APOBEC3G

APOBEC3G
Наявні структури
PDB	Пошук для людей: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	2JYW, 2KBO, 2KEM, 3E1U, 3IQS, 3IR2, 3V4J, 3V4K, 4ROV, 4ROW
Ідентифікатори
Символи	APOBEC3G, A3G, ARCD, ARP-9, ARP9, CEM-15, CEM15, MDS019, bK150C2.7, dJ494G10.1, apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3G
Зовнішні ІД	OMIM: 607113 HomoloGene: 128348 GeneCards: APOBEC3G
Онтологія гена
Молекулярна функція	• protein homodimerization activity; • cytidine deaminase activity; • GO:0001948 protein binding; • каталітична активність; • hydrolase activity; • hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amidines; • зв'язування з іоном металу; • deoxycytidine deaminase activity; • RNA binding; • zinc ion binding; • dCTP deaminase activity; • identical protein binding;
Клітинна компонента	• клітинне ядро; • apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex; • гіалоплазма; • цитоплазма; • P-body; • Рибонуклеопротеїни;
Біологічний процес	• cytidine deamination; • negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate; • negative regulation of transposition; • base conversion or substitution editing; • immune system process; • DNA cytosine deamination; • positive regulation of defense response to virus by host; • negative regulation of viral genome replication; • negative regulation of viral process; • defense response to virus; • Вроджений імунітет; • GO:0022415 viral process; • cytidine to uridine editing; • DNA demethylation;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
	60489
	н/д
	ENSG00000239713
	н/д
	Q9HC16
	н/д
	NM_021822
	н/д
	NP_068594; NP_001336365; NP_001336366; NP_001336367
	н/д
	Вікідані
Див./Ред. для людей

APOBEC3G (англ. Apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3G) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 22-ї хромосоми. [2] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 384 амінокислот, а молекулярна маса — 46 408[3]. Цей білок належить до родини цитидиндезаміназ, його ген у приматів та людини знаходиться у кластері генів APOBEC3.

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MKPHFRNTVE	RMYRDTFSYN	FYNRPILSRR	NTVWLCYEVK	TKGPSRPPLD
AKIFRGQVYS	ELKYHPEMRF	FHWFSKWRKL	HRDQEYEVTW	YISWSPCTKC
TRDMATFLAE	DPKVTLTIFV	ARLYYFWDPD	YQEALRSLCQ	KRDGPRATMK
IMNYDEFQHC	WSKFVYSQRE	LFEPWNNLPK	YYILLHIMLG	EILRHSMDPP
TFTFNFNNEP	WVRGRHETYL	CYEVERMHND	TWVLLNQRRG	FLCNQAPHKH
GFLEGRHAEL	CFLDVIPFWK	LDLDQDYRVT	CFTSWSPCFS	CAQEMAKFIS
KNKHVSLCIF	TARIYDDQGR	CQEGLRTLAE	AGAKISIMTY	SEFKHCWDTF
VDHQGCPFQP	WDGLDEHSQD	LSGRLRAILQ	NQEN

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у таких біологічних процесах як вроджений імунітет, взаємодія хазяїн-вірус, антивірусний захист. Відповідає за дезамінування цидитиинів ДНК ретровірусів, вірусу гепатиту B, ретротранспозонів.

Білок має сайт для зв'язування з іоном цинку. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

APOBEC3G присутній у багатьох тканинах і клітинах, зокрема в T-лімфоцитах.[4] Цей білок уперше було відкрито завдяки його взаємодії із білком Vif вірусу імунодефіциту людини.[5]

У 2016 році було виявлено, що чимало генетичних відмінностей між послідовністю ДНК людини та людиноподібних мавп визначається локусами, подібними до тих, що редагує APOBEC3G.[6]

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).. Genome Res. 14: 2121 — 2127. 2004. PubMed DOI:10.1101/gr.2596504
Sheehy A.M., Gaddis N.C., Choi J.D., Malim M.H. (2002). Isolation of a human gene that inhibits HIV-1 infection and is suppressed by the viral Vif protein.. Nature 418: 646 — 650. PubMed DOI:10.1038/nature00939
Stopak K., de Noronha C., Yonemoto W., Greene W.C. (2003). HIV-1 Vif blocks the antiviral activity of APOBEC3G by impairing both its translation and intracellular stability.. Mol. Cell 12: 591 — 601. PubMed DOI:10.1016/S1097-2765(03)00353-8
Marin M., Rose K.M., Kozak S.L., Kabat D. (2003). HIV-1 Vif protein binds the editing enzyme APOBEC3G and induces its degradation.. Nat. Med. 9: 1398 — 1403. PubMed DOI:10.1038/nm946
Sheehy A.M., Gaddis N.C., Malim M.H. (2003). The antiretroviral enzyme APOBEC3G is degraded by the proteasome in response to HIV-1 Vif.. Nat. Med. 9: 1404 — 1407. PubMed DOI:10.1038/nm945
Wedekind J.E., Dance G.S.C., Sowden M.P., Smith H.C. (2003). Messenger RNA editing in mammals: new members of the APOBEC family seeking roles in the family business.. Trends Genet. 19: 207 — 216. PubMed DOI:10.1016/S0168-9525(03)00054-4

Примітки

Human PubMed Reference:.
HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:17357 (англ.). Процитовано 22 серпня 2017.
UniProt, Q9HC16 (англ.). Процитовано 22 серпня 2017.
Silvestro G. Conticello (2008). The AID/APOBEC family of nucleic acid mutators. Genome Biology 9 (6): 229. PMID 18598372. doi:10.1186/gb-2008-9-6-229.(англ.)
Arnaud Moris, Shannon Murray & Sylvain Cardinaud (2014). AID and APOBECs span the gap between innate and adaptive immunity. Frontiers in microbiology 5: 534. PMID 25352838. doi:10.3389/fmicb.2014.00534.(англ.)
Pinto, Yishay; Gabay, Orshay; Arbiza, Leonardo; Sams, Aaron J.; Keinan, Alon; Levanon, Erez Y. (2016). Clustered mutations in hominid genome evolution are consistent with APOBEC3G enzymatic activity. Genome Research 26 (5): 579–587. ISSN 1088-9051. doi:10.1101/gr.199240.115.(англ.)

Див. також

Хромосома 22

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] Human PubMed Reference:.

[HGNC-2] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:17357 (англ.). Процитовано 22 серпня 2017.

[UniProt-3] UniProt, Q9HC16 (англ.). Процитовано 22 серпня 2017.

[cont2008-4] Silvestro G. Conticello (2008). The AID/APOBEC family of nucleic acid mutators. Genome Biology 9 (6): 229. PMID 18598372. doi:10.1186/gb-2008-9-6-229.(англ.)

[immun-5] Arnaud Moris, Shannon Murray & Sylvain Cardinaud (2014). AID and APOBECs span the gap between innate and adaptive immunity. Frontiers in microbiology 5: 534. PMID 25352838. doi:10.3389/fmicb.2014.00534.(англ.)

[PintoGabay2016-6] Pinto, Yishay; Gabay, Orshay; Arbiza, Leonardo; Sams, Aaron J.; Keinan, Alon; Levanon, Erez Y. (2016). Clustered mutations in hominid genome evolution are consistent with APOBEC3G enzymatic activity. Genome Research 26 (5): 579–587. ISSN 1088-9051. doi:10.1101/gr.199240.115.(англ.)