Варіант, який викликає занепокоєння

Термін «варіант, який викликає занепокоєння» (англ. Variant of concern; VOC) для SARS-CoV-2, який викликає COVID-19 – це категорія, яка використовується для варіантів вірусу, де присутня мутації в їхньому домені, що зв’язує рецептор білка (RBD), суттєво підвищення спорідненості зв’язування (наприклад, N501Y) у комплексі RBD-hACE2 (генетичні дані), а також пов’язане зі швидким поширенням у популяціях людей (епідеміологічні дані) та високою смертністю.[1]

SARS-CoV-2, вірус, що викликає COVID-19

До цього новий варіант міг бути позначений як "цікавий варіант".[2] Під час або після більш повної оцінки як «варіант, що викликає занепокоєння», варіант зазвичай приписують лінії в системі номенклатури PANGOLIN[3] і кладам у системах Nextstrain[4] і GISAID.[5]

Під час пандемії COVID-19 було помічено, що вірус SARS-CoV-2 мутував, причому певні комбінації конкретних точкових мутацій виявилися більш тривожними, ніж інші.[6] Це було в основному з причин передачі та вірулентності, а також щодо можливої появи мутацій escape.

Критерії

Кілька національних та міжнародних організацій охорони здоров’я (напр Центри контролю та профілактики захворювань (CDC) (США), громадського здоров’я Англії (PHE) і консорціум COVID-19 Genomics UK для Великобританії, а також Канадська мережа геноміки COVID (CanCOGeN) використовують деякі або всі наведені нижче критерії для оцінити варіанти:[7][8]

  • Підвищена передача
  • Підвищена захворюваність
  • Підвищена смертність
  • Підвищений ризик «довгого COVID»
  • Можливість ухилятися від виявлення за допомогою діагностичних тестів
  • Знижена чутливість до противірусних препаратів (якщо і коли такі препарати доступні)
  • Знижена сприйнятливість до нейтралізуючих антитіл, як терапевтичних (наприклад, реконвалесцентна плазма або моноклональні антитіла), так і в лабораторних експериментах
  • Здатність уникати природного імунітету (наприклад, викликати повторні інфекції)
  • Здатність заражати вакцинованих осіб
  • Підвищений ризик певних станів, таких як мультисистемний запальний синдром або довготривала COVID-19.
  • Підвищена спорідненість з певними демографічними або клінічними групами, такими як діти або люди з ослабленим імунітетом .

Варіанти, які відповідають одному або кільком із цих критеріїв, можуть бути позначені як "варіанти, що цікавлять" або "варіанти, що розслідуються" ("VUI") до перевірки та підтвердження цих властивостей. Після підтвердження варіанти, що представляють інтерес /VUI, можуть бути перейменовані в «варіанти, що викликають занепокоєння» моніторинговими організаціями, такими як CDC.[2][6][9] Пов’язаною категорією є «варіант із високим рівнем наслідків», який використовується CDC, якщо є чіткі докази того, що ефективність заходів профілактики або втручання для конкретного варіанта істотно знижена.[10]

Класифікації за країнами

Всесвітня організація охорони здоров'я

ВООЗ веде список варіантів, що викликають глобальне занепокоєння.[11] 26 листопада 2021 року ВООЗ додала п’ятий варіант, що викликає занепокоєння, омікрон-варіант, раніше відомий як B.1.1.529.[12] Омікрон-варіант приєднується до варіантів альфа, бета, гамма та дельта.

Африка

NICD у Південній Африці підтримує список варіантів та засобів для тестування на місцевому рівні у співпраці з KRISP.[13][14]

Європа

Станом на кінець листопада 2021 року Європейський центр профілактики та контролю захворювань оголосив чотири варіанти «варіантами, що викликають занепокоєння»: бета, гамма, дельта та B.1.1.529 (названий «омікрон» після оновлення посилання); мю, лямбда і AY.4.2 були названі варіантами, що представляють інтерес (VOI), тоді як було 9 "Варіантів, що контролюються". 25 варіантів були описані як «деескалаційні».[15]

Сполучене Королівство

Станом на кінець листопада 2021 року Сполучене Королівство має п’ятнадцять варіантів у своєму «списку спостереження», 4 зі статусом «VOC» і 11 з рейтингом «VUI». Позначені «VOC» були альфа, бета, гамма та дельта. На початку грудня 2021 року омікрон було додано до «VOC». Серед досліджуваних варіантів — «VUI-21OCT-01/ AY 4.2».[16]

