PDGFRB

PDGFRB
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	1GQ5, 1H9O, 1SHA, 2L6W, 2PLD, 2PLE, 3MJG
Ідентифікатори
Символи	PDGFRB, CD140B, IBGC4, IMF1, JTK12, PDGFR, PDGFR-1, PDGFR1, KOGS, PENTT, platelet derived growth factor receptor beta
Зовнішні ІД	OMIM: 173410 MGI: 97531 HomoloGene: 1960 GeneCards: PDGFRB
Пов'язані генетичні захворювання
	гострий мієлоїдний лейкоз, juvenile myelomonocytic leukemia, infantile myofibromatosis, Kosaki overgrowth syndrome, acroosteolysis-keloid-like lesions-premature aging syndrome[1]
Реагує на сполуку
	cediranib, crenolanib, linifanib, Масітиніб, Нінтеданіб, Пазопаніб, semaxanib, сунітиніб, vatalanib[2]
Онтологія гена
Молекулярна функція	• vascular endothelial growth factor binding; • kinase activity; • platelet-derived growth factor-activated receptor activity; • transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity; • signaling receptor binding; • ATP binding; • protein kinase activity; • platelet-derived growth factor binding; • platelet activating factor receptor activity; • transferase activity; • platelet-derived growth factor receptor binding; • GO:0001948 protein binding; • protein tyrosine kinase activity; • protein kinase binding; • platelet-derived growth factor beta-receptor activity; • nucleotide binding; • phosphatidylinositol 3-kinase binding; • phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity; • enzyme binding;
Клітинна компонента	• цитоплазма; • мембрана; • focal adhesion; • клітинне ядро; • apical plasma membrane; • Лізосома; • Екзосома; • integral component of membrane; • клітинна мембрана; • lysosomal lumen; • intrinsic component of plasma membrane; • GO:0016023 cytoplasmic vesicle; • cell surface; • комплекс Ґольджі; • integral component of plasma membrane; • внутрішньоклітинна мембранна органела; • receptor complex;
Біологічний процес	• positive regulation of MAP kinase activity; • positive regulation of phospholipase C activity; • cell migration involved in vasculogenesis; • cardiac myofibril assembly; • positive regulation of smooth muscle cell migration; • protein phosphorylation; • response to lipid; • positive regulation of phosphoprotein phosphatase activity; • positive regulation of reactive oxygen species metabolic process; • metanephric glomerular mesangial cell proliferation involved in metanephros development; • positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade; • cell chemotaxis; • inner ear development; • metanephric S-shaped body morphogenesis; • positive regulation of mitotic nuclear division; • platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway; • positive regulation of collagen biosynthetic process; • phosphatidylinositol metabolic process; • transmembrane receptor protein tyrosine kinase signaling pathway; • cell migration involved in coronary angiogenesis; • metanephric comma-shaped body morphogenesis; • positive regulation of chemotaxis; • positive regulation of DNA biosynthetic process; • protein autophosphorylation; • platelet-derived growth factor receptor signaling pathway; • response to toxic substance; • positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration by platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway; • regulation of actin cytoskeleton organization; • response to retinoic acid; • фосфорилювання; • response to hyperoxia; • retina vasculature development in camera-type eye; • metanephric glomerulus morphogenesis; • metanephric mesenchymal cell migration; • Загоєння ран; • cellular response to platelet-derived growth factor stimulus; • negative regulation of apoptotic process; • response to fluid shear stress; • response to estrogen; • хемотаксис; • metanephric mesenchyme development; • response to hydrogen peroxide; • positive regulation of smooth muscle cell proliferation; • response to estradiol; • GO:0007243 intracellular signal transduction; • response to organic cyclic compound; • smooth muscle cell chemotaxis; • positive regulation of cell migration; • aorta morphogenesis; • MAPK cascade; • positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase activity; • metanephric glomerular capillary formation; • multicellular organism development; • positive regulation of calcium ion import; • glycosaminoglycan biosynthetic process; • positive regulation of cell population proliferation; • positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway; • positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase signaling; • peptidyl-tyrosine phosphorylation; • cell migration; • Сигнальна трансдукція; • positive regulation of Rho protein signal transduction; • G protein-coupled receptor signaling pathway; • phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process; • positive regulation of hepatic stellate cell activation; • positive regulation of fibroblast proliferation; • positive regulation of apoptotic process; • старіння людини; • male gonad development; • lung growth; • negative regulation of platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway; • phosphatidylinositol-mediated signaling; • positive regulation of protein kinase B signaling; • hematopoietic progenitor cell differentiation; • positive regulation of MAPK cascade;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	5159
	18596
	ENSG00000113721
	ENSMUSG00000024620
	P09619
	P05622
	NM_002609; NM_001355016; NM_001355017
	NM_001146268; NM_008809
	NP_002600; NP_001341945; NP_001341946
	NP_001139740; NP_032835
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

