PRPF8

PRPF8
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	3E9L, 3ENB, 3LRU, 4JK7, 4JK8, 4JK9, 4JKA, 4JKB, 4JKC, 4JKD, 4JKE, 4JKF, 4JKG, 4JKH, 4KIT, 3JCR
Ідентифікатори
Символи	PRPF8, pre-mRNA processing factor 8, HPRP8, PRP8, PRPC8, RP13, SNRNP220
Зовнішні ІД	OMIM: 607300 MGI: 2179381 HomoloGene: 4706 GeneCards: PRPF8
Пов'язані генетичні захворювання
	retinitis pigmentosa 13[1]
Онтологія гена
Молекулярна функція	• K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding; • GO:0001948 protein binding; • RNA binding; • second spliceosomal transesterification activity; • U6 snRNA binding; • U1 snRNA binding; • U2 snRNA binding; • U5 snRNA binding; • pre-mRNA intronic binding;
Клітинна компонента	• nuclear speck; • catalytic step 2 spliceosome; • мембрана; • U5 snRNP; • Нуклеоплазма; • small nuclear ribonucleoprotein complex; • spliceosomal complex; • клітинне ядро; • U4/U6 x U5 tri-snRNP complex; • U2-type precatalytic spliceosome; • U2-type catalytic step 2 spliceosome;
Біологічний процес	• mRNA splicing, via spliceosome; • spliceosomal tri-snRNP complex assembly; • RNA splicing, via transesterification reactions; • cellular response to tumor necrosis factor; • mRNA processing; • Сплайсинг; • cellular response to lipopolysaccharide;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	; ; ; ;
	Більше даних
Ортологи
	10594
	192159
	ENSG00000274442; ENSG00000174231
	ENSMUSG00000020850
	Q6P2Q9
	Q99PV0
	NM_006445
	NM_138659
	NP_006436
	NP_619600
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

PRPF8 (англ. Pre-mRNA processing factor 8) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 17-ї хромосоми. [4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 2 335 амінокислот, а молекулярна маса — 273 600[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MAGVFPYRGP	GNPVPGPLAP	LPDYMSEEKL	QEKARKWQQL	QAKRYAEKRK
FGFVDAQKED	MPPEHVRKII	RDHGDMTNRK	FRHDKRVYLG	ALKYMPHAVL
KLLENMPMPW	EQIRDVPVLY	HITGAISFVN	EIPWVIEPVY	ISQWGSMWIM
MRREKRDRRH	FKRMRFPPFD	DEEPPLDYAD	NILDVEPLEA	IQLELDPEED
APVLDWFYDH	QPLRDSRKYV	NGSTYQRWQF	TLPMMSTLYR	LANQLLTDLV
DDNYFYLFDL	KAFFTSKALN	MAIPGGPKFE	PLVRDINLQD	EDWNEFNDIN
KIIIRQPIRT	EYKIAFPYLY	NNLPHHVHLT	WYHTPNVVFI	KTEDPDLPAF
YFDPLINPIS	HRHSVKSQEP	LPDDDEEFEL	PEFVEPFLKD	TPLYTDNTAN
GIALLWAPRP	FNLRSGRTRR	ALDIPLVKNW	YREHCPAGQP	VKVRVSYQKL
LKYYVLNALK	HRPPKAQKKR	YLFRSFKATK	FFQSTKLDWV	EVGLQVCRQG
YNMLNLLIHR	KNLNYLHLDY	NFNLKPVKTL	TTKERKKSRF	GNAFHLCREV
LRLTKLVVDS	HVQYRLGNVD	AFQLADGLQY	IFAHVGQLTG	MYRYKYKLMR
QIRMCKDLKH	LIYYRFNTGP	VGKGPGCGFW	AAGWRVWLFF	MRGITPLLER
WLGNLLARQF	EGRHSKGVAK	TVTKQRVESH	FDLELRAAVM	HDILDMMPEG
IKQNKARTIL	QHLSEAWRCW	KANIPWKVPG	LPTPIENMIL	RYVKAKADWW
TNTAHYNRER	IRRGATVDKT	VCKKNLGRLT	RLYLKAEQER	QHNYLKDGPY
ITAEEAVAVY	TTTVHWLESR	RFSPIPFPPL	SYKHDTKLLI	LALERLKEAY
SVKSRLNQSQ	REELGLIEQA	YDNPHEALSR	IKRHLLTQRA	FKEVGIEFMD
LYSHLVPVYD	VEPLEKITDA	YLDQYLWYEA	DKRRLFPPWI	KPADTEPPPL
LVYKWCQGIN	NLQDVWETSE	GECNVMLESR	FEKMYEKIDL	TLLNRLLRLI
VDHNIADYMT	AKNNVVINYK	DMNHTNSYGI	IRGLQFASFI	VQYYGLVMDL
LVLGLHRASE	MAGPPQMPND	FLSFQDIATE	AAHPIRLFCR	YIDRIHIFFR
FTADEARDLI	QRYLTEHPDP	NNENIVGYNN	KKCWPRDARM	RLMKHDVNLG
RAVFWDIKNR	LPRSVTTVQW	ENSFVSVYSK	DNPNLLFNMC	GFECRILPKC
RTSYEEFTHK	DGVWNLQNEV	TKERTAQCFL	RVDDESMQRF	HNRVRQILMA
SGSTTFTKIV	NKWNTALIGL	MTYFREAVVN	TQELLDLLVK	CENKIQTRIK
IGLNSKMPSR	FPPVVFYTPK	ELGGLGMLSM	GHVLIPQSDL	RWSKQTDVGI
THFRSGMSHE	EDQLIPNLYR	YIQPWESEFI	DSQRVWAEYA	LKRQEAIAQN
RRLTLEDLED	SWDRGIPRIN	TLFQKDRHTL	AYDKGWRVRT	DFKQYQVLKQ
NPFWWTHQRH	DGKLWNLNNY	RTDMIQALGG	VEGILEHTLF	KGTYFPTWEG
LFWEKASGFE	ESMKWKKLTN	AQRSGLNQIP	NRRFTLWWSP	TINRANVYVG
FQVQLDLTGI	FMHGKIPTLK	ISLIQIFRAH	LWQKIHESIV	MDLCQVFDQE
LDALEIETVQ	KETIHPRKSY	KMNSSCADIL	LFASYKWNVS	RPSLLADSKD
VMDSTTTQKY	WIDIQLRWGD	YDSHDIERYA	RAKFLDYTTD	NMSIYPSPTG
VLIAIDLAYN	LHSAYGNWFP	GSKPLIQQAM	AKIMKANPAL	YVLRERIRKG
LQLYSSEPTE	PYLSSQNYGE	LFSNQIIWFV	DDTNVYRVTI	HKTFEGNLTT
KPINGAIFIF	NPRTGQLFLK	IIHTSVWAGQ	KRLGQLAKWK	TAEEVAALIR
SLPVEEQPKQ	IIVTRKGMLD	PLEVHLLDFP	NIVIKGSELQ	LPFQACLKVE
KFGDLILKAT	EPQMVLFNLY	DDWLKTISSY	TAFSRLILIL	RALHVNNDRA
KVILKPDKTT	ITEPHHIWPT	LTDEEWIKVE	VQLKDLILAD	YGKKNNVNVA
SLTQSEIRDI	ILGMEISAPS	QQRQQIAEIE	KQTKEQSQLT	ATQTRTVNKH
GDEIITSTTS	NYETQTFSSK	TEWRVRAISA	ANLHLRTNHI	YVSSDDIKET
GYTYILPKNV	LKKFICISDL	RAQIAGYLYG	VSPPDNPQVK	EIRCIVMVPQ
WGTHQTVHLP	GQLPQHEYLK	EMEPLGWIHT	QPNESPQLSP	QDVTTHAKIM
ADNPSWDGEK	TIIITCSFTP	GSCTLTAYKL	TPSGYEWGRQ	NTDKGNNPKG
YLPSHYERVQ	MLLSDRFLGF	FMVPAQSSWN	YNFMGVRHDP	NMKYELQLAN
PKEFYHEVHR	PSHFLNFALL	QEGEVYSADR	EDLYA

