LIG4

LIG4
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	1IK9, 2E2W, 3II6, 3VNN, 3W1B, 3W1G, 3W5O, 4HTO, 4HTP
Ідентифікатори
Символи	LIG4, LIG4S, DNA ligase 4
Зовнішні ІД	OMIM: 601837 MGI: 1335098 HomoloGene: 1736 GeneCards: LIG4
Пов'язані генетичні захворювання
	DNA ligase IV deficiency[1]
Онтологія гена
Молекулярна функція	• nucleotide binding; • зв'язування з іоном металу; • protein C-terminus binding; • GO:0001948 protein binding; • ATP binding; • DNA ligase (ATP) activity; • ligase activity; • DNA binding; • DNA ligase activity;
Клітинна компонента	• Нуклеоплазма; • DNA ligase IV complex; • nonhomologous end joining complex; • condensed chromosome; • клітинне ядро; • DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex; • цитоплазма; • cytoplasmic ribonucleoprotein granule;
Біологічний процес	• nucleotide-excision repair, DNA gap filling; • double-strand break repair via classical nonhomologous end joining; • response to ionizing radiation; • DNA recombination; • lagging strand elongation; • DNA biosynthetic process; • cellular response to lithium ion; • single strand break repair; • cellular response to DNA damage stimulus; • поділ клітини; • Реплікація ДНК; • GO:1903310 positive regulation of chromosome organization; • establishment of integrated proviral latency; • Клітинний цикл; • response to X-ray; • positive regulation of neurogenesis; • DNA ligation involved in DNA recombination; • DNA ligation; • DNA ligation involved in DNA repair; • somatic stem cell population maintenance; • chromosome organization; • T cell receptor V(D)J recombination; • neuron apoptotic process; • Перемикання класу імуноглобулінів; • T cell differentiation in thymus; • central nervous system development; • immunoglobulin V(D)J recombination; • double-strand break repair via nonhomologous end joining; • positive regulation of fibroblast proliferation; • in utero embryonic development; • проліферація; • V(D)J-рекомбінація; • pro-B cell differentiation; • Репарація ДНК; • response to gamma radiation; • double-strand break repair; • negative regulation of neuron apoptotic process; • cellular response to ionizing radiation;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	3981
	319583
	ENSG00000174405
	ENSMUSG00000049717
	P49917
	Q8BTF7
NM_001098268; NM_002312; NM_206937; NM_001330595; NM_001352598;
	NM_001352599; NM_001352600; NM_001352601; NM_001352602; NM_001352603; NM_001352604; NM_001379095
	NM_176953; NM_001377042
NP_001091738; NP_001317524; NP_002303; NP_996820; NP_001339527;
	NP_001339528; NP_001339529; NP_001339530; NP_001339531; NP_001339532; NP_001339533; NP_001366024
	NP_795927; NP_001363971
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

