VDR

VDR
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	1DB1, 1IE8, 1IE9, 1KB2, 1KB4, 1KB6, 1S0Z, 1S19, 1TXI, 1YNW, 2HAM, 2HAR, 2HAS, 2HB7, 2HB8, 3A2I, 3A2J, 3A3Z, 3A40, 3A78, 3AUQ, 3AUR, 3AX8, 3AZ1, 3AZ2, 3AZ3, 3B0T, 3CS4, 3CS6, 3KPZ, 3M7R, 3OGT, 3P8X, 3TKC, 3VHW, 4G2I, 3W0A, 3W0C, 3W0Y, 3WGP, 3WWR, 4ITE, 4ITF, 4PA2, 3X31, 3X36
Ідентифікатори
Символи	VDR, NR1I1, PPP1R163, vitamin D (1,25- dihydroxyvitamin D3) receptor, vitamin D receptor
Зовнішні ІД	OMIM: 601769 MGI: 103076 HomoloGene: 37297 GeneCards: VDR
Реагує на сполуку
	Кальцитріол, calcipotriene, doxercalciferol, lithocholic acid, paricalcitol, tacalcitol[1]
Онтологія гена
Молекулярна функція	• lithocholic acid binding; • sequence-specific DNA binding; • DNA binding; • lithocholic acid receptor activity; • GO:0038050, GO:0004886, GO:0038051 nuclear receptor activity; • steroid hormone receptor activity; • GO:0001948 protein binding; • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity; • zinc ion binding; • зв'язування з іоном металу; • vitamin D response element binding; • retinoid X receptor binding; • calcitriol binding; • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific; • GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding; • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding; • vitamin D binding; • transcription factor binding; • nuclear receptor coactivator activity; • signaling receptor activity;
Клітинна компонента	• клітинне ядро; • Нуклеоплазма; • receptor complex; • RNA polymerase II transcription regulator complex; • цитоплазма;
Біологічний процес	• negative regulation of cell population proliferation; • positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution; • positive regulation of keratinocyte differentiation; • regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity; • intestinal absorption; • calcium ion transport; • steroid hormone mediated signaling pathway; • regulation of transcription, DNA-templated; • Лактація; • bile acid signaling pathway; • animal organ morphogenesis; • cell morphogenesis; • skeletal system development; • positive regulation of gene expression; • positive regulation of transcription by RNA polymerase II; • multicellular organism development; • negative regulation of keratinocyte proliferation; • decidualization; • negative regulation of transcription by RNA polymerase II; • negative regulation of transcription, DNA-templated; • transcription initiation from RNA polymerase II promoter; • positive regulation of vitamin D 24-hydroxylase activity; • mammary gland branching involved in pregnancy; • Сигнальна трансдукція; • cellular calcium ion homeostasis; • transcription, DNA-templated; • vitamin D receptor signaling pathway; • vitamin D metabolic process; • Диференціація клітин; • intracellular receptor signaling pathway;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	; ; ; ;
	Більше даних
Ортологи
	7421
	22337
	ENSG00000111424
	ENSMUSG00000022479
	P11473
	P48281
NM_000376; NM_001017535; NM_001017536; NM_001364085; NM_001374661;
	NM_001374662
	NM_009504
NP_000367; NP_001017535; NP_001017536; NP_001351014; NP_001361590;
	NP_001361591
	NP_033530
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

VDR (англ. Vitamin D receptor) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми.[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 427 амінокислот, а молекулярна маса — 48 289[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MEAMAASTSL	PDPGDFDRNV	PRICGVCGDR	ATGFHFNAMT	CEGCKGFFRR
SMKRKALFTC	PFNGDCRITK	DNRRHCQACR	LKRCVDIGMM	KEFILTDEEV
QRKREMILKR	KEEEALKDSL	RPKLSEEQQR	IIAILLDAHH	KTYDPTYSDF
CQFRPPVRVN	DGGGSHPSRP	NSRHTPSFSG	DSSSSCSDHC	ITSSDMMDSS
SFSNLDLSEE	DSDDPSVTLE	LSQLSMLPHL	ADLVSYSIQK	VIGFAKMIPG
FRDLTSEDQI	VLLKSSAIEV	IMLRSNESFT	MDDMSWTCGN	QDYKYRVSDV
TKAGHSLELI	EPLIKFQVGL	KKLNLHEEEH	VLLMAICIVS	PDRPGVQDAA
LIEAIQDRLS	NTLQTYIRCR	HPPPGSHLLY	AKMIQKLADL	RSLNEEHSKQ
YRCLSFQPEC	SMKLTPLVLE	VFGNEIS

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до рецепторів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

Goto H., Chen K.S., Prahl J.M., Deluca H.F. (1992). A single receptor identical with that from intestine/T47D cells mediates the action of 1,25-dihydroxyvitamin D-3 in HL-60 cells.. Biochim. Biophys. Acta 1132: 103 — 108. PubMed DOI:10.1016/0167-4781(92)90063-6
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).. Genome Res. 14: 2121 — 2127. 2004. PubMed DOI:10.1101/gr.2596504
Mahajan M.A., Samuels H.H. (2000). A new family of nuclear receptor coregulators that integrates nuclear receptor signaling through CBP.. Mol. Cell. Biol. 20: 5048 — 5063. PubMed DOI:10.1128/MCB.20.14.5048-5063.2000
Rochel N., Wurtz J.-M., Mitschler A., Klaholz B., Moras D. (2000). The crystal structure of the nuclear receptor for vitamin D bound to its natural ligand.. Mol. Cell 5: 173 — 179. PubMed DOI:10.1016/S1097-2765(00)80413-X
Tocchini-Valentini G., Rochel N., Wurtz J.-M., Mitschler A., Moras D. (2001). Crystal structures of the vitamin D receptor complexed to superagonist 20-epi ligands.. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98: 5491 — 5496. PubMed DOI:10.1073/pnas.091018698
Shaffer P.L., Gewirth D.T. (2002). Structural basis of VDR-DNA interactions on direct repeat response elements.. EMBO J. 21: 2242 — 2252. PubMed DOI:10.1093/emboj/21.9.2242

Примітки

Сполуки, які фізично взаємодіють з VDR переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
Human PubMed Reference:.
Mouse PubMed Reference:.
HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:12679 (англ.). Процитовано 11 вересня 2017.
UniProt, P11473 (англ.). Процитовано 11 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 12

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] Сполуки, які фізично взаємодіють з VDR переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[2] Human PubMed Reference:.

[3] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-4] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:12679 (англ.). Процитовано 11 вересня 2017.

[UniProt-5] UniProt, P11473 (англ.). Процитовано 11 вересня 2017.