Аполіпопротеїн B

Аполіпопротеїн B
Ідентифікатори
Символи	APOB, FLDB, LDLCQ4, apoB-100, apoB-48, apolipoprotein B, FCHL2
Зовнішні ІД	OMIM: 107730 MGI: 88052 HomoloGene: 328 GeneCards: APOB
Пов'язані генетичні захворювання
	Метаболічні захворювання, серцево-судинні захворювання, lipid metabolism disorder, familial hypobetalipoproteinemia 1, hypercholesterolemia, autosomal dominant, type b[1]
Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001948 protein binding; • lipid binding; • lipid transporter activity; • GO:0017127 cholesterol transfer activity; • lipase binding; • low-density lipoprotein particle receptor binding; • phospholipid binding; • heparin binding; • signaling receptor binding;
Клітинна компонента	• early endosome; • chylomicron remnant; • vesicle lumen; • Ендоплазматичний ретикулум; • endosome membrane; • mature chylomicron; • endoplasmic reticulum lumen; • vesicle membrane; • endosome lumen; • intermediate-density lipoprotein particle; • clathrin-coated endocytic vesicle membrane; • endoplasmic reticulum membrane; • Екзосома; • endocytic vesicle lumen; • neuronal cell body; • цитоплазма; • chylomicron; • very-low-density lipoprotein particle; • low-density lipoprotein particle; • endoplasmic reticulum exit site; • extracellular space; • smooth endoplasmic reticulum; • гіалоплазма; • клітинна мембрана; • lysosomal lumen; • внутрішньоклітинна мембранна органела; • extracellular region; • high-density lipoprotein particle;
Біологічний процес	• artery morphogenesis; • in utero embryonic development; • запліднення; • Рецептор-опосередкований ендоцитоз; • positive regulation of cholesterol storage; • lipid metabolism; • cholesterol metabolic process; • cholesterol transport; • regulation of cholesterol biosynthetic process; • lipid transport; • нейробіологія розвитку; • leukocyte migration; • response to carbohydrate; • retinoid metabolic process; • steroid metabolic process; • triglyceride mobilization; • lipid catabolic process; • response to lipopolysaccharide; • positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation; • cellular response to prostaglandin stimulus; • response to virus; • positive regulation of lipid storage; • cellular response to tumor necrosis factor; • response to selenium ion; • flagellated sperm motility; • positive regulation of gene expression; • response to organic substance; • cholesterol homeostasis; • Сперматогенез; • triglyceride catabolic process; • cholesterol efflux; • post-embryonic development; • lipoprotein transport; • toll-like receptor signaling pathway; • response to estradiol; • membrane organization; • chylomicron remodeling; • low-density lipoprotein particle remodeling; • chylomicron assembly; • very-low-density lipoprotein particle assembly; • chylomicron remnant clearance; • low-density lipoprotein particle clearance; • very-low-density lipoprotein particle clearance; • lipoprotein metabolic process; • lipoprotein biosynthetic process; • lipoprotein catabolic process; • посттрансляційна модифікація; • cellular protein metabolic process; • транспорт;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	338
	238055
	ENSG00000084674
	ENSMUSG00000020609
	P04114
	E9Q414
	NM_000384
	NM_009693
	NP_000375
	NP_033823
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

