Тимін-ДНК-глікозилаза

TDG
Наявні структури
PDB	Пошук для людей: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	1WYW, 2D07, 2RBA, 3UFJ, 3UO7, 3UOB, 4FNC, 4JGC, 4XEG, 4Z3A, 4Z47, 4Z7B, 4Z7Z, 5CYS
Ідентифікатори
Символи	TDG, hThymine-DNA glycosylase, thymine DNA glycosylase
Зовнішні ІД	OMIM: 601423 MGI: 3645587 HomoloGene: 2415 GeneCards: TDG
Онтологія гена
Молекулярна функція	• protein homodimerization activity; • GO:0001104 transcription coregulator activity; • damaged DNA binding; • GO:0001948 protein binding; • double-stranded DNA binding; • hydrolase activity; • protein kinase C binding; • transcription factor binding; • DNA N-glycosylase activity; • mismatched DNA binding; • protein domain specific binding; • DNA binding; • magnesium ion binding; • uracil DNA N-glycosylase activity; • ATP binding; • pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity; • sodium ion binding; • chloride ion binding; • SUMO binding; • protein self-association; • G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase activity;
Клітинна компонента	• PML body; • клітинна мембрана; • Нуклеоплазма; • клітинне ядро;
Біологічний процес	• regulation of transcription, DNA-templated; • embryo development; • negative regulation of chromatin binding; • oxidative DNA demethylation; • negative regulation of transcription by RNA polymerase II; • negative regulation of protein binding; • transcription, DNA-templated; • cellular response to DNA damage stimulus; • depyrimidination; • DNA demethylation; • base-excision repair; • Репарація ДНК; • mismatch repair; • Епігенетичне успадкування; • base-excision repair, AP site formation; • regulation of DNA N-glycosylase activity; • chromatin organization; • regulation of embryonic development;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	6996
	545124
	ENSG00000139372
	ENSMUSG00000047347
	Q13569
	н/д
	NM_001008411; NM_003211; NM_001363612
	XM_006521630
	NP_003202; NP_001350541
	н/д
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

TDG (англ. Thymine DNA glycosylase) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми.[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 410 амінокислот, а молекулярна маса — 46 053[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MEAENAGSYS	LQQAQAFYTF	PFQQLMAEAP	NMAVVNEQQM	PEEVPAPAPA
QEPVQEAPKG	RKRKPRTTEP	KQPVEPKKPV	ESKKSGKSAK	SKEKQEKITD
TFKVKRKVDR	FNGVSEAELL	TKTLPDILTF	NLDIVIIGIN	PGLMAAYKGH
HYPGPGNHFW	KCLFMSGLSE	VQLNHMDDHT	LPGKYGIGFT	NMVERTTPGS
KDLSSKEFRE	GGRILVQKLQ	KYQPRIAVFN	GKCIYEIFSK	EVFGVKVKNL
EFGLQPHKIP	DTETLCYVMP	SSSARCAQFP	RAQDKVHYYI	KLKDLRDQLK
GIERNMDVQE	VQYTFDLQLA	QEDAKKMAVK	EEKYDPGYEA	AYGGAYGENP
CSSEPCGFSS	NGLIESVELR	GESAFSGIPN	GQWMTQSFTD	QIPSFSNHCG
TQEQEEESHA

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, активаторів, регуляторів хроматину. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, пошкодження ДНК, репарація ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).. Genome Res. 14: 2121 — 2127. 2004. PubMed DOI:10.1101/gr.2596504
Neddermann P., Jiricny J. (1994). Efficient removal of uracil from G.U mispairs by the mismatch-specific thymine DNA glycosylase from HeLa cells.. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91: 1642 — 1646. PubMed DOI:10.1073/pnas.91.5.1642
Hardeland U., Steinacher R., Jiricny J., Schaer P. (2002). Modification of the human thymine-DNA glycosylase by ubiquitin-like proteins facilitates enzymatic turnover.. EMBO J. 21: 1456 — 1464. PubMed DOI:10.1093/emboj/21.6.1456
Maiti A., Drohat A.C. (2011). Thymine DNA glycosylase can rapidly excise 5-formylcytosine and 5-carboxylcytosine: potential implications for active demethylation of CpG sites.. J. Biol. Chem. 286: 35334 — 35338. PubMed DOI:10.1074/jbc.C111.284620
Hendriks I.A., Treffers L.W., Verlaan-de Vries M., Olsen J.V., Vertegaal A.C. (2015). SUMO-2 orchestrates chromatin modifiers in response to DNA damage.. Cell Rep. 10: 1778 — 1791. PubMed DOI:10.1016/j.celrep.2015.02.033
Maiti A., Morgan M.T., Pozharski E., Drohat A.C. (2008). Crystal structure of human thymine DNA glycosylase bound to DNA elucidates sequence-specific mismatch recognition.. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105: 8890 — 8895. PubMed DOI:10.1073/pnas.0711061105

Примітки

Human PubMed Reference:.
Mouse PubMed Reference:.
HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11700 (англ.). Процитовано 11 вересня 2017.
UniProt, Q13569 (англ.). Процитовано 11 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 12

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] Human PubMed Reference:.

[2] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-3] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11700 (англ.). Процитовано 11 вересня 2017.

[UniProt-4] UniProt, Q13569 (англ.). Процитовано 11 вересня 2017.