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до рибонуклеопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у ядрі.

Література

Luo H.R., Moreau G.A., Levin N., Moore M.J. (1999). The human Prp8 protein is a component of both U2- and U12-dependent spliceosomes.. RNA 5: 893 — 908. PubMed DOI:10.1017/S1355838299990520
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).. Genome Res. 14: 2121 — 2127. 2004. PubMed DOI:10.1101/gr.2596504
Anderson G.J., Bach M., Luehrmann R., Beggs J.D. (1989). Conservation between yeast and man of a protein associated with U5 small nuclear ribonucleoprotein.. Nature 342: 819 — 821. PubMed DOI:10.1038/342819a0
Bach M., Winkelmann G., Luehrmann R. (1989). 20S small nuclear ribonucleoprotein U5 shows a surprisingly complex protein composition.. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86: 6038 — 6042. PubMed DOI:10.1073/pnas.86.16.6038
Pinto A.L., Steitz J.A. (1989). The mammalian analogue of the yeast PRP8 splicing protein is present in the U4/5/6 small nuclear ribonucleoprotein particle and the spliceosome.. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86: 8742 — 8746. PubMed DOI:10.1073/pnas.86.22.8742
Garcia-Blanco M.A., Anderson G.J., Beggs J., Sharp P.A. (1990). A mammalian protein of 220 kDa binds pre-mRNAs in the spliceosome: a potential homologue of the yeast PRP8 protein.. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87: 3082 — 3086. PubMed DOI:10.1073/pnas.87.8.3082

Примітки

Захворювання, генетично пов'язані з PRPF8 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
Human PubMed Reference:.
Mouse PubMed Reference:.
HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:17340 (англ.). Процитовано 28 лютого 2017.
UniProt, Q6P2Q9 (англ.). Процитовано 28 лютого 2017.

Див. також

Хромосома 17

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] Захворювання, генетично пов'язані з PRPF8 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[2] Human PubMed Reference:.

[3] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-4] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:17340 (англ.). Процитовано 28 лютого 2017.

[UniProt-5] UniProt, Q6P2Q9 (англ.). Процитовано 28 лютого 2017.