LIG4 (англ. DNA ligase 4) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 13-ї хромосоми.[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 911 амінокислот, а молекулярна маса — 103 971[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MAASQTSQTV	ASHVPFADLC	STLERIQKSK	GRAEKIRHFR	EFLDSWRKFH
DALHKNHKDV	TDSFYPAMRL	ILPQLERERM	AYGIKETMLA	KLYIELLNLP
RDGKDALKLL	NYRTPTGTHG	DAGDFAMIAY	FVLKPRCLQK	GSLTIQQVND
LLDSIASNNS	AKRKDLIKKS	LLQLITQSSA	LEQKWLIRMI	IKDLKLGVSQ
QTIFSVFHND	AAELHNVTTD	LEKVCRQLHD	PSVGLSDISI	TLFSAFKPML
AAIADIEHIE	KDMKHQSFYI	ETKLDGERMQ	MHKDGDVYKY	FSRNGYNYTD
QFGASPTEGS	LTPFIHNAFK	ADIQICILDG	EMMAYNPNTQ	TFMQKGTKFD
IKRMVEDSDL	QTCYCVFDVL	MVNNKKLGHE	TLRKRYEILS	SIFTPIPGRI
EIVQKTQAHT	KNEVIDALNE	AIDKREEGIM	VKQPLSIYKP	DKRGEGWLKI
KPEYVSGLMD	ELDILIVGGY	WGKGSRGGMM	SHFLCAVAEK	PPPGEKPSVF
HTLSRVGSGC	TMKELYDLGL	KLAKYWKPFH	RKAPPSSILC	GTEKPEVYIE
PCNSVIVQIK	AAEIVPSDMY	KTGCTLRFPR	IEKIRDDKEW	HECMTLDDLE
QLRGKASGKL	ASKHLYIGGD	DEPQEKKRKA	APKMKKVIGI	IEHLKAPNLT
NVNKISNIFE	DVEFCVMSGT	DSQPKPDLEN	RIAEFGGYIV	QNPGPDTYCV
IAGSENIRVK	NIILSNKHDV	VKPAWLLECF	KTKSFVPWQP	RFMIHMCPST
KEHFAREYDC	YGDSYFIDTD	LNQLKEVFSG	IKNSNEQTPE	EMASLIADLE
YRYSWDCSPL	SMFRRHTVYL	DSYAVINDLS	TKNEGTRLAI	KALELRFHGA
KVVSCLAEGV	SHVIIGEDHS	RVADFKAFRR	TFKRKFKILK	ESWVTDSIDK
CELQEENQYL	I

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до лігаз. Задіяний у таких біологічних процесах, як клітинний цикл, поділ клітини, пошкодження ДНК, репарація ДНК, рекомбінація ДНК, реплікація ДНК. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, іонами металів, іоном магнію. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).. Genome Res. 14: 2121 — 2127. 2004. PubMed DOI:10.1101/gr.2596504
Robins P., Lindahl T. (1996). DNA ligase IV from HeLa cell nuclei.. J. Biol. Chem. 271: 24257 — 24261. PubMed DOI:10.1074/jbc.271.39.24257
Grawunder U., Zimmer D., Fugmann S., Schwarz K., Lieber M.R. (1998). DNA ligase IV is essential for V(D)J recombination and DNA double-strand break repair in human precursor lymphocytes.. Mol. Cell 2: 477 — 484. PubMed DOI:10.1016/S1097-2765(00)80147-1
Critchlow S.E., Bowater R.P., Jackson S.P. (1997). Mammalian DNA double-strand break repair protein XRCC4 interacts with DNA ligase IV.. Curr. Biol. 7: 588 — 598. PubMed DOI:10.1016/S0960-9822(06)00258-2
Chen L., Trujillo K., Sung P., Tomkinson A.E. (2000). Interactions of the DNA ligase IV-XRCC4 complex with DNA ends and the DNA-dependent protein kinase.. J. Biol. Chem. 275: 26196 — 26205. PubMed DOI:10.1074/jbc.M000491200
Calsou P., Delteil C., Frit P., Drouet J., Salles B. (2003). Coordinated assembly of Ku and p460 subunits of the DNA-dependent protein kinase on DNA ends is necessary for XRCC4-ligase IV recruitment.. J. Mol. Biol. 326: 93 — 103. PubMed DOI:10.1016/S0022-2836(02)01328-1

Примітки

Захворювання, генетично пов'язані з LIG4 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
Human PubMed Reference:.
Mouse PubMed Reference:.
HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:6601 (англ.). Процитовано 11 вересня 2017.
UniProt, P49917 (англ.). Процитовано 11 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 13

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] Захворювання, генетично пов'язані з LIG4 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[2] Human PubMed Reference:.

[3] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-4] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:6601 (англ.). Процитовано 11 вересня 2017.

[UniProt-5] UniProt, P49917 (англ.). Процитовано 11 вересня 2017.