	26986
	18458
	ENSG00000070756
	ENSMUSG00000022283
	P11940
	P29341
	NM_002568
	NM_008774
	NP_002559
	NP_032800
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

PABPC1 (англ. Poly(A) binding protein cytoplasmic 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 8-ї хромосоми. [4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 636 амінокислот, а молекулярна маса — 70 671[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MNPSAPSYPM	ASLYVGDLHP	DVTEAMLYEK	FSPAGPILSI	RVCRDMITRR
SLGYAYVNFQ	QPADAERALD	TMNFDVIKGK	PVRIMWSQRD	PSLRKSGVGN
IFIKNLDKSI	DNKALYDTFS	AFGNILSCKV	VCDENGSKGY	GFVHFETQEA
AERAIEKMNG	MLLNDRKVFV	GRFKSRKERE	AELGARAKEF	TNVYIKNFGE
DMDDERLKDL	FGKFGPALSV	KVMTDESGKS	KGFGFVSFER	HEDAQKAVDE
MNGKELNGKQ	IYVGRAQKKV	ERQTELKRKF	EQMKQDRITR	YQGVNLYVKN
LDDGIDDERL	RKEFSPFGTI	TSAKVMMEGG	RSKGFGFVCF	SSPEEATKAV
TEMNGRIVAT	KPLYVALAQR	KEERQAHLTN	QYMQRMASVR	AVPNPVINPY
QPAPPSGYFM	AAIPQTQNRA	AYYPPSQIAQ	LRPSPRWTAQ	GARPHPFQNM
PGAIRPAAPR	PPFSTMRPAS	SQVPRVMSTQ	RVANTSTQTM	GPRPAAAAAA
ATPAVRTVPQ	YKYAAGVRNP	QQHLNAQPQV	TMQQPAVHVQ	GQEPLTASML
ASAPPQEQKQ	MLGERLFPLI	QAMHPTLAGK	ITGMLLEIDN	SELLHMLESP
ESLRSKVDEA	VAVLQAHQAK	EAAQKAVNSA	TGVPTV

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

Grange T., de Sa C.M., Oddos J., Pictet R. (1987). Human mRNA polyadenylate binding protein: evolutionary conservation of a nucleic acid binding motif.. Nucleic Acids Res. 15: 4771 — 4787. PubMed DOI:10.1093/nar/15.12.4771
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).. Genome Res. 14: 2121 — 2127. 2004. PubMed DOI:10.1101/gr.2596504
Goerlach M., Burd C.G., Dreyfuss G. (1994). The mRNA poly(A)-binding protein: localization, abundance, and RNA-binding specificity.. Exp. Cell Res. 211: 400 — 407. PubMed DOI:10.1006/excr.1994.1104
Afonina E., Stauber R., Pavlakis G.N. (1998). The human poly(A)-binding protein 1 shuttles between the nucleus and the cytoplasm.. J. Biol. Chem. 273: 13015 — 13021. PubMed DOI:10.1074/jbc.273.21.13015
Craig A.W.B., Haghighat A., Yu A.T.K., Sonenberg N. (1998). Interaction of polyadenylate-binding protein with the eIF4G homologue PAIP enhances translation.. Nature 392: 520 — 523. PubMed DOI:10.1038/33198
Lee J., Bedford M.T. (2002). PABP1 identified as an arginine methyltransferase substrate using high-density protein arrays.. EMBO Rep. 3: 268 — 273. PubMed DOI:10.1093/embo-reports/kvf052

Примітки

Сполуки, які фізично взаємодіють з Poly(A) binding protein cytoplasmic 1 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
Human PubMed Reference:.
Mouse PubMed Reference:.
HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:8554 (англ.). Процитовано 6 лютого 2017.
UniProt, P11940 (англ.). Процитовано 6 лютого 2017.

Див. також

Хромосома 8

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] Сполуки, які фізично взаємодіють з Poly(A) binding protein cytoplasmic 1 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[2] Human PubMed Reference:.

[3] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-4] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:8554 (англ.). Процитовано 6 лютого 2017.

[UniProt-5] UniProt, P11940 (англ.). Процитовано 6 лютого 2017.