HDAC8

HDAC8
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	1T64, 1T67, 1T69, 1VKG, 1W22, 2V5W, 2V5X, 3EW8, 3EWF, 3EZP, 3EZT, 3F06, 3F07, 3F0R, 3MZ3, 3MZ4, 3MZ6, 3MZ7, 3RQD, 3SFF, 3SFH, 4QA0, 4QA1, 4QA2, 4QA3, 4QA4, 4QA5, 4QA6, 4QA7, 4RN0, 4RN1, 4RN2, 5DC7, 5D1D, 5D1C, 5DC8, 5D1B, 5DC5, 5DC6, 5BWZ
Ідентифікатори
Символи	HDAC8, CDLS5, HD8, HDACL1, MRXS6, RPD3, WTS, CDA07, histone deacetylase 8, KDAC8
Зовнішні ІД	OMIM: 300269 MGI: 1917565 HomoloGene: 41274 GeneCards: HDAC8
Пов'язані генетичні захворювання
	Cornelia de Lange syndrome[1]
Реагує на сполуку
	apicidin, Belinostat, Масляна кислота, givinostat, panobinostat, quisinostat, resminostat, romidepsin, trichostatin A, Золінза[2]
Онтологія гена
Молекулярна функція	• Hsp90 protein binding; • NAD-dependent histone deacetylase activity (H3-K14 specific); • histone deacetylase activity; • зв'язування з іоном металу; • Hsp70 protein binding; • GO:0001948 protein binding; • hydrolase activity; • chromatin binding; • transcription factor binding; • deacetylase activity;
Клітинна компонента	• цитоплазма; • histone deacetylase complex; • гіалоплазма; • клітинна мембрана; • Нуклеоплазма; • nuclear chromosome; • клітинне ядро;
Біологічний процес	• histone H3 deacetylation; • regulation of transcription, DNA-templated; • regulation of protein stability; • regulation of telomere maintenance; • negative regulation of transcription by RNA polymerase II; • chromatin assembly or disassembly; • transcription, DNA-templated; • sister chromatid cohesion; • regulation of cohesin loading; • negative regulation of protein ubiquitination; • histone deacetylation; • negative regulation of gene expression; • cellular response to trichostatin A; • negative regulation of osteoblast differentiation; • cellular response to forskolin; • negative regulation of histone H3-K9 acetylation; • chromatin organization; • positive regulation of transcription by RNA polymerase II; • histone H4 deacetylation;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
	55869
	70315
	ENSG00000147099
	ENSMUSG00000067567
	Q9BY41
	Q8VH37
NM_001166418; NM_001166419; NM_001166420; NM_001166422; NM_001166448;
	NM_018486
	NM_027382; NM_001313742
NP_001159890; NP_001159891; NP_001159892; NP_001159894; NP_001159920;
	NP_060956
	NP_001300671; NP_081658
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

HDAC8 (англ. Histone deacetylase 8) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на X-хромосомі.[5] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 377 амінокислот, а молекулярна маса — 41 758[6].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MEEPEEPADS	GQSLVPVYIY	SPEYVSMCDS	LAKIPKRASM	VHSLIEAYAL
HKQMRIVKPK	VASMEEMATF	HTDAYLQHLQ	KVSQEGDDDH	PDSIEYGLGY
DCPATEGIFD	YAAAIGGATI	TAAQCLIDGM	CKVAINWSGG	WHHAKKDEAS
GFCYLNDAVL	GILRLRRKFE	RILYVDLDLH	HGDGVEDAFS	FTSKVMTVSL
HKFSPGFFPG	TGDVSDVGLG	KGRYYSVNVP	IQDGIQDEKY	YQICESVLKE
VYQAFNPKAV	VLQLGADTIA	GDPMCSFNMT	PVGIGKCLKY	ILQWQLATLI
LGGGGYNLAN	TARCWTYLTG	VILGKTLSSE	IPDHEFFTAY	GPDYVLEITP
SCRPDRNEPH	RIQQILNYIK	GNLKHVV

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, гідролаз, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

Bonaldo M.F., Lennon G., Soares M.B. (1996). Normalization and subtraction: two approaches to facilitate gene discovery.. Genome Res. 6: 791 — 806. PubMed DOI:10.1101/gr.6.9.791
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).. Genome Res. 14: 2121 — 2127. 2004. PubMed DOI:10.1101/gr.2596504
Durst K.L., Lutterbach B., Kummalue T., Friedman A.D., Hiebert S.W. (2003). The inv(16) fusion protein associates with corepressors via a smooth muscle myosin heavy-chain domain.. Mol. Cell. Biol. 23: 607 — 619. PubMed DOI:10.1128/MCB.23.2.607-619.2003
Lee H., Rezai-Zadeh N., Seto E. (2004). Negative regulation of histone deacetylase 8 activity by cyclic AMP-dependent protein kinase A.. Mol. Cell. Biol. 24: 765 — 773. PubMed DOI:10.1128/MCB.24.2.765-773.2004
Lee H., Sengupta N., Villagra A., Rezai-Zadeh N., Seto E. (2006). Histone deacetylase 8 safeguards the human ever-shorter telomeres 1B (hEST1B) protein from ubiquitin-mediated degradation.. Mol. Cell. Biol. 26: 5259 — 5269. PubMed DOI:10.1128/MCB.01971-05
Dowling D.P., Gantt S.L., Gattis S.G., Fierke C.A., Christianson D.W. (2008). Structural studies of human histone deacetylase 8 and its site-specific variants complexed with substrate and inhibitors.. Biochemistry 47: 13554 — 13563. PubMed DOI:10.1021/bi801610c

Примітки

Захворювання, генетично пов'язані з HDAC8 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
Сполуки, які фізично взаємодіють з Histone deacetylase 8 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
Human PubMed Reference:.
Mouse PubMed Reference:.
HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:13315 (англ.). Процитовано 13 вересня 2017.
UniProt, Q9BY41 (англ.). Процитовано 13 вересня 2017.

Див. також

Хромосома X

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] Захворювання, генетично пов'язані з HDAC8 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[2] Сполуки, які фізично взаємодіють з Histone deacetylase 8 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[3] Human PubMed Reference:.

[4] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-5] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:13315 (англ.). Процитовано 13 вересня 2017.

[UniProt-6] UniProt, Q9BY41 (англ.). Процитовано 13 вересня 2017.