Аполіпоротеїн B (англ. Apolipoprotein B) – білок, який кодується геном APOB, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. [4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 4 563 амінокислот, а молекулярна маса — 515 605[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MDPPRPALLA	LLALPALLLL	LLAGARAEEE	MLENVSLVCP	KDATRFKHLR
KYTYNYEAES	SSGVPGTADS	RSATRINCKV	ELEVPQLCSF	ILKTSQCTLK
EVYGFNPEGK	ALLKKTKNSE	EFAAAMSRYE	LKLAIPEGKQ	VFLYPEKDEP
TYILNIKRGI	ISALLVPPET	EEAKQVLFLD	TVYGNCSTHF	TVKTRKGNVA
TEISTERDLG	QCDRFKPIRT	GISPLALIKG	MTRPLSTLIS	SSQSCQYTLD
AKRKHVAEAI	CKEQHLFLPF	SYKNKYGMVA	QVTQTLKLED	TPKINSRFFG
EGTKKMGLAF	ESTKSTSPPK	QAEAVLKTLQ	ELKKLTISEQ	NIQRANLFNK
LVTELRGLSD	EAVTSLLPQL	IEVSSPITLQ	ALVQCGQPQC	STHILQWLKR
VHANPLLIDV	VTYLVALIPE	PSAQQLREIF	NMARDQRSRA	TLYALSHAVN
NYHKTNPTGT	QELLDIANYL	MEQIQDDCTG	DEDYTYLILR	VIGNMGQTME
QLTPELKSSI	LKCVQSTKPS	LMIQKAAIQA	LRKMEPKDKD	QEVLLQTFLD
DASPGDKRLA	AYLMLMRSPS	QADINKIVQI	LPWEQNEQVK	NFVASHIANI
LNSEELDIQD	LKKLVKEALK	ESQLPTVMDF	RKFSRNYQLY	KSVSLPSLDP
ASAKIEGNLI	FDPNNYLPKE	SMLKTTLTAF	GFASADLIEI	GLEGKGFEPT
LEALFGKQGF	FPDSVNKALY	WVNGQVPDGV	SKVLVDHFGY	TKDDKHEQDM
VNGIMLSVEK	LIKDLKSKEV	PEARAYLRIL	GEELGFASLH	DLQLLGKLLL
MGARTLQGIP	QMIGEVIRKG	SKNDFFLHYI	FMENAFELPT	GAGLQLQISS
SGVIAPGAKA	GVKLEVANMQ	AELVAKPSVS	VEFVTNMGII	IPDFARSGVQ
MNTNFFHESG	LEAHVALKAG	KLKFIIPSPK	RPVKLLSGGN	TLHLVSTTKT
EVIPPLIENR	QSWSVCKQVF	PGLNYCTSGA	YSNASSTDSA	SYYPLTGDTR
LELELRPTGE	IEQYSVSATY	ELQREDRALV	DTLKFVTQAE	GAKQTEATMT
FKYNRQSMTL	SSEVQIPDFD	VDLGTILRVN	DESTEGKTSY	RLTLDIQNKK
ITEVALMGHL	SCDTKEERKI	KGVISIPRLQ	AEARSEILAH	WSPAKLLLQM
DSSATAYGST	VSKRVAWHYD	EEKIEFEWNT	GTNVDTKKMT	SNFPVDLSDY
PKSLHMYANR	LLDHRVPQTD	MTFRHVGSKL	IVAMSSWLQK	ASGSLPYTQT
LQDHLNSLKE	FNLQNMGLPD	FHIPENLFLK	SDGRVKYTLN	KNSLKIEIPL
PFGGKSSRDL	KMLETVRTPA	LHFKSVGFHL	PSREFQVPTF	TIPKLYQLQV
PLLGVLDLST	NVYSNLYNWS	ASYSGGNTST	DHFSLRARYH	MKADSVVDLL
SYNVQGSGET	TYDHKNTFTL	SYDGSLRHKF	LDSNIKFSHV	EKLGNNPVSK
GLLIFDASSS	WGPQMSASVH	LDSKKKQHLF	VKEVKIDGQF	RVSSFYAKGT
YGLSCQRDPN	TGRLNGESNL	RFNSSYLQGT	NQITGRYEDG	TLSLTSTSDL
QSGIIKNTAS	LKYENYELTL	KSDTNGKYKN	FATSNKMDMT	FSKQNALLRS
EYQADYESLR	FFSLLSGSLN	SHGLELNADI	LGTDKINSGA	HKATLRIGQD
GISTSATTNL	KCSLLVLENE	LNAELGLSGA	SMKLTTNGRF	REHNAKFSLD
GKAALTELSL	GSAYQAMILG	VDSKNIFNFK	VSQEGLKLSN	DMMGSYAEMK
FDHTNSLNIA	GLSLDFSSKL	DNIYSSDKFY	KQTVNLQLQP	YSLVTTLNSD
LKYNALDLTN	NGKLRLEPLK	LHVAGNLKGA	YQNNEIKHIY	AISSAALSAS
YKADTVAKVQ	GVEFSHRLNT	DIAGLASAID	MSTNYNSDSL	HFSNVFRSVM
APFTMTIDAH	TNGNGKLALW	GEHTGQLYSK	FLLKAEPLAF	TFSHDYKGST
SHHLVSRKSI	SAALEHKVSA	LLTPAEQTGT	WKLKTQFNNN	EYSQDLDAYN
TKDKIGVELT	GRTLADLTLL	DSPIKVPLLL	SEPINIIDAL	EMRDAVEKPQ
EFTIVAFVKY	DKNQDVHSIN	LPFFETLQEY	FERNRQTIIV	VLENVQRNLK
HINIDQFVRK	YRAALGKLPQ	QANDYLNSFN	WERQVSHAKE	KLTALTKKYR
