LIG3

LIG3
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	1IMO, 1IN1, 1UW0, 3L2P, 3PC7, 3PC8, 3QVG
Ідентифікатори
Символи	LIG3, LIG2, DNA ligase 3, LIG3alpha
Зовнішні ІД	OMIM: 600940 MGI: 109152 HomoloGene: 32109 GeneCards: LIG3
Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding; • nucleotide binding; • zinc ion binding; • зв'язування з іоном металу; • ligase activity; • GO:0001948 protein binding; • DNA ligase activity; • ATP binding; • DNA ligase (ATP) activity;
Клітинна компонента	• DNA ligase III-XRCC1 complex; • Нуклеоплазма; • клітинне ядро; • мітохондрія; • цитоплазма;
Біологічний процес	• nucleotide-excision repair, DNA gap filling; • DNA recombination; • lagging strand elongation; • DNA biosynthetic process; • mitochondrial DNA repair; • mitochondrion organization; • double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining; • negative regulation of mitochondrial DNA replication; • cellular response to DNA damage stimulus; • поділ клітини; • DNA ligation; • Реплікація ДНК; • double-strand break repair via homologous recombination; • V(D)J-рекомбінація; • DNA ligation involved in DNA repair; • клітинний цикл; • transcription-coupled nucleotide-excision repair; • double-strand break repair; • Репарація ДНК; • base-excision repair, DNA ligation;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
	3980
	16882
	ENSG00000005156
	ENSMUSG00000020697
	P49916
	P97386
	NM_002311; NM_013975
	NM_001291245; NM_001291246; NM_001291247; NM_010716
	NP_002302; NP_039269
	н/д
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

LIG3 (англ. DNA ligase 3) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 17-ї хромосоми.[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 009 амінокислот, а молекулярна маса — 112 907[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSLAFKIFFP	QTLRALSRKE	LCLFRKHHWR	DVRQFSQWSE	TDLLHGHPLF
LRRKPVLSFQ	GSHLRSRATY	LVFLPGLHVG	LCSGPCEMAE	QRFCVDYAKR
GTAGCKKCKE	KIVKGVCRIG	KVVPNPFSES	GGDMKEWYHI	KCMFEKLERA
RATTKKIEDL	TELEGWEELE	DNEKEQITQH	IADLSSKAAG	TPKKKAVVQA
KLTTTGQVTS	PVKGASFVTS	TNPRKFSGFS	AKPNNSGEAP	SSPTPKRSLS
SSKCDPRHKD	CLLREFRKLC	AMVADNPSYN	TKTQIIQDFL	RKGSAGDGFH
GDVYLTVKLL	LPGVIKTVYN	LNDKQIVKLF	SRIFNCNPDD	MARDLEQGDV
SETIRVFFEQ	SKSFPPAAKS	LLTIQEVDEF	LLRLSKLTKE	DEQQQALQDI
ASRCTANDLK	CIIRLIKHDL	KMNSGAKHVL	DALDPNAYEA	FKASRNLQDV
VERVLHNAQE	VEKEPGQRRA	LSVQASLMTP	VQPMLAEACK	SVEYAMKKCP
NGMFSEIKYD	GERVQVHKNG	DHFSYFSRSL	KPVLPHKVAH	FKDYIPQAFP
GGHSMILDSE	VLLIDNKTGK	PLPFGTLGVH	KKAAFQDANV	CLFVFDCIYF
NDVSLMDRPL	CERRKFLHDN	MVEIPNRIMF	SEMKRVTKAL	DLADMITRVI
QEGLEGLVLK	DVKGTYEPGK	RHWLKVKKDY	LNEGAMADTA	DLVVLGAFYG
QGSKGGMMSI	FLMGCYDPGS	QKWCTVTKCA	GGHDDATLAR	LQNELDMVKI
SKDPSKIPSW	LKVNKIYYPD	FIVPDPKKAA	VWEITGAEFS	KSEAHTADGI
SIRFPRCTRI	RDDKDWKSAT	NLPQLKELYQ	LSKEKADFTV	VAGDEGSSTT
GGSSEENKGP	SGSAVSRKAP	SKPSASTKKA	EGKLSNSNSK	DGNMQTAKPS
AMKVGEKLAT	KSSPVKVGEK	RKAADETLCQ	TKVLLDIFTG	VRLYLPPSTP
DFSRLRRYFV	AFDGDLVQEF	DMTSATHVLG	SRDKNPAAQQ	VSPEWIWACI
RKRRLVAPC

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до лігаз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як клітинний цикл, поділ клітини, пошкодження ДНК, репарація ДНК, рекомбінація ДНК, реплікація ДНК, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, іонами металів, іоном цинку, іоном магнію. Локалізований у ядрі, мітохондрії.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).. Genome Res. 14: 2121 — 2127. 2004. PubMed DOI:10.1101/gr.2596504
Lakshmipathy U., Campbell C. (1999). The human DNA ligase III gene encodes nuclear and mitochondrial proteins.. Mol. Cell. Biol. 19: 3869 — 3876. PubMed DOI:10.1128/MCB.19.5.3869
Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization.. Nat. Biotechnol. 24: 1285 — 1292. PubMed DOI:10.1038/nbt1240
Kulczyk A.W., Yang J.C., Neuhaus D. (2004). Solution structure and DNA binding of the zinc-finger domain from DNA ligase IIIalpha.. J. Mol. Biol. 341: 723 — 738. PubMed DOI:10.1016/j.jmb.2004.06.035
Cuneo M.J., Gabel S.A., Krahn J.M., Ricker M.A., London R.E. (2011). The structural basis for partitioning of the XRCC1/DNA ligase III-? BRCT-mediated dimer complexes.. Nucleic Acids Res. 39: 7816 — 7827. PubMed DOI:10.1093/nar/gkr419

Примітки

Human PubMed Reference:.
Mouse PubMed Reference:.
HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:6600 (англ.). Процитовано 12 вересня 2017.
UniProt, P49916 (англ.). Процитовано 12 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 17

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] Human PubMed Reference:.

[2] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-3] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:6600 (англ.). Процитовано 12 вересня 2017.

[UniProt-4] UniProt, P49916 (англ.). Процитовано 12 вересня 2017.