Північна Америка

Канада (через 'health-infobase.canada.ca')[17] та Сполучені Штати (через CDC)[18] також ведуть списки варіантів, що викликають занепокоєння. Станом на початок грудня Канада відстежувала п’ять варіантів занепокоєння: Альфа, Бета, Гама, Дельта та Омікрон, а США — два: Дельта та Омікрон.[19]

Див. також

Примітки
  1. Shahhosseini, Nariman; Babuadze, George (Giorgi); Wong, Gary; Kobinger, Gary P. (May 2021). Mutation Signatures and In Silico Docking of Novel SARS-CoV-2 Variants of Concern. Microorganisms (англ.) 9 (5): 926. PMC 8146828. PMID 33925854. doi:10.3390/microorganisms9050926. Проігноровано невідомий параметр |doi-access= (довідка)
  2. Variants: distribution of cases data. GOV.UK. 28 січня 2021. At "Differences between a Variant of Concern and Variant Under Investigation". Процитовано 19 лютого 2021. «SARS-CoV-2 variants, if considered to have concerning epidemiological, immunological, or pathogenic properties, are raised for formal investigation. At this point they are designated Variant Under Investigation (VUI) with a year, month, and number. Following a risk assessment with the relevant expert committee, they may be designated Variant of Concern (VOC)»
  3. Rambaut, A.; Holmes, E.C.; O’Toole, Á. (2020). A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology. Nature Microbiology 5 (11): 1403–1407. PMC 7610519. PMID 32669681. doi:10.1038/s41564-020-0770-5. Проігноровано невідомий параметр |doi-access= (довідка)
  4. Bedford, Trevor; Hodcroft, Emma B; Neher, Richard A (6 січня 2021). Updated Nextstrain SARS-CoV-2 clade naming strategy. nextstrain.org/blog. Процитовано 19 січня 2021.
  5. clade tree (from 'Clade and lineage nomenclature'). www.gisaid.org. 4 липня 2020. Процитовано 7 січня 2021.
  6. Griffiths, Emma; Tanner, Jennifer; Knox, Natalie; Hsiao, Will; Van Domselaar, Gary (15 січня 2021). CanCOGeN Interim Recommendations for Naming, Identifying, and Reporting SARS-CoV-2 Variants of Concern. CanCOGeN (nccid.ca). Процитовано 25 лютого 2021.
  7. Contributor, IDSA (2 лютого 2021). COVID "Mega-variant" and eight criteria for a template to assess all variants. Science Speaks: Global ID News (амер.). Процитовано 20 лютого 2021.
  8. CDC. Emerging SARS-CoV-2 Variants (en-us). Centers for Disease Control and Prevention. Процитовано 4 січня 2021. Ця стаття містить текст з публікації, що зараз в суспільному надбанні:
  9. Investigation of SARS-CoV-2 variants of concern in EnglandTechnical briefing 6 13 February 2021 (See section: Nomenclature of variants in the UK, P.3) assets.publishing.service.gov.uk, accessed 27 February 2021
  10. CDC (11 лютого 2020). Cases, Data, and Surveillance. Centers for Disease Control and Prevention (en-us). Процитовано 16 березня 2021.
  11. Tracking SARS-CoV-2 variants. www.who.int (англ.). Процитовано 28 листопада 2021.
  12. Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern. World Health Organization. Процитовано 28 листопада 2021.
  13. New COVID-19 variant detected in South Africa. NICD (амер.). 25 листопада 2021. Процитовано 29 листопада 2021.
  14. Kwazulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform. www.krisp.org.za. Процитовано 29 листопада 2021.
  15. SARS-CoV-2 variants of concern 26 November 2021 www.ecdc.europa.eu accessed 27 November 2021
  16. Variants of concern or under investigation: data up to 24 November 2021 Updated 26 November 2021, www.gov.uk, accessed 27 November 2021
  17. COVID-19 daily epidemiology update 12 May 2021 health-infobase.canada.ca accessed 13 May 2021
  18. SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions. Centers for Disease Control and Prevention (en-us). 11 лютого 2020. Процитовано 30 квітня 2021.
  19. SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions Dec. 1, 2021 www.cdc.gov, accessed December 7, 2021
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.