ITENDIQIAL	DDAKINFNEK	LSQLQTYMIQ	FDQYIKDSYD	LHDLKIAIAN
IIDEIIEKLK	SLDEHYHIRV	NLVKTIHDLH	LFIENIDFNK	SGSSTASWIQ
NVDTKYQIRI	QIQEKLQQLK	RHIQNIDIQH	LAGKLKQHIE	AIDVRVLLDQ
LGTTISFERI	NDILEHVKHF	VINLIGDFEV	AEKINAFRAK	VHELIERYEV
DQQIQVLMDK	LVELAHQYKL	KETIQKLSNV	LQQVKIKDYF	EKLVGFIDDA
VKKLNELSFK	TFIEDVNKFL	DMLIKKLKSF	DYHQFVDETN	DKIREVTQRL
NGEIQALELP	QKAEALKLFL	EETKATVAVY	LESLQDTKIT	LIINWLQEAL
SSASLAHMKA	KFRETLEDTR	DRMYQMDIQQ	ELQRYLSLVG	QVYSTLVTYI
SDWWTLAAKN	LTDFAEQYSI	QDWAKRMKAL	VEQGFTVPEI	KTILGTMPAF
EVSLQALQKA	TFQTPDFIVP	LTDLRIPSVQ	INFKDLKNIK	IPSRFSTPEF
TILNTFHIPS	FTIDFVEMKV	KIIRTIDQML	NSELQWPVPD	IYLRDLKVED
IPLARITLPD	FRLPEIAIPE	FIIPTLNLND	FQVPDLHIPE	FQLPHISHTI
EVPTFGKLYS	ILKIQSPLFT	LDANADIGNG	TTSANEAGIA	ASITAKGESK
LEVLNFDFQA	NAQLSNPKIN	PLALKESVKF	SSKYLRTEHG	SEMLFFGNAI
EGKSNTVASL	HTEKNTLELS	NGVIVKINNQ	LTLDSNTKYF	HKLNIPKLDF
SSQADLRNEI	KTLLKAGHIA	WTSSGKGSWK	WACPRFSDEG	THESQISFTI
EGPLTSFGLS	NKINSKHLRV	NQNLVYESGS	LNFSKLEIQS	QVDSQHVGHS
VLTAKGMALF	GEGKAEFTGR	HDAHLNGKVI	GTLKNSLFFS	AQPFEITAST
NNEGNLKVRF	PLRLTGKIDF	LNNYALFLSP	SAQQASWQVS	ARFNQYKYNQ
NFSAGNNENI	MEAHVGINGE	ANLDFLNIPL	TIPEMRLPYT	IITTPPLKDF
SLWEKTGLKE	FLKTTKQSFD	LSVKAQYKKN	KHRHSITNPL	AVLCEFISQS
IKSFDRHFEK	NRNNALDFVT	KSYNETKIKF	DKYKAEKSHD	ELPRTFQIPG
YTVPVVNVEV	SPFTIEMSAF	GYVFPKAVSM	PSFSILGSDV	RVPSYTLILP
SLELPVLHVP	RNLKLSLPDF	KELCTISHIF	IPAMGNITYD	FSFKSSVITL
NTNAELFNQS	DIVAHLLSSS	SSVIDALQYK	LEGTTRLTRK	RGLKLATALS
LSNKFVEGSH	NSTVSLTTKN	MEVSVATTTK	AQIPILRMNF	KQELNGNTKS
KPTVSSSMEF	KYDFNSSMLY	STAKGAVDHK	LSLESLTSYF	SIESSTKGDV
KGSVLSREYS	GTIASEANTY	LNSKSTRSSV	KLQGTSKIDD	IWNLEVKENF
AGEATLQRIY	SLWEHSTKNH	LQLEGLFFTN	GEHTSKATLE	LSPWQMSALV
QVHASQPSSF	HDFPDLGQEV	ALNANTKNQK	IRWKNEVRIH	SGSFQSQVEL
SNDQEKAHLD	IAGSLEGHLR	FLKNIILPVY	DKSLWDFLKL	DVTTSIGRRQ
HLRVSTAFVY	TKNPNGYSFS	IPVKVLADKF	IIPGLKLNDL	NSVLVMPTFH
VPFTDLQVPS	CKLDFREIQI	YKKLRTSSFA	LNLPTLPEVK	FPEVDVLTKY
SQPEDSLIPF	FEITVPESQL	TVSQFTLPKS	VSDGIAALDL	NAVANKIADF
ELPTIIVPEQ	TIEIPSIKFS	VPAGIVIPSF	QALTARFEVD	SPVYNATWSA
SLKNKADYVE	TVLDSTCSST	VQFLEYELNV	LGTHKIEDGT	LASKTKGTFA
HRDFSAEYEE	DGKYEGLQEW	EGKAHLNIKS	PAFTDLHLRY	QKDKKGISTS
AASPAVGTVG	MDMDEDDDFS	KWNFYYSPQS	SPDKKLTIFK	TELRVRESDE
ETQIKVNWEE	EAASGLLTSL	KDNVPKATGV	LYDYVNKYHW	EHTGLTLREV
SSKLRRNLQN	NAEWVYQGAI	RQIDDIDVRF	QKAASGTTGT	YQEWKDKAQN
LYQELLTQEG	QASFQGLKDN	VFDGLVRVTQ	EFHMKVKHLI	DSLIDFLNFP
RFQFPGKPGI	YTREELCTMF	IREVGTVLSQ	VYSKVHNGSE	ILFSYFQDLV
ITLPFELRKH	KLIDVISMYR	ELLKDLSKEA	QEVFKAIQSL	KTTEVLRNLQ
DLLQFIFQLI	EDNIKQLKEM	KFTYLINYIQ	DEINTIFSDY	IPYVFKLLKE
NLCLNLHKFN	EFIQNELQEA	SQELQQIHQY	IMALREEYFD	PSIVGWTVKY
YELEEKIVSL	IKNLLVALKD	FHSEYIVSAS	NFTSQLSSQV	EQFLHRNIQE
YLSILTDPDG	KGKEKIAELS	ATAQEIIKSQ	AIATKKIISD	YHQQFRYKLQ
DFSDQLSDYY	EKFIAESKRL	IDLSIQNYHT	FLIYITELLK	KLQSTTVMNP
YMKLAPGELT	IIL