PDGFRB (англ. Platelet derived growth factor receptor beta) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 5-ї хромосоми.[5] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 106 амінокислот, а молекулярна маса — 123 968[6].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MRLPGAMPAL	ALKGELLLLS	LLLLLEPQIS	QGLVVTPPGP	ELVLNVSSTF
VLTCSGSAPV	VWERMSQEPP	QEMAKAQDGT	FSSVLTLTNL	TGLDTGEYFC
THNDSRGLET	DERKRLYIFV	PDPTVGFLPN	DAEELFIFLT	EITEITIPCR
VTDPQLVVTL	HEKKGDVALP	VPYDHQRGFS	GIFEDRSYIC	KTTIGDREVD
SDAYYVYRLQ	VSSINVSVNA	VQTVVRQGEN	ITLMCIVIGN	EVVNFEWTYP
RKESGRLVEP	VTDFLLDMPY	HIRSILHIPS	AELEDSGTYT	CNVTESVNDH
QDEKAINITV	VESGYVRLLG	EVGTLQFAEL	HRSRTLQVVF	EAYPPPTVLW
FKDNRTLGDS	SAGEIALSTR	NVSETRYVSE	LTLVRVKVAE	AGHYTMRAFH
EDAEVQLSFQ	LQINVPVRVL	ELSESHPDSG	EQTVRCRGRG	MPQPNIIWSA
CRDLKRCPRE	LPPTLLGNSS	EEESQLETNV	TYWEEEQEFE	VVSTLRLQHV
DRPLSVRCTL	RNAVGQDTQE	VIVVPHSLPF	KVVVISAILA	LVVLTIISLI
ILIMLWQKKP	RYEIRWKVIE	SVSSDGHEYI	YVDPMQLPYD	STWELPRDQL
VLGRTLGSGA	FGQVVEATAH	GLSHSQATMK	VAVKMLKSTA	RSSEKQALMS
ELKIMSHLGP	HLNVVNLLGA	CTKGGPIYII	TEYCRYGDLV	DYLHRNKHTF
LQHHSDKRRP	PSAELYSNAL	PVGLPLPSHV	SLTGESDGGY	MDMSKDESVD
YVPMLDMKGD	VKYADIESSN	YMAPYDNYVP	SAPERTCRAT	LINESPVLSY
MDLVGFSYQV	ANGMEFLASK	NCVHRDLAAR	NVLICEGKLV	KICDFGLARD
IMRDSNYISK	GSTFLPLKWM	APESIFNSLY	TTLSDVWSFG	ILLWEIFTLG
GTPYPELPMN	EQFYNAIKRG	YRMAQPAHAS	DEIYEIMQKC	WEEKFEIRPP
FSQLVLLLER	LLGEGYKKKY	QQVDEEFLRS	DHPAILRSQA	RLPGFHGLRS
PLDTSSVLYT	AVQPNEGDND	YIIPLPDPKP	EVADEGPLEG	SPSLASSTLN
EVNTSSTISC	DSPLEPQDEP	EPEPQLELQV	EPEPELEQLP	DSGCPAPRAE
AEDSFL

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до трансфераз, кіназ, рецепторів, білків розвитку, тирозинових протеїнкіназ, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як хемотаксис, альтернативний сплайсинг, поліморфізм. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами. Локалізований у клітинній мембрані, мембрані, цитоплазматичних везикулах, лізосомі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).. Genome Res. 14: 2121 — 2127. 2004. PubMed DOI:10.1101/gr.2596504
Roberts W.M., Look A.T., Roussel M.F., Sherr C.J. (1988). Tandem linkage of human CSF-1 receptor (c-fms) and PDGF receptor genes.. Cell 55: 655 — 661. PubMed DOI:10.1016/0092-8674(88)90224-3
Zhang Z., Henzel W.J. (2004). Signal peptide prediction based on analysis of experimentally verified cleavage sites.. Protein Sci. 13: 2819 — 2824. PubMed DOI:10.1110/ps.04682504
Kazlauskas A., Cooper J.A. (1989). Autophosphorylation of the PDGF receptor in the kinase insert region regulates interactions with cell proteins.. Cell 58: 1121 — 1133. PubMed DOI:10.1016/0092-8674(89)90510-2
Sorkin A., Westermark B., Heldin C.H., Claesson-Welsh L. (1991). Effect of receptor kinase inactivation on the rate of internalization and degradation of PDGF and the PDGF beta-receptor.. J. Cell Biol. 112: 469 — 478. PubMed DOI:10.1083/jcb.112.3.469
Kazlauskas A., Kashishian A., Cooper J.A., Valius M. (1992). GTPase-activating protein and phosphatidylinositol 3-kinase bind to distinct regions of the platelet-derived growth factor receptor beta subunit.. Mol. Cell. Biol. 12: 2534 — 2544. PubMed DOI:10.1128/MCB.12.6.2534

Примітки

Захворювання, генетично пов'язані з PDGFRB переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
Сполуки, які фізично взаємодіють з Platelet derived growth factor receptor beta переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
Human PubMed Reference:.
Mouse PubMed Reference:.
HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:8804 (англ.). Процитовано 5 вересня 2017.
UniProt, P09619 (англ.). Процитовано 5 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 5

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] Захворювання, генетично пов'язані з PDGFRB переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[2] Сполуки, які фізично взаємодіють з Platelet derived growth factor receptor beta переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[3] Human PubMed Reference:.

[4] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-5] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:8804 (англ.). Процитовано 5 вересня 2017.

[UniProt-6] UniProt, P09619 (англ.). Процитовано 5 вересня 2017.