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у таких біологічних процесах як метаболізм ліпідів, транспорт, метаболізм холестеролу, транспорт ліпідів, метаболізм стероїдів, метаболізм стеролів. Білок має сайт для зв'язування з з молекулою гепарину. Локалізований у цитоплазмі. Також секретований назовні.

Білкові ізоформи

Основний білок, який утворюється при експресії гену APOB має молекулярну масу близько 100 кДа, синтезується в печінці й відповідає за обмін ліпідів, перебуваючи у складі ліпопротеїдів великої і низької щільності в плазмі крові. Механізм редагування мРНК аполіпопротеїну B призводить до появи меншої ізоформи ApoB-48 (масою 48 кДа), яка секретується клітинами тонкого кишечнику.

Історія відкриття

Група американських вчених із Техасу досліджувала як саме один ген дає дві різні білкові ізоформи[6]. Перша ізоформа за амінокислотною послідовністю збігалася з теоретично передбаченою з нуклеотидів гену APOB, тоді як ApoB-48 хоча й мала антигенні властивості N-кінцевої ділянки першої, проте значно відрізнялася за функцією. Аналіз мРНК у печінці й кишечнику виявив наявність повних транскриптів гену ApoB, але в кишечнику цитозин у 6457 положенні було замінено на урацил. Така заміна в цьому місці перетворювала кодон ЦАА, що кодує амінокислоту глутамін, на триплет УАА, що є одним зі стоп-кодонів. Це призводило до припинення трансляції білку й утворення вкороченої молекули ApoB-48. Автори дослідження висунули гіпотезу про відкриття унікального механізму зміни транскрипції. У подальшому було описано цілу систему дезамінування цитозинів у мРНК після транскрипції.

Механізм редагування РНК

Головним ферментом, який бере участь у редагуванні РНК шляхом дезамінування цитидину, в хребетних тварин є цитидиндезаміназа, яка кодується геном APOBEC1. Цей фермент редагує вже зрілі мРНК в ядрі. Для редагування необхідний білковий комплекс, до якого окрім APOBEC1 входить білок ACF (англ. apobec-1 complementation factor), допоміжний фактор APOBEC1 і ще деякі білки. Цей комплекс розпізнає ділянку РНК у 30-40 нуклеотидів, яка утворює шпильку, причому цільовий цитозин міститься в «голівці» (неспареній ділянці) цієї шпильки. Білок ACF виконує адапторну функцію, забезпечуючи контакт дезамінази з РНК. Комплекс розпізнає послідовність UUUN(A/U)U, яка має міститися далі за сайтом редагування та перетинається з якірною послідовністю, до якої приєднується молекула ACF.

мРНК аполіпопротеїну B є основною мішенню дії ферменту APOBEC1, який експресується переважно у кишечнику людини та додатково у печінці інших видів ссавців.

Література

Deeb S.S., Motulsky A.G., Albers J.J. (1985). A partial cDNA clone for human apolipoprotein B.. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 82: 4983 — 4986. PubMed DOI:10.1073/pnas.82.15.4983
Carlsson P., Darnfors C., Olofsson S.O., Bjursell G. (1986). Analysis of the human apolipoprotein B gene; complete structure of the B-74 region.. Gene 49: 29 — 51. PubMed DOI:10.1016/0378-1119(86)90383-5
Hardman D.A., Protter A.A., Schilling J.W., Kane J.P. (1987). Carboxyl terminal analysis of human B-48 protein confirms the novel mechanism proposed for chain termination.. Biochem. Biophys. Res. Commun. 149: 1214 — 1219. PubMed DOI:10.1016/0006-291X(87)90537-7
Hospattankar A.V., Higuchi K., Law S.W., Meglin N., Brewer H.B. Jr. (1987). Identification of a novel in-frame translational stop codon in human intestine apoB mRNA.. Biochem. Biophys. Res. Commun. 148: 279 — 285. PubMed DOI:10.1016/0006-291X(87)91107-7
Dashti N., Lee D.M., Mok T. (1986). Apolipoprotein B is a calcium binding protein.. Biochem. Biophys. Res. Commun. 137: 493 — 499. PubMed DOI:10.1016/0006-291X(86)91237-4
Zhao Y., McCabe J.B., Vance J., Berthiaume L.G. (2000). Palmitoylation of apolipoprotein B is required for proper intracellular sorting and transport of cholesteroyl esters and triglycerides.. Mol. Biol. Cell 11: 721 — 734. PubMed DOI:10.1091/mbc.11.2.721

Примітки

Захворювання, генетично пов'язані з Аполіпопротеїн B переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
Human PubMed Reference:.
Mouse PubMed Reference:.
HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:603 (англ.). Процитовано 30 січня 2017.
UniProt, P04114 (англ.). Процитовано 30 січня 2017.
Chen, SH and Habib, G and Yang, CY and Gu, ZW and Lee, BR and Weng, SA and Silberman and Cai, SJ and Deslypere, JP and Rosseneu, M and et, al. (1987). Apolipoprotein B-48 is the product of a messenger RNA with an organ-specific in-frame stop codon. Science 238 (4825): 363–366. doi:10.1126/science.3659919.

Див. також

Хромосома 2

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] Захворювання, генетично пов'язані з Аполіпопротеїн B переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[2] Human PubMed Reference:.

[3] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-4] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:603 (англ.). Процитовано 30 січня 2017.

[UniProt-5] UniProt, P04114 (англ.). Процитовано 30 січня 2017.

[apoB-6] Chen, SH and Habib, G and Yang, CY and Gu, ZW and Lee, BR and Weng, SA and Silberman and Cai, SJ and Deslypere, JP and Rosseneu, M and et, al. (1987). Apolipoprotein B-48 is the product of a messenger RNA with an organ-specific in-frame stop codon. Science 238 (4825): 363–366. doi:10.1126/